More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2670 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 366 aa  755    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  84.15 
 
 		 355 aa  626  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  81.97 
 
 		 357 aa  615  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  80.6 
 
 		 356 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  76.82 
 
 		 362 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  76.82 
 
 		 362 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  77.24 
 
 		 362 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  77.05 
 
 		 363 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  76.78 
 
 		 363 aa  580  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  76.78 
 
 		 363 aa  580  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  77.6 
 
 		 363 aa  579  1e-164  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  76.78 
 
 		 363 aa  580  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  76.78 
 
 		 362 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  76.42 
 
 		 368 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  75.68 
 
 		 359 aa  570  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  72.58 
 
 		 357 aa  552  1e-156  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  65.49 
 
 		 373 aa  493  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  64.75 
 
 		 372 aa  483  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.11 
 
 		 370 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  57.66 
 
 		 342 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  57.66 
 
 		 342 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  57.66 
 
 		 342 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  57.38 
 
 		 335 aa  414  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  57.7 
 
 		 325 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  57.7 
 
 		 325 aa  410  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  57.42 
 
 		 325 aa  408  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  57.42 
 
 		 325 aa  408  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  57.42 
 
 		 325 aa  408  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  57.7 
 
 		 325 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  57.42 
 
 		 325 aa  408  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  57.42 
 
 		 325 aa  408  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  57.42 
 
 		 325 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  57.42 
 
 		 325 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  56.3 
 
 		 331 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  56.42 
 
 		 331 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  53.91 
 
 		 336 aa  404  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  56.02 
 
 		 326 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  55.87 
 
 		 331 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  54.17 
 
 		 357 aa  403  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  55.31 
 
 		 328 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  55.59 
 
 		 330 aa  398  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  56.15 
 
 		 328 aa  400  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  54.9 
 
 		 331 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  52.96 
 
 		 338 aa  393  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  54.9 
 
 		 331 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  50.83 
 
 		 340 aa  379  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 338 aa  358  6e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  47.21 
 
 		 353 aa  342  5e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 362 aa  331  1e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  49.15 
 
 		 336 aa  329  4e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  48.15 
 
 		 342 aa  327  1.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.21 
 
 		 341 aa  325  1e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.54 
 
 		 349 aa  314  9.999999999999999e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.68 
 
 		 381 aa  296  4e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  39.61 
 
 		 434 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.11 
 
 		 484 aa  274  1.0000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  48.95 
 
 		 542 aa  239  8e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.27 
 
 		 480 aa  239  8e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  47.51 
 
 		 522 aa  239  8e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.67 
 
 		 545 aa  238  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  39.67 
 
 		 545 aa  238  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  50 
 
 		 524 aa  238  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.9 
 
 		 456 aa  238  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.35 
 
 		 544 aa  236  4e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 458 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  41.1 
 
 		 547 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.58 
 
 		 650 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 490 aa  234  2.0000000000000002e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 466 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.58 
 
 		 483 aa  232  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  50.22 
 
 		 668 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  50.22 
 
 		 670 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.22 
 
 		 670 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.58 
 
 		 485 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  39.58 
 
 		 572 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.58 
 
 		 483 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  50.22 
 
 		 670 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.22 
 
 		 670 aa  231  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.22 
 
 		 648 aa  230  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.22 
 
 		 670 aa  231  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 537 aa  229  4e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  49.15 
 
 		 539 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.36 
 
 		 515 aa  229  6e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  50.21 
 
 		 525 aa  229  6e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  37.47 
 
 		 593 aa  229  7e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0751  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 485 aa  229  7e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0880271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 549 aa  229  8e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  49.78 
 
 		 670 aa  229  8e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.16 
 
 		 509 aa  228  1e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  48.31 
 
 		 537 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  38.03 
 
 		 569 aa  228  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0716  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  36.66 
 
 		 543 aa  227  2e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  48.95 
 
 		 533 aa  228  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 459 aa  227  2e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.75 
 
 		 544 aa  228  2e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.05 
 
 		 473 aa  226  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.86 
 
 		 452 aa  226  4e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.64 
 
 		 457 aa  226  4e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.66 
 
 		 451 aa  226  4e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  49.79 
 
 		 441 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>