More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4515 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4515  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  650    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.304584 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0454  LysR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 312 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.09 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  29.87 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03340  transcriptional regulator  28 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 432 aa  112  9e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  24.68 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0579  putative LysR-like regular protein  25.66 
 
 		 309 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.408916  normal  0.164447 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 307 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4514  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17802  normal  0.303471 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002655  LysR-like transcriptional regulator  26.8 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  33.71 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  29.75 
 
 		 321 aa  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  34.43 
 
 		 314 aa  106  6e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  29.24 
 
 		 313 aa  106  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0999  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 315 aa  105  7e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.913515  normal  0.929233 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 314 aa  104  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 329 aa  103  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2008  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0820401  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 321 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 297 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 314 aa  102  9e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  29.49 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 314 aa  101  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 318 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 314 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  27.16 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.21 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  25.58 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0455  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  25.88 
 
 		 313 aa  99.8  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  26.25 
 
 		 321 aa  99.8  6e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 314 aa  99.4  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  22.85 
 
 		 309 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  29.53 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 314 aa  99  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 301 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.66 
 
 		 330 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  24.66 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  27.84 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  25.16 
 
 		 301 aa  98.2  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 307 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 315 aa  97.4  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 318 aa  97.4  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>