271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2909 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2909  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 343 aa  703    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.313507 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5989  extracellular solute-binding protein  32.86 
 
 		 324 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3502  extracellular solute-binding protein  30.07 
 
 		 335 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3985  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.394348 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0948  extracellular solute-binding protein family 3  32.84 
 
 		 320 aa  98.2  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.476623  normal  0.138146 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1722  extracellular solute-binding protein  31.34 
 
 		 347 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 268 aa  70.5  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  29.09 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 273 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0236  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2802  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 294 aa  60.5  0.00000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.228556  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1835  extracellular solute-binding protein family 3  25.47 
 
 		 262 aa  60.1  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0545252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  24.77 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2522  extracellular solute-binding protein family 3  26.76 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000888885 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 261 aa  57  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0300  extracellular solute-binding protein family 3  28.51 
 
 		 256 aa  57  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000692776  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  25.91 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2829  extracellular solute-binding protein family 3  24.77 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.479003 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  26.82 
 
 		 281 aa  56.2  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 276 aa  55.5  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3711  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 236 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  29.56 
 
 		 273 aa  55.8  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 257 aa  55.5  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  26.05 
 
 		 285 aa  55.8  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2142  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 275 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.332487  hitchhiker  0.00274771 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2155  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 275 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07790  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  29.26 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2201  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 275 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.51731  normal  0.0309221 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2278  extracellular solute-binding protein  34.59 
 
 		 287 aa  53.9  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000861711  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 285 aa  53.9  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.91 
 
 		 276 aa  53.5  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 250 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6986  extracellular solute-binding protein family 3  25.26 
 
 		 271 aa  53.1  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0429  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 283 aa  53.1  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  24.88 
 
 		 266 aa  53.1  0.000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0252  arginine ABC transporter, substrate-binding protein  23.66 
 
 		 241 aa  52.8  0.000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00199338  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 		 250 aa  52.8  0.000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 260 aa  52.4  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0186  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 251 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  27.14 
 
 		 268 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3010  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 294 aa  52  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  26.67 
 
 		 268 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2427  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 279 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.45539  normal  0.110976 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2022  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25 
 
 		 748 aa  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1431  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  36.84 
 
 		 268 aa  51.2  0.00003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000284109  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1050  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 		 286 aa  50.8  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875025  normal  0.0927945 
 
 
-
 
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  25.45 
 
 		 280 aa  50.4  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  34.21 
 
 		 245 aa  50.4  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0237  extracellular solute-binding protein family 3  30.14 
 
 		 267 aa  50.4  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.640745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0283  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 239 aa  50.4  0.00004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.274556  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1829  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.59 
 
 		 288 aa  50.1  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.546299  normal  0.360728 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3969  extracellular solute-binding protein  30.32 
 
 		 279 aa  50.1  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.62818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38840  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  25.33 
 
 		 272 aa  50.1  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.621896 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.85 
 
 		 254 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  23.5 
 
 		 288 aa  50.1  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4834  extracellular solute-binding protein family 3  26.95 
 
 		 286 aa  50.1  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.951737  normal  0.158005 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6801  extracellular solute-binding protein family 3  35.05 
 
 		 275 aa  49.7  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 		 266 aa  49.3  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 275 aa  48.9  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.77 
 
 		 250 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 		 242 aa  48.9  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5100  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 289 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0295022  decreased coverage  0.00240656 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.18 
 
 		 276 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  37.18 
 
 		 276 aa  48.9  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  37.18 
 
 		 276 aa  48.9  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 266 aa  48.9  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  37.18 
 
 		 276 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  25.11 
 
 		 266 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  23.72 
 
 		 297 aa  48.9  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.46 
 
 		 271 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  37.18 
 
 		 276 aa  48.9  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.18 
 
 		 276 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 222 aa  48.5  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.18 
 
 		 276 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3053  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 		 244 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000807518  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0919  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 		 244 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  34.15 
 
 		 264 aa  48.9  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6372  extracellular solute-binding protein family 3  24.77 
 
 		 280 aa  49.3  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2702  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 237 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.297133  normal  0.511095 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.18 
 
 		 276 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  20.98 
 
 		 272 aa  48.9  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  24.67 
 
 		 246 aa  48.9  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.89 
 
 		 244 aa  48.5  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  22.37 
 
 		 277 aa  48.1  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  35.9 
 
 		 276 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 264 aa  48.1  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  35.9 
 
 		 276 aa  48.5  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2979  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 265 aa  48.1  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1805  extracellular solute-binding protein  22.56 
 
 		 246 aa  48.1  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0545186  unclonable  0.00000000660342 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 246 aa  48.1  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0882  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 		 244 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00121366  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 265 aa  48.5  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1863  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 292 aa  48.1  0.0002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2760  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 277 aa  48.1  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>