211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0204 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 533 aa  1096    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.51 
 
 		 525 aa  398  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  26.96 
 
 		 538 aa  174  5e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  28.1 
 
 		 529 aa  169  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.89 
 
 		 526 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.81 
 
 		 539 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.27 
 
 		 530 aa  162  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.06 
 
 		 530 aa  162  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.39 
 
 		 525 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  28.64 
 
 		 641 aa  158  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  25.09 
 
 		 543 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.84 
 
 		 518 aa  154  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.18 
 
 		 525 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  28.38 
 
 		 506 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.64 
 
 		 575 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.94 
 
 		 506 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  27.69 
 
 		 519 aa  150  5e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.92 
 
 		 554 aa  150  6e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  27.92 
 
 		 506 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.86 
 
 		 534 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  27.59 
 
 		 521 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.64 
 
 		 506 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.17 
 
 		 570 aa  148  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.5 
 
 		 534 aa  146  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.09 
 
 		 575 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  23.42 
 
 		 540 aa  144  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  27.91 
 
 		 519 aa  143  8e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25 
 
 		 575 aa  143  9e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  25.81 
 
 		 524 aa  142  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  25.61 
 
 		 559 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  25.32 
 
 		 542 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.58 
 
 		 547 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  24.95 
 
 		 565 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  25.7 
 
 		 545 aa  138  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  26.78 
 
 		 519 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.81 
 
 		 560 aa  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.81 
 
 		 560 aa  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.43 
 
 		 560 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 575 aa  134  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.53 
 
 		 556 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  24.6 
 
 		 546 aa  131  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  26.23 
 
 		 536 aa  131  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.79 
 
 		 541 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  25.32 
 
 		 574 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.18 
 
 		 557 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  27.31 
 
 		 553 aa  128  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.19 
 
 		 529 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.05 
 
 		 562 aa  124  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.89 
 
 		 559 aa  123  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  26.21 
 
 		 476 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  24.01 
 
 		 559 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  25.05 
 
 		 539 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.88 
 
 		 507 aa  120  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  25.17 
 
 		 543 aa  120  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.45 
 
 		 559 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  25 
 
 		 542 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  26.16 
 
 		 534 aa  120  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.93 
 
 		 525 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  23.49 
 
 		 550 aa  117  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  25.84 
 
 		 547 aa  117  5e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  25.51 
 
 		 529 aa  117  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  24.83 
 
 		 539 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.19 
 
 		 539 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.03 
 
 		 529 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  26.62 
 
 		 539 aa  114  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.48 
 
 		 539 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.34 
 
 		 551 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.59 
 
 		 374 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  24.26 
 
 		 627 aa  110  6e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.88 
 
 		 540 aa  110  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  24.78 
 
 		 540 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.88 
 
 		 503 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  24.58 
 
 		 503 aa  108  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.58 
 
 		 503 aa  108  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  23.97 
 
 		 555 aa  106  8e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  27.47 
 
 		 504 aa  106  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  23.64 
 
 		 502 aa  102  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  22.51 
 
 		 497 aa  99  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25 
 
 		 387 aa  97.8  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  22.37 
 
 		 496 aa  95.9  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  23.04 
 
 		 503 aa  94.7  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  26.28 
 
 		 527 aa  94  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.2 
 
 		 571 aa  92  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  25.13 
 
 		 396 aa  89  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.35 
 
 		 501 aa  89.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  26.2 
 
 		 560 aa  86.3  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2157  putative iron-regulated membrane protein  22.27 
 
 		 504 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.921249  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0885  hypothetical protein  22.27 
 
 		 504 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0795  hypothetical protein  22.27 
 
 		 504 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4111  hypothetical protein  24.28 
 
 		 408 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.911346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  24.45 
 
 		 377 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.1 
 
 		 560 aa  80.1  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  23.98 
 
 		 380 aa  77.4  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  21.84 
 
 		 371 aa  75.9  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  23.47 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.85 
 
 		 386 aa  75.1  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  23.49 
 
 		 408 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.76 
 
 		 369 aa  71.6  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  24.26 
 
 		 376 aa  70.9  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  21.9 
 
 		 381 aa  68.9  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>