225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1413 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1413  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
411 aa  822    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127019  normal  0.973051 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4286  extracellular solute-binding protein  58.25 
 
 
415 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.683579  normal  0.881811 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3701  extracellular solute-binding protein  46.7 
 
 
447 aa  322  6e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  unclonable  0.0000000375637  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4092  extracellular solute-binding protein family 1  30.35 
 
 
445 aa  116  6e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518601  normal  0.260492 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 
412 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 
412 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 
412 aa  84.3  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  28.73 
 
 
415 aa  77  0.0000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
434 aa  69.7  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 
423 aa  67  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
421 aa  63.2  0.000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  24.58 
 
 
453 aa  60.5  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  34.23 
 
 
426 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 
439 aa  60.5  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  34.23 
 
 
426 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1371  extracellular solute-binding protein family 1  30.37 
 
 
438 aa  60.1  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  38.14 
 
 
426 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  38.14 
 
 
426 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  38.14 
 
 
426 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  38.14 
 
 
426 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
420 aa  59.7  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  38.14 
 
 
399 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 
425 aa  59.3  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  26.18 
 
 
422 aa  58.9  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.64 
 
 
421 aa  58.5  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  26.18 
 
 
422 aa  58.2  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 
422 aa  57.8  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  25.97 
 
 
458 aa  57  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 
422 aa  57  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  32.89 
 
 
421 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  37.29 
 
 
423 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  28.25 
 
 
430 aa  56.2  0.0000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  26.07 
 
 
443 aa  56.2  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 
421 aa  56.2  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  26.61 
 
 
436 aa  55.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0061  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 
462 aa  55.5  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 
444 aa  55.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
436 aa  55.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  32.04 
 
 
459 aa  55.5  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  31.52 
 
 
326 aa  55.1  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  30.08 
 
 
410 aa  55.1  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  31.52 
 
 
436 aa  55.1  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  27.32 
 
 
419 aa  54.3  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3600  extracellular solute-binding protein family 1  29.75 
 
 
425 aa  54.3  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
432 aa  54.7  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1494  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.28 
 
 
438 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 
435 aa  54.3  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 
436 aa  53.9  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5060  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 
421 aa  53.9  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4379  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 
421 aa  53.9  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5800  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 
421 aa  53.9  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307701  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  27.36 
 
 
439 aa  53.9  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  26.96 
 
 
435 aa  53.5  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  30.63 
 
 
441 aa  53.5  0.000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3771  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 
421 aa  53.5  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 
454 aa  53.1  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 
436 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
439 aa  52.8  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
397 aa  52.8  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  27.18 
 
 
447 aa  52.8  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3982  extracellular solute-binding protein family 1  24.69 
 
 
435 aa  52.8  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  28.05 
 
 
440 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 
441 aa  52.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 
428 aa  51.6  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
435 aa  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27400  periplasmic mannitol-binding protein of mannitol ABC transporter  26.88 
 
 
438 aa  51.6  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  22.16 
 
 
437 aa  51.2  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 
419 aa  51.6  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  25.82 
 
 
436 aa  51.6  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2440  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 
440 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0811647  decreased coverage  0.000336324 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1306  extracellular solute-binding protein family 1  28.72 
 
 
445 aa  50.8  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 
439 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4090  twin-arginine translocation pathway signal  24.69 
 
 
440 aa  50.8  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.25614 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  26.15 
 
 
436 aa  50.8  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  22.85 
 
 
436 aa  50.8  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3779  extracellular solute-binding protein family 1  40.3 
 
 
430 aa  50.8  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.292836  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1218  extracellular solute-binding protein family 1  26.6 
 
 
444 aa  50.8  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  21.96 
 
 
447 aa  50.4  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 
411 aa  50.4  0.00005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  21.39 
 
 
416 aa  50.8  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 
423 aa  50.4  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
411 aa  50.4  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 
410 aa  50.8  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  20.7 
 
 
437 aa  50.4  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 
411 aa  50.4  0.00005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2064  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 
449 aa  50.4  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0255  extracellular solute-binding protein family 1  24.02 
 
 
438 aa  50.4  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  26.96 
 
 
423 aa  50.4  0.00006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 
498 aa  50.4  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.97 
 
 
441 aa  50.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  23.01 
 
 
439 aa  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 
440 aa  49.7  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 
414 aa  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  22.26 
 
 
431 aa  49.7  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 
445 aa  50.1  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 
443 aa  50.1  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24620  carbohydrate-binding protein  36.49 
 
 
424 aa  49.7  0.00009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  34.12 
 
 
412 aa  49.7  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
414 aa  49.7  0.00009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  28.97 
 
 
466 aa  49.7  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>