More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0640 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0640  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 160 aa  330  4e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0712  hypothetical protein  67.5 
 
 		 161 aa  229  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0744  TPR repeat-containing protein  63.58 
 
 		 164 aa  205  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2305  hypothetical protein  33.81 
 
 		 180 aa  84.3  7e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2367  protein kinase  29.17 
 
 		 623 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2994  hypothetical protein  43.28 
 
 		 417 aa  54.7  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.542641  normal  0.0105744 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1523  Tfp pilus assembly protein PilF-like protein  40 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.546002  normal  0.0791762 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4902  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.79 
 
 		 737 aa  54.7  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0602  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.93 
 
 		 586 aa  54.3  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  30.51 
 
 		 927 aa  53.9  0.0000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24161  hypothetical protein  26.87 
 
 		 661 aa  53.9  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2854  glycosyl transferase family 2  38.36 
 
 		 1252 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.956112  normal  0.0955707 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3267  glycosyl transferase family 2  38.36 
 
 		 1252 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13835  predicted protein  33.33 
 
 		 369 aa  52.8  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130982  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  37.31 
 
 		 878 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  35.38 
 
 		 1694 aa  53.1  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1746  TPR repeat-containing protein  42.86 
 
 		 404 aa  52  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0384  TPR repeat-containing protein  48.84 
 
 		 279 aa  51.6  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.890218  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  37.88 
 
 		 810 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0430  TPR domain-containing protein  35.44 
 
 		 338 aa  51.2  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0605051  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0484  TPR repeat-containing protein  32.47 
 
 		 435 aa  50.8  0.000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3169  tetratricopeptide TPR_2  27.52 
 
 		 604 aa  50.4  0.000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.120053  normal  0.668049 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2834  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  40.32 
 
 		 439 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2941  hypothetical protein  34.12 
 
 		 560 aa  50.4  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000171884  normal  0.0147454 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0017  tetratricopeptide TPR_3  36.51 
 
 		 407 aa  49.7  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2791  TPR repeat-containing protein  27.36 
 
 		 243 aa  50.1  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.185879 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3289  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  40.32 
 
 		 439 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1028  TPR repeat-containing protein  32.61 
 
 		 635 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.608823  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2975  TPR repeat-containing protein  36.21 
 
 		 716 aa  49.7  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  31.73 
 
 		 626 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  32.61 
 
 		 639 aa  49.7  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0987  TPR repeat-containing protein  32.61 
 
 		 611 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.384547  normal  0.0740288 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0099  TPR repeat-containing protein  34.62 
 
 		 243 aa  49.3  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3697  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  42.31 
 
 		 293 aa  49.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.984045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0549  TPR repeat-containing protein  32.61 
 
 		 635 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  38.16 
 
 		 3145 aa  49.7  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  41.82 
 
 		 1276 aa  49.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  32.81 
 
 		 465 aa  48.9  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2752  TPR repeat-containing protein  33.7 
 
 		 556 aa  48.9  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0761228  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  35.64 
 
 		 816 aa  48.9  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  35.11 
 
 		 3301 aa  48.9  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1568  hypothetical protein  35.38 
 
 		 820 aa  48.9  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  35.11 
 
 		 3172 aa  48.9  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  28.57 
 
 		 725 aa  48.5  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  31.73 
 
 		 739 aa  48.5  0.00004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0011  hypothetical protein  28.97 
 
 		 1138 aa  48.5  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.41301  normal  0.0644501 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3161  TPR repeat-containing protein  34.34 
 
 		 297 aa  48.5  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2957  TPR repeat-containing protein  34.34 
 
 		 297 aa  48.5  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.338311  normal  0.060469 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0698  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.9 
 
 		 784 aa  48.5  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  34.09 
 
 		 4079 aa  48.5  0.00004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4355  TPR repeat-containing protein  30.26 
 
 		 1192 aa  48.5  0.00004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.862224  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  36.14 
 
