More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1284 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 200 aa  410  1e-114  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  93 
 
 		 200 aa  383  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  93 
 
 		 200 aa  383  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  78.5 
 
 		 200 aa  328  3e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  77.5 
 
 		 200 aa  326  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  77.5 
 
 		 200 aa  326  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  77.5 
 
 		 200 aa  326  2.0000000000000001e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  77.5 
 
 		 200 aa  326  2.0000000000000001e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  77.5 
 
 		 200 aa  326  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  77.5 
 
 		 200 aa  326  2.0000000000000001e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  77.5 
 
 		 200 aa  326  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  77.5 
 
 		 200 aa  325  3e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  76.5 
 
 		 200 aa  322  2e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  76.5 
 
 		 200 aa  320  7e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  74.5 
 
 		 200 aa  314  4e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  73.5 
 
 		 200 aa  310  7.999999999999999e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  65.17 
 
 		 201 aa  267  8e-71  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1842  SSU ribosomal protein S4P  63 
 
 		 203 aa  262  3e-69  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2137  30S ribosomal protein S4  62.69 
 
 		 203 aa  254  7e-67  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000101892  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0300  30S ribosomal protein S4  62.19 
 
 		 203 aa  254  7e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00214384  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  62.69 
 
 		 203 aa  251  4.0000000000000004e-66  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1394  SSU ribosomal protein S4P  62.87 
 
 		 262 aa  250  8.000000000000001e-66  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631065  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1226  30S ribosomal protein S4  59.7 
 
 		 224 aa  247  7e-65  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl586  30S ribosomal protein S4  54.15 
 
 		 208 aa  216  2e-55  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000352215  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0237  30S ribosomal protein S4  51.96 
 
 		 208 aa  210  1e-53  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0862147  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  51.98 
 
 		 203 aa  207  8e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  51.72 
 
 		 203 aa  207  1e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  49.5 
 
 		 200 aa  204  8e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 203 aa  202  3e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3137  30S ribosomal protein S4  49.25 
 
 		 201 aa  201  7e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0424686  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 203 aa  200  9.999999999999999e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 203 aa  199  1.9999999999999998e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 201 aa  199  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  48.78 
 
 		 205 aa  198  3e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  50.95 
 
 		 208 aa  198  3.9999999999999996e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  49.27 
 
 		 205 aa  198  3.9999999999999996e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  53.88 
 
 		 206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  49.26 
 
 		 203 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  49.26 
 
 		 203 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 203 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5761  ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 201 aa  195  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 201 aa  194  8.000000000000001e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 208 aa  193  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  49.75 
 
 		 200 aa  192  2e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 206 aa  191  7e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  51.46 
 
 		 206 aa  191  7e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  47.34 
 
 		 206 aa  191  8e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05845  30S ribosomal protein S4  49.25 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.16626  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  49.02 
 
 		 202 aa  188  5e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  188  5e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0372  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 201 aa  187  9e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  185  5e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  49.03 
 
 		 206 aa  185  5e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 206 aa  184  6e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 206 aa  183  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  48.8 
 
 		 208 aa  183  1.0000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 208 aa  183  1.0000000000000001e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  49.01 
 
 		 201 aa  182  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 208 aa  182  2.0000000000000003e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  49.01 
 
 		 201 aa  182  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  49.01 
 
 		 201 aa  182  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01440  SSU ribosomal protein S4P  47.8 
 
 		 197 aa  182  3e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.164406  normal  0.69794 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 208 aa  182  3e-45  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  182  3e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  46.48 
 
 		 209 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  46.48 
 
 		 209 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  181  5.0000000000000004e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf682  ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 200 aa  181  9.000000000000001e-45  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000995603  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  46.41 
 
 		 208 aa  180  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  47.37 
 
 		 209 aa  179  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  45.93 
 
 		 208 aa  179  2.9999999999999997e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 202 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  178  4e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0264  30S ribosomal protein S4  51.23 
 
 		 204 aa  178  4.999999999999999e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0566  30S ribosomal protein S4  48.04 
 
 		 202 aa  178  4.999999999999999e-44  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  46.41 
 
 		 208 aa  178  4.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  177  7e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  177  7e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0437  ribosomal protein S4  47.78 
 
 		 203 aa  177  7e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000069036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  45.93 
 
 		 208 aa  177  7e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  46.86 
 
 		 206 aa  177  8e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1641  ribosomal protein S4  47.26 
 
 		 201 aa  177  9e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  45.93 
 
 		 209 aa  176  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  47.83 
 
 		 207 aa  176  3e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  49.26 
 
 		 202 aa  175  5e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 206 aa  174  6e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 206 aa  174  7e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  174  8e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 209 aa  173  9.999999999999999e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4939  ribosomal protein S4  49.29 
 
 		 211 aa  172  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00864494  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.23 
 
 		 211 aa  173  1.9999999999999998e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  44.5 
 
 		 208 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  43.54 
 
 		 209 aa  173  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0171  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.77 
 
 		 200 aa  173  1.9999999999999998e-42  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.295675 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  44.5 
 
 		 208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 206 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  45.93 
 
 		 209 aa  172  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  46.38 
 
 		 206 aa  172  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>