More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2278 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2278  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
287 aa  581  1.0000000000000001e-165  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000861711  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0847  amino acid ABC transporter periplasmic protein  40.85 
 
 
262 aa  124  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000135059  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  38.04 
 
 
244 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.87 
 
 
244 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3053  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 
244 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000807518  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0882  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 
244 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00121366  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0919  extracellular solute-binding protein  35.33 
 
 
244 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  34.03 
 
 
245 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  34.02 
 
 
243 aa  105  6e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  34.05 
 
 
245 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  33.16 
 
 
242 aa  102  7e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
250 aa  101  1e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0951  extracellular solute-binding protein  33.51 
 
 
244 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0986  extracellular solute-binding protein  33.51 
 
 
244 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3392  extracellular solute-binding protein  33.51 
 
 
244 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0624048  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3027  extracellular solute-binding protein  33.51 
 
 
244 aa  100  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 
264 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0972  extracellular solute-binding protein family 3  32.98 
 
 
250 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.801508  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  32.46 
 
 
247 aa  94  3e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
246 aa  90.5  3e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  29.03 
 
 
727 aa  90.1  4e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
246 aa  89.7  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1178  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.63 
 
 
265 aa  87.8  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.241034  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 
247 aa  87.4  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  31.35 
 
 
273 aa  87  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.98 
 
 
260 aa  85.9  6e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1692  extracellular solute-binding protein family 3  31.94 
 
 
258 aa  86.3  6e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.350495 
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.16 
 
 
260 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  32.58 
 
 
272 aa  85.1  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1035  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.82 
 
 
260 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.218421 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1446  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.59 
 
 
494 aa  83.6  0.000000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.233096  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0581  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.96 
 
 
278 aa  84  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143423  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0567  amino acid ABC transporter  30.96 
 
 
278 aa  84  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2589  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 
268 aa  83.2  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0910  extracellular solute-binding protein  30.61 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31827  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3903  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 
252 aa  82.4  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.754855  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.1 
 
 
247 aa  82.4  0.000000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  25.91 
 
 
736 aa  82.4  0.000000000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0858  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.14 
 
 
260 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00112891  normal  0.531566 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0740  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems periplasmic component/domain-like protein  30.32 
 
 
261 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  32.4 
 
 
268 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0031  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
272 aa  81.3  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.246666  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  30.9 
 
 
271 aa  79.7  0.00000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  30.32 
 
 
264 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0544  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  33.54 
 
 
501 aa  79.7  0.00000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0576109  unclonable  7.662799999999999e-28 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.47 
 
 
755 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.27 
 
 
513 aa  79.3  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1571  extracellular solute-binding protein family 3  28.4 
 
 
249 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6986  extracellular solute-binding protein family 3  33.91 
 
 
271 aa  79  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.65 
 
 
247 aa  79  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  28.33 
 
 
244 aa  78.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2022  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.14 
 
 
748 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0398  extracellular solute-binding protein  30.48 
 
 
257 aa  78.6  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000444097  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 
260 aa  78.6  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  28.02 
 
 
244 aa  77.8  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  28.35 
 
 
501 aa  77.4  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1758  extracellular solute-binding protein family 3  28.12 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.809792  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.6 
 
 
265 aa  77.4  0.0000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.5 
 
 
259 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  32.84 
 
 
261 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0727  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
503 aa  77.4  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479447  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2548  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 
249 aa  77  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.163495  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.21 
 
 
247 aa  76.6  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.21 
 
 
247 aa  76.6  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.21 
 
 
247 aa  76.6  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  34.23 
 
 
246 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  37.88 
 
 
264 aa  76.3  0.0000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  31.98 
 
 
283 aa  75.9  0.0000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.69 
 
 
490 aa  75.9  0.0000000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1236  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  28.04 
 
 
278 aa  75.9  0.0000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  40.59 
 
 
276 aa  75.9  0.0000000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.98 
 
 
259 aa  75.5  0.0000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.98 
 
 
259 aa  75.5  0.0000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.98 
 
 
259 aa  75.5  0.0000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  33.58 
 
 
263 aa  75.5  0.0000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0961  extracellular solute-binding protein family 3  33.9 
 
 
258 aa  75.5  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.611577  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3102  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 
269 aa  75.1  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.98 
 
 
259 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.98 
 
 
259 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.98 
 
 
259 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  34.81 
 
 
222 aa  75.1  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  30.81 
 
 
257 aa  75.5  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  30.81 
 
 
285 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.58 
 
 
259 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 
276 aa  74.3  0.000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  32.35 
 
 
248 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.33 
 
 
248 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 
252 aa  74.3  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  31.15 
 
 
249 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0186  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1402  extracellular solute-binding protein family 3  34.94 
 
 
261 aa  73.6  0.000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.16775  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  38.78 
 
 
273 aa  73.6  0.000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 
257 aa  73.6  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.89 
 
 
243 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.89 
 
 
243 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.89 
 
 
243 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  29.05 
 
 
247 aa  73.2  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.89 
 
 
243 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  27.89 
 
 
243 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
259 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>