 		 340 aa  48.1  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1755  TPR repeat-containing protein  33.9 
 
 		 265 aa  48.1  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000044478  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3569  tetratricopeptide TPR_2  36.96 
 
 		 314 aa  48.1  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3209  tetratricopeptide repeat-containing protein  29.58 
 
 		 743 aa  47.8  0.00006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3268  TPR repeat-containing protein  35.94 
 
 		 441 aa  47.8  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  30.89 
 
 		 543 aa  47.8  0.00006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  45.65 
 
 		 3035 aa  47.8  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0629  TPR repeat-containing protein  28.3 
 
 		 1049 aa  47.8  0.00006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1517  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  33.33 
 
 		 1000 aa  47.8  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.261003  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1752  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  38.75 
 
 		 409 aa  47.8  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2853  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.94 
 
 		 441 aa  47.8  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0260503 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  26.61 
 
 		 448 aa  47.8  0.00006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5004  TPR repeat-containing protein  30.38 
 
 		 699 aa  47.4  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4141  TPR repeat-containing protein  31.52 
 
 		 637 aa  47.4  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2908  TPR repeat-containing protein  29.9 
 
 		 203 aa  47.4  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  38.1 
 
 		 637 aa  47.4  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  33.85 
 
 		 362 aa  47.4  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  31.52 
 
 		 636 aa  47.4  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1675  tetratricopeptide TPR_4  28.44 
 
 		 542 aa  47.4  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.184674  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0957  TPR repeat-containing protein  29.69 
 
 		 161 aa  47.4  0.00009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000843973  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3235  tetratricopeptide TPR_2  32.95 
 
 		 734 aa  47.4  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1518  TPR domain-containing protein  32.76 
 
 		 258 aa  47  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  31.73 
 
 		 909 aa  47  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3537  glycosyl transferase family 2  33.33 
 
 		 397 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  31.52 
 
 		 612 aa  47  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0930  TPR repeat-containing protein  23.13 
 
 		 329 aa  45.8  0.0002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3466  TPR repeat-containing protein  35.48 
 
 		 374 aa  45.8  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2893  O-linked N-acetylglucosamine transferase  32.31 
 
 		 397 aa  46.2  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.272299 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1552  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  29.58 
 
 		 707 aa  46.2  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0225548 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4726  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  31.03 
 
 		 730 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0191  TPR repeat-containing protein  35.71 
 
 		 250 aa  46.2  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.641193  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0060  TPR repeat-containing protein  36.36 
 
 		 562 aa  45.8  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3116  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.83 
 
 		 878 aa  46.2  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3556  TPR repeat-containing protein  35.44 
 
 		 291 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.276509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2231  TPR repeat-containing protein  38.71 
 
 		 265 aa  46.2  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000000660918  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3735  TPR repeat-containing protein  29.89 
 
 		 707 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3430  hypothetical protein  35.38 
 
 		 695 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.112777  normal  0.338432 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2904  TPR repeat-containing protein  31.75 
 
 		 265 aa  46.2  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000121078  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2861  sulfotransferase  34.38 
 
 		 681 aa  46.6  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.392476 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3047  tetratricopeptide TPR_2  23.81 
 
 		 508 aa  46.2  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0595686  hitchhiker  0.00892549 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4945  TPR repeat-containing protein  34.21 
 
 		 750 aa  45.8  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  36.92 
 
 		 685 aa  45.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1426  TPR repeat-containing protein  40 
 
 		 574 aa  45.8  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3564  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.65 
 
 		 637 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0623706  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2098  tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein  26.73 
 
 		 653 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.903394  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24071  hypothetical protein  34.55 
 
 		 622 aa  45.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24081  hypothetical protein  34.55 
 
 		 764 aa  45.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0100  TPR domain-containing protein  27.38 
 
 		 790 aa  45.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0166  TPR repeat-containing protein  31.4 
 
 		 754 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268335  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>