More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1553 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
355 aa  731    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  86.59 
 
 
357 aa  631  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  84.15 
 
 
366 aa  626  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  82.3 
 
 
356 aa  595  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  78.95 
 
 
362 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  77.75 
 
 
363 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  77.75 
 
 
363 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  77.75 
 
 
363 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  78.02 
 
 
363 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  78.12 
 
 
362 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  78.12 
 
 
362 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  77.9 
 
 
363 aa  567  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  78.27 
 
 
359 aa  570  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  76.63 
 
 
368 aa  565  1e-160  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  77.11 
 
 
362 aa  566  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  75.42 
 
 
357 aa  556  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  65.31 
 
 
373 aa  497  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  63.89 
 
 
372 aa  474  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.47 
 
 
370 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  58.79 
 
 
335 aa  411  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  58.79 
 
 
342 aa  411  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  59.54 
 
 
330 aa  411  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  58.79 
 
 
342 aa  411  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  58.79 
 
 
342 aa  411  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  57.68 
 
 
325 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  57.39 
 
 
325 aa  408  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  57.68 
 
 
325 aa  410  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  57.39 
 
 
325 aa  408  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  57.68 
 
 
325 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  57.39 
 
 
325 aa  408  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  57.39 
 
 
325 aa  408  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  57.39 
 
 
325 aa  408  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  55.75 
 
 
357 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  57.39 
 
 
325 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  56.81 
 
 
331 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  57.8 
 
 
328 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  56.81 
 
 
326 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  55.3 
 
 
336 aa  404  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  58.38 
 
 
331 aa  403  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  56.81 
 
 
331 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  57.23 
 
 
328 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  57.1 
 
 
325 aa  394  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  56.52 
 
 
331 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  56.81 
 
 
331 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  54.81 
 
 
338 aa  387  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  50.14 
 
 
340 aa  374  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  53.69 
 
 
338 aa  368  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  49.71 
 
 
353 aa  348  6e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
362 aa  340  2e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  50.88 
 
 
336 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.84 
 
 
341 aa  330  2e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  49.41 
 
 
342 aa  323  4e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.14 
 
 
349 aa  322  7e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.86 
 
 
381 aa  292  6e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  39.57 
 
 
434 aa  280  3e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.35 
 
 
484 aa  273  3e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.4 
 
 
456 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  40.91 
 
 
459 aa  242  7e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.69 
 
 
480 aa  239  5e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.43 
 
 
466 aa  237  2e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  41.62 
 
 
524 aa  237  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  48.52 
 
 
542 aa  237  3e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.42 
 
 
502 aa  237  3e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.7 
 
 
458 aa  236  3e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.16 
 
 
545 aa  236  4e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  40.16 
 
 
545 aa  236  4e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.98 
 
 
490 aa  234  1.0000000000000001e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.17 
 
 
459 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  42.18 
 
 
547 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.35 
 
 
544 aa  233  3e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.71 
 
 
650 aa  233  5e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
483 aa  233  5e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.15 
 
 
457 aa  233  5e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  37.97 
 
 
593 aa  233  6e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
485 aa  232  6e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  39.42 
 
 
522 aa  232  7.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.89 
 
 
459 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  38.67 
 
 
569 aa  232  7.000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
483 aa  232  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39 
 
 
458 aa  230  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  47.28 
 
 
537 aa  230  2e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0716  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  37.06 
 
 
543 aa  231  2e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.06 
 
 
459 aa  231  2e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.94 
 
 
477 aa  229  4e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  50.63 
 
 
572 aa  229  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3217  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.94 
 
 
501 aa  229  6e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.78 
 
 
471 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.75 
 
 
544 aa  228  1e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.75 
 
 
452 aa  228  1e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.36 
 
 
515 aa  228  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.61 
 
 
452 aa  228  1e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  37.61 
 
 
461 aa  228  1e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  37.61 
 
 
461 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.61 
 
 
461 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  37.61 
 
 
461 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  37.61 
 
 
461 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.56 
 
 
509 aa  227  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  37.75 
 
 
539 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  37.61 
 
 
461 aa  228  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.75 
 
 
561 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>