298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2955 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2955  ornithine cyclodeaminase  100 
 
 		 314 aa  642    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0527705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3726  ornithine cyclodeaminase  69.65 
 
 		 318 aa  463  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3170  ornithine cyclodeaminase  68.37 
 
 		 315 aa  450  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3503  ornithine cyclodeaminase  65.59 
 
 		 318 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.599895 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2540  ornithine cyclodeaminase  61.02 
 
 		 314 aa  382  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.984456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2610  ornithine cyclodeaminase  58.33 
 
 		 317 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.329826  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1455  ornithine cyclodeaminase  53.48 
 
 		 316 aa  347  2e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003670  ornithine cyclodeaminase  51.42 
 
 		 324 aa  313  3.9999999999999997e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2200  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  39.87 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2503  ornithine cyclodeaminase  38.98 
 
 		 315 aa  206  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.533208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3506  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  38.91 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.639111  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3992  ornithine cyclodeaminase  37.74 
 
 		 323 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.100495 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2867  ornithine cyclodeaminase  37.38 
 
 		 320 aa  192  9e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4197  ornithine cyclodeaminase  38.22 
 
 		 314 aa  189  7e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0068  ornithine cyclodeaminase  40.89 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.783844  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4424  Ornithine cyclodeaminase  38.66 
 
 		 315 aa  187  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5760  ornithine cyclodeaminase  36.62 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.342244  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0204  ornithine cyclodeaminase  37.78 
 
 		 316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.358948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6879  ornithine cyclodeaminase  37.26 
 
 		 311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0318034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4320  ornithine cyclodeaminase  39.94 
 
 		 315 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2024  ornithine cyclodeaminase  38.1 
 
 		 332 aa  180  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.263377 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7814  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  36.42 
 
 		 348 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64850  ornithine cyclodeaminase  37.86 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404548  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2747  ornithine cyclodeaminase  35.24 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.908103  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1185  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  37.5 
 
 		 316 aa  166  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5460  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  34.97 
 
 		 312 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798228  normal  0.736679 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2752  Ornithine cyclodeaminase  34.9 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000954732  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3596  ornithine cyclodeaminase  33.96 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1709  Ornithine cyclodeaminase  34.68 
 
 		 327 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3121  ornithine cyclodeaminase  33.55 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135549 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0990  ornithine cyclodeaminase  31.06 
 
 		 325 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.7286400000000005e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0854  ornithine cyclodeaminase  30.28 
 
 		 325 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1351  ornithine cyclodeaminase  31.37 
 
 		 326 aa  144  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0591538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0902  ornithine cyclodeaminase  30.28 
 
 		 325 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.350786  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1111  Ornithine cyclodeaminase  33.21 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00600131  unclonable  0.0000000383135 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0192  ornithine cyclodeaminase  30.09 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0057728  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0854  ornithine cyclodeaminase  33.55 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0801  ornithine cyclodeaminase  29.84 
 
 		 325 aa  143  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.272961  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0803  ornithine cyclodeaminase  29.97 
 
 		 325 aa  142  5e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2513  ornithine cyclodeaminase  35.89 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1083  ornithine cyclodeaminase  29.69 
 
 		 325 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3909  ornithine cyclodeaminase  30.19 
 
 		 326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263994  normal  0.077542 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0800  ornithine cyclodeaminase  30 
 
 		 325 aa  140  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0365  Ornithine cyclodeaminase  35.8 
 
 		 328 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.230413  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0995  ornithine cyclodeaminase  29.22 
 
 		 325 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0944  ornithine cyclodeaminase  29.84 
 
 		 325 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00286859  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4387  ornithine cyclodeaminase  29.51 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.196038  hitchhiker  2.3288500000000002e-24 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0054  ornithine cyclodeaminase  33.55 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3226  ornithine cyclodeaminase  32.28 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1715  ornithine cyclodeaminase  35.26 
 
 		 312 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_140  ornithine cyclodeaminase  32.3 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2670  ornithine cyclodeaminase  32.88 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7398  ornithine cyclodeaminase  30.54 
 
 		 338 aa  133  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3192  alanine dehydrogenase  28.62 
 
 		 326 aa  132  6e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.897841  hitchhiker  0.00412741 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13720  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  32.44 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0238  L-alanine dehydrogenase  30.48 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0713  alanine dehydrogenase  30.66 
 
 		 324 aa  127  3e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1274  alanine dehydrogenase  28.57 
 
 		 326 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3081  Ornithine cyclodeaminase  28.66 
 
 		 329 aa  125  9e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.305858  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0978  ornithine cyclodeaminase  29.35 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.553397  normal  0.242292 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1391  ornithine cyclodeaminase  29.77 
 
 		 333 aa  123  3e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.24882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5996  ornithine cyclodeaminase  33.59 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.346178  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1041  ornithine cyclodeaminase  32.49 
 
 		 329 aa  122  7e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.726287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0899  ornithine cyclodeaminase  30.3 
 
 		 341 aa  122  8e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2120  hypothetical protein  27.76 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2145  hypothetical protein  27.76 
 
 		 323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1146  Ornithine cyclodeaminase  34.03 
 
 		 319 aa  119  9e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1639  Ornithine cyclodeaminase  30.53 
 
 		 338 aa  118  9.999999999999999e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1923  Ornithine cyclodeaminase  31.42 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0765  putative ornithine cyclodeaminase  33.48 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000110452  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2042  ornithine cyclodeaminase  29.8 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.234067  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2415  ornithine cyclodeaminase  29.78 
 
 		 322 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.151404  normal  0.117495 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2639  Ornithine cyclodeaminase  29.41 
 
 		 320 aa  115  6.9999999999999995e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2787  Ornithine cyclodeaminase  32.89 
 
 		 336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3024  ornithine cyclodeaminase  28.34 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2173  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  30.4 
 
 		 346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3942  Ornithine cyclodeaminase  31.72 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0890  ornithine cyclodeaminase  29.74 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1976  Ornithine cyclodeaminase  27.85 
 
 		 350 aa  114  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.100827  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4886  putative ornithine cyclodeaminase  29.76 
 
 		 345 aa  112  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2097  ornithine cyclodeaminase  32.77 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00174569  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0844  ornithine cyclodeaminase  28.88 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2702  ornithine cyclodeaminase  31.54 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.430916 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2605  ornithine cyclodeaminase  31.73 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00162792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3311  ornithine cyclodeaminase  32.38 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0976  ornithine cyclodeaminase  31.98 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25864  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4368  ornithine cyclodeaminase  31.84 
 
 		 321 aa  109  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6207  ornithine cyclodeaminase  29.18 
 
 		 321 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4059  Ornithine cyclodeaminase  25.39 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3082  ornithine cyclodeaminase  27.76 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653828 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0978  Ornithine cyclodeaminase  28.93 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.311273 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3585  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  30.97 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.992183  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04330  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  32.54 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.861698 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2032  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  29.29 
 
 		 332 aa  107  3e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.46077  normal  0.343668 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1928  ornithine cyclodeaminase  26.69 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3918  ornithine cyclodeaminase  32.41 
 
 		 320 aa  106  7e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.438934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3483  ornithine cyclodeaminase  27.59 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.738983  normal  0.0519836 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1566  ornithine cyclodeaminase  28.79 
 
 		 331 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03150  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  30.53 
 
 		 320 aa  103  5e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0151  ornithine cyclodeaminase  31.8 
 
 		 327 aa  103  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301393 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>