More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2392 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2392  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 256 aa  505  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2799  transcriptional regulator, IclR family  98.05 
 
 		 256 aa  496  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1595  IclR family transcriptional regulator  66.41 
 
 		 264 aa  305  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1041  IclR family transcriptional regulator  63.25 
 
 		 258 aa  279  4e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0399426 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4409  transcriptional regulator, IclR family  59.41 
 
 		 249 aa  275  6e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2051  IclR family transcriptional regulator  59.41 
 
 		 249 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0630504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4161  IclR family transcriptional regulator  60.94 
 
 		 247 aa  265  5e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0160  transcriptional regulator, IclR family  53.75 
 
 		 244 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1955  putative transcriptional regulator  43.64 
 
 		 242 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23190  putative transcriptional regulator  42.37 
 
 		 242 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144138 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001509  transcriptional regulator  36.1 
 
 		 244 aa  146  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0105  putative transcriptional regulator  36.29 
 
 		 244 aa  145  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05447  hypothetical protein  36.1 
 
 		 244 aa  145  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  31.72 
 
 		 254 aa  97.1  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0615  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.02 
 
 		 261 aa  94  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0283  IclR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 257 aa  93.6  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4884  transcriptional regulator, IclR family  33.47 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574165  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  32.16 
 
 		 256 aa  93.2  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3441  regulatory proteins, IclR  30.2 
 
 		 260 aa  92  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0681  regulatory proteins, IclR  35.14 
 
 		 256 aa  90.1  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  28.28 
 
 		 259 aa  87  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  26.53 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0364  IclR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 265 aa  84  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  31.7 
 
 		 271 aa  83.6  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  28.8 
 
 		 280 aa  83.6  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0314  transcriptional regulator IclR-like protein  29.41 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.196437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0497  IclR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1477  IclR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0194  transcriptional regulator, IclR family  28.03 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0903072  decreased coverage  0.000072825 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0813  IclR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2130  IclR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.671477  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1826  IclR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0399  IclR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.425473  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 276 aa  82.8  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1018  transcriptional regulator, IclR family  29.71 
 
 		 257 aa  82.4  0.000000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.142974  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1941  IclR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 280 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000383079  normal  0.111548 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3613  IclR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  32.43 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  30.21 
 
 		 254 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4215  transcriptional regulator, IclR family  31.69 
 
 		 258 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0022938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6599  putative transcriptional regulator, IclR family  30.71 
 
 		 273 aa  80.1  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0547312  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4893  transcriptional regulator, IclR family  32.11 
 
 		 262 aa  79.3  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3795  IclR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00433741 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4054  transcriptional regulator, IclR family  31.03 
 
 		 233 aa  78.6  0.00000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4808  IclR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 273 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0202  regulatory proteins, IclR  30.3 
 
 		 276 aa  77  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  28.79 
 
 		 276 aa  77  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2324  regulatory protein IclR  27.6 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000642248  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1550  IclR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 276 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2234  IclR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1920  IclR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.245854  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1900  regulatory proteins, IclR  31.13 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.417398 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2335  transcriptional regulator, IclR family  29.52 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1966  regulatory proteins, IclR  31.13 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1272  IclR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1130  transcriptional regulator, IclR family  29.74 
 
 		 252 aa  76.3  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3039  IclR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4689  transcriptional regulator, IclR family  28.45 
 
 		 254 aa  76.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1950  IclR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.400846  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1239  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 252 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2228  IclR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.713006  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3326  transcriptional regulator, IclR family  29.44 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.021393  hitchhiker  0.00795692 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2914  IclR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4803  IclR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 272 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.898602 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0967  IclR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225684  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1253  IclR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5810  IclR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 286 aa  75.9  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5349  IclR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 273 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 268 aa  75.5  0.0000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  22.63 
 
 		 256 aa  75.5  0.0000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5598  Transcriptional regulator  30.28 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0201808  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6466  transcriptional regulator, IclR family  33.74 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185933  normal  0.684135 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 261 aa  75.1  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5946  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  33.18 
 
 		 276 aa  74.3  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5395  IclR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 272 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.374154  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  32.21 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5466  IclR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 272 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339776  normal  0.216516 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 267 aa  73.6  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  32.23 
 
 		 275 aa  73.2  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1462  transcriptional regulator, TrmB  32.09 
 
 		 261 aa  73.2  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 254 aa  73.6  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 283 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3482  IclR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 263 aa  73.6  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0381  IclR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2967  IclR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 276 aa  73.6  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  31.63 
 
 		 277 aa  73.2  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3331  IclR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.181508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0978  IclR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0639197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  24.8 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4413  transcriptional regulator, IclR family  30.48 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3974  transcriptional regulator, IclR family  30.68 
 
 		 266 aa  72.4  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.482822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 262 aa  72  0.000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0340  IclR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 272 aa  71.2  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.151352  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1785  IclR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 272 aa  71.2  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0108149 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>