More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_3834 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 		 244 aa  462  1e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  86.07 
 
 		 244 aa  374  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  54.84 
 
 		 246 aa  231  7.000000000000001e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  56.1 
 
 		 244 aa  218  8.999999999999998e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  54.29 
 
 		 244 aa  216  2.9999999999999998e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  55.47 
 
 		 245 aa  214  9.999999999999999e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  52.65 
 
 		 259 aa  210  1e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  50.8 
 
 		 248 aa  209  3e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  48.25 
 
 		 257 aa  204  8e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  55.1 
 
 		 243 aa  202  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  51.65 
 
 		 255 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  54.92 
 
 		 243 aa  194  8.000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  47.84 
 
 		 256 aa  193  2e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.39 
 
 		 246 aa  187  1e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.41 
 
 		 247 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  46.48 
 
 		 257 aa  182  3e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  49.4 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  48.97 
 
 		 262 aa  175  5e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.3 
 
 		 258 aa  175  5e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.37 
 
 		 262 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  45.45 
 
 		 252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.53 
 
 		 248 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.37 
 
 		 251 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.53 
 
 		 248 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.53 
 
 		 248 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.04 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.31 
 
 		 246 aa  167  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  44 
 
 		 249 aa  166  2e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  48.44 
 
 		 253 aa  167  2e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  47.39 
 
 		 250 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  41.8 
 
 		 253 aa  157  1e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.56 
 
 		 230 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.23 
 
 		 257 aa  154  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  35.53 
 
 		 265 aa  134  9.999999999999999e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  34.01 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.94 
 
 		 265 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  33.06 
 
 		 246 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.44 
 
 		 246 aa  116  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  37.61 
 
 		 244 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 		 249 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.85 
 
 		 246 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.22 
 
 		 257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.47 
 
 		 245 aa  112  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.33 
 
 		 249 aa  112  5e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.89 
 
 		 244 aa  110  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.12 
 
 		 246 aa  109  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 		 245 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.03 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  29.22 
 
 		 247 aa  108  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 		 241 aa  108  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.67 
 
 		 247 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1993  protein of unknown function DUF558  36.44 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.049099  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  31.84 
 
 		 251 aa  106  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.55 
 
 		 263 aa  105  7e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  31.25 
 
 		 243 aa  102  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  32.05 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 		 245 aa  99.4  5e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  30.33 
 
 		 242 aa  99  6e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 		 239 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  24.18 
 
 		 249 aa  98.6  8e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.82 
 
 		 244 aa  98.2  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 		 239 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.34 
 
 		 244 aa  97.1  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.34 
 
 		 239 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  33.05 
 
 		 239 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.36 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.62 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.53 
 
 		 249 aa  96.7  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 		 260 aa  96.3  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  30.73 
 
 		 244 aa  96.3  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  36.21 
 
 		 249 aa  95.9  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.68 
 
 		 251 aa  95.5  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.04 
 
 		 241 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.43 
 
 		 248 aa  95.1  8e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.43 
 
 		 247 aa  94.7  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.67 
 
 		 247 aa  94.7  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  36.45 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  32 
 
 		 251 aa  94.4  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.8 
 
 		 251 aa  93.2  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  30.36 
 
 		 251 aa  93.6  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  35.62 
 
 		 250 aa  92.8  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.82 
 
 		 255 aa  92.8  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.27 
 
 		 244 aa  92.4  6e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.97 
 
 		 248 aa  92.4  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.05 
 
 		 247 aa  92  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  32.42 
 
 		 249 aa  92  8e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  30.6 
 
 		 245 aa  92  8e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.11 
 
 		 247 aa  91.7  9e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.92 
 
 		 247 aa  91.3  1e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  34.2 
 
 		 242 aa  91.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.15 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.11 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  33.33 
 
 		 243 aa  90.5  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.33 
 
 		 251 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>