More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1461 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1461  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 340 aa  688    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0296008 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.1 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 309 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  34.14 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 317 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.95 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 326 aa  106  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  29.89 
 
 		 302 aa  106  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.17 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 314 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 311 aa  104  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 316 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3260  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00487315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3943  transcriptional regulator, LysR family  33.62 
 
 		 300 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000214101 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 313 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 342 aa  103  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  34.02 
 
 		 304 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  33.33 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3321  helix-turn-helix, Fis-type  28.47 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0881  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4123  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.29 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28.34 
 
 		 314 aa  99.8  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 304 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 314 aa  99.8  7e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3547  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 311 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.570181  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 332 aa  99  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 301 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4062  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3953  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 300 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  28.66 
 
 		 315 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 301 aa  99  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 320 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 345 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 304 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 320 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 325 aa  99  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  29.79 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 329 aa  97.8  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4016  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 329 aa  97.4  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 315 aa  97.1  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  32.23 
 
 		 319 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 311 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 316 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  28.38 
 
 		 321 aa  96.3  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 302 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 310 aa  95.9  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 302 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  27.99 
 
 		 326 aa  95.9  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 432 aa  95.1  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 304 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 329 aa  95.9  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  29.66 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 303 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 318 aa  95.1  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  31.23 
 
 		 308 aa  94.4  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 302 aa  94.4  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0583  putative transcriptional regulator  32.78 
 
 		 321 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>