245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4286 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4286  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 415 aa  843    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.683579  normal  0.881811 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1413  extracellular solute-binding protein family 1  56.42 
 
 		 411 aa  465  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127019  normal  0.973051 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3701  extracellular solute-binding protein  39.32 
 
 		 447 aa  275  1.0000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  unclonable  0.0000000375637  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4092  extracellular solute-binding protein family 1  26.84 
 
 		 445 aa  105  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518601  normal  0.260492 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  28.35 
 
 		 415 aa  85.5  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 412 aa  84.7  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 434 aa  80.5  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  26.57 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  25.35 
 
 		 412 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 437 aa  67.8  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  23.41 
 
 		 431 aa  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  26.39 
 
 		 436 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 436 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.52 
 
 		 443 aa  65.1  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  25.42 
 
 		 458 aa  65.5  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 		 435 aa  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 441 aa  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2064  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 449 aa  63.5  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 427 aa  62  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  24.11 
 
 		 436 aa  62.4  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  32.74 
 
 		 441 aa  62  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4116  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 		 447 aa  60.8  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000719407  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  29.82 
 
 		 431 aa  59.7  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 		 436 aa  59.7  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  33.6 
 
 		 498 aa  59.7  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  23.02 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 436 aa  59.7  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  27.03 
 
 		 449 aa  58.5  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 444 aa  58.5  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  27.8 
 
 		 434 aa  58.5  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.11 
 
 		 496 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 436 aa  57  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 		 437 aa  56.6  0.0000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 412 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  34.65 
 
 		 435 aa  55.8  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 439 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 446 aa  56.2  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 439 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  32.33 
 
 		 478 aa  56.2  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  32.06 
 
 		 439 aa  55.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5365  extracellular solute-binding protein family 1  29.91 
 
 		 418 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.559287 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1371  extracellular solute-binding protein family 1  25.15 
 
 		 438 aa  55.5  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 412 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  23.84 
 
 		 447 aa  55.5  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0883  twin-arginine translocation pathway signal  23 
 
 		 450 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.767617  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  26.75 
 
 		 441 aa  54.7  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0900  extracellular solute-binding protein  23 
 
 		 450 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  23.71 
 
 		 437 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0889  extracellular solute-binding protein  23 
 
 		 450 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.112478 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 439 aa  54.7  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  28.46 
 
 		 410 aa  54.3  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1218  extracellular solute-binding protein family 1  27.03 
 
 		 444 aa  54.3  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 459 aa  54.3  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2539  putative ABC transporter, substrate binding protein  23.91 
 
 		 437 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0061  extracellular solute-binding protein family 1  24.58 
 
 		 462 aa  53.9  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 453 aa  53.5  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00380  extracellular solute-binding protein family 1  25.61 
 
 		 422 aa  53.5  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2703  extracellular solute-binding protein family 1  22.94 
 
 		 450 aa  53.5  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263225  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1306  extracellular solute-binding protein family 1  31.63 
 
 		 445 aa  53.5  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  32.48 
 
 		 414 aa  53.1  0.000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  21.92 
 
 		 436 aa  52.8  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 424 aa  53.1  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4609  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 		 427 aa  52.4  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 		 423 aa  52.4  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  22.49 
 
 		 437 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 		 440 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  41.25 
 
 		 450 aa  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5738  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.01 
 
 		 452 aa  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.599702  normal  0.0824986 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  26.62 
 
 		 440 aa  51.2  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27400  periplasmic mannitol-binding protein of mannitol ABC transporter  30.91 
 
 		 438 aa  51.2  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 		 443 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3779  extracellular solute-binding protein family 1  24.28 
 
 		 430 aa  51.2  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.292836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 		 443 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.69 
 
 		 441 aa  51.2  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  21.47 
 
 		 416 aa  50.8  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  32.61 
 
 		 420 aa  50.8  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  22.36 
 
 		 443 aa  50.8  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4758  extracellular solute-binding protein family 1  31.07 
 
 		 417 aa  51.2  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  20.88 
 
 		 428 aa  50.4  0.00005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 436 aa  50.8  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  32.59 
 
 		 447 aa  50.4  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  27.5 
 
 		 424 aa  50.4  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  21.53 
 
 		 440 aa  50.4  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1269  extracellular solute-binding protein family 1  26.03 
 
 		 412 aa  50.4  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 		 420 aa  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  23.64 
 
 		 436 aa  50.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 		 421 aa  50.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3771  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 421 aa  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 436 aa  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 414 aa  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  36 
 
 		 436 aa  49.7  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15380  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.21 
 
 		 465 aa  49.7  0.00009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.479356  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 421 aa  49.7  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  25.1 
 
 		 442 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 442 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 441 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3144  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  22.83 
 
 		 460 aa  49.3  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 441 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  25.1 
 
 		 442 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  26.83 
 
 		 424 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>