More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3153 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3153  pseudouridine synthase  100 
 
 
283 aa  592  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.79077  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1515  pseudouridine synthase  78.42 
 
 
282 aa  434  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2728  pseudouridine synthase  65.72 
 
 
305 aa  387  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2547  pseudouridine synthase  64.87 
 
 
287 aa  378  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0787  pseudouridine synthase  61.01 
 
 
281 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3679  RNA pseudouridine synthase family protein  52.17 
 
 
318 aa  286  2.9999999999999996e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1708  pseudouridine synthase  43.39 
 
 
300 aa  230  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.104417  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1686  pseudouridine synthase  44.07 
 
 
267 aa  228  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0958  pseudouridine synthase  36.92 
 
 
281 aa  167  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  36.84 
 
 
204 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.67 
 
 
300 aa  99  9e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.91 
 
 
222 aa  93.6  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  30.96 
 
 
233 aa  94  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  27.92 
 
 
290 aa  93.6  4e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  32.81 
 
 
299 aa  91.7  1e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  36.81 
 
 
305 aa  91.7  1e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  29.95 
 
 
222 aa  90.5  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  36.09 
 
 
310 aa  89.7  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.94 
 
 
300 aa  89.4  7e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  29.3 
 
 
302 aa  89  7e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.67 
 
 
296 aa  89  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  31.85 
 
 
307 aa  88.2  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.73 
 
 
306 aa  85.9  6e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  26.07 
 
 
344 aa  85.5  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.77 
 
 
312 aa  85.1  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  28.22 
 
 
223 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  33.14 
 
 
306 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.44 
 
 
298 aa  83.6  0.000000000000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  28.91 
 
 
226 aa  84  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  25.72 
 
 
310 aa  84  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.19 
 
 
334 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  27.85 
 
 
307 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  28.78 
 
 
328 aa  82.8  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  33.85 
 
 
218 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.17 
 
 
308 aa  83.2  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  28.06 
 
 
308 aa  82.8  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02735  hypothetical protein  25.88 
 
 
283 aa  82.4  0.000000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.469687  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.85 
 
 
307 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  29.65 
 
 
334 aa  82  0.000000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  27.9 
 
 
320 aa  81.6  0.00000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  34.17 
 
 
317 aa  80.9  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.1 
 
 
344 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
308 aa  81.3  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
308 aa  80.5  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  27.43 
 
 
307 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  34.73 
 
 
309 aa  80.5  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  31.68 
 
 
344 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1352  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  27.37 
 
 
299 aa  80.5  0.00000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000522959  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.15 
 
 
218 aa  80.1  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  32.16 
 
 
312 aa  80.1  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  27 
 
 
307 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  28.74 
 
 
327 aa  79.7  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  27 
 
 
307 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  27 
 
 
307 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.06 
 
 
324 aa  79.7  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  29.96 
 
 
278 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  28.47 
 
 
541 aa  79.3  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
309 aa  79.3  0.00000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  29.94 
 
 
525 aa  79.3  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  34.36 
 
 
526 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  33.54 
 
 
309 aa  79.3  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.6 
 
 
333 aa  79.3  0.00000000000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  31.77 
 
 
269 aa  79.3  0.00000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  27.13 
 
 
297 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  29.31 
 
 
302 aa  79  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  30.73 
 
 
347 aa  79  0.00000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2067  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.47 
 
 
294 aa  79  0.00000000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0839  pseudouridine synthase, RluA family  36.46 
 
 
336 aa  79  0.00000000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00962928 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.3 
 
 
212 aa  78.2  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.19 
 
 
297 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  33.54 
 
 
314 aa  78.2  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  31.06 
 
 
302 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.21 
 
 
324 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  30.54 
 
 
263 aa  78.6  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.14 
 
 
325 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  30.49 
 
 
315 aa  78.6  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  30.64 
 
 
303 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  31.22 
 
 
341 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.15 
 
 
339 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  32.3 
 
 
309 aa  77.8  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  32.93 
 
 
305 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  29.33 
 
 
304 aa  77.4  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  32.48 
 
 
314 aa  77.8  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  32.93 
 
 
313 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  29.71 
 
 
325 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.97 
 
 
307 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  31.37 
 
 
327 aa  77  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27 
 
 
296 aa  77  0.0000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  27.73 
 
 
325 aa  77.4  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.43 
 
 
302 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  27.05 
 
 
324 aa  77.4  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.94 
 
 
305 aa  77  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  28.48 
 
 
307 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
297 aa  77.4  0.0000000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.58 
 
 
314 aa  77.4  0.0000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  30.46 
 
 
352 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.43 
 
 
302 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  32.64 
 
 
286 aa  76.6  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0680  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  30.1 
 
 
299 aa  76.6  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>