More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1249 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  100 
 
 		 271 aa  546  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  68.22 
 
 		 264 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3482  IclR family transcriptional regulator  66.8 
 
 		 263 aa  347  1e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2873  IclR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 269 aa  218  7.999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2008  transcriptional regulator IclR  42.11 
 
 		 260 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0612  transcriptional regulator IclR  42.21 
 
 		 255 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000145018 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  41.2 
 
 		 262 aa  185  7e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0439  transcriptional regulator IclR  42.8 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.28447 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0547  transcriptional regulator, IclR family  40 
 
 		 265 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.244078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0504  transcriptional regulator, IclR family  41.25 
 
 		 266 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 272 aa  149  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  34.07 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 276 aa  145  7.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  35 
 
 		 259 aa  143  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  32.93 
 
 		 255 aa  142  9e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  35 
 
 		 254 aa  141  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 258 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  36.36 
 
 		 258 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  34.22 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  35.29 
 
 		 256 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  34.84 
 
 		 261 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 268 aa  138  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  33.62 
 
 		 277 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  31.87 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  31.51 
 
 		 257 aa  136  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2718  transcriptional regulator, IclR family  36.25 
 
 		 265 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  31.47 
 
 		 263 aa  135  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  33.19 
 
 		 252 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 267 aa  133  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.08 
 
 		 263 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  29.46 
 
 		 246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  31.08 
 
 		 263 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  31.47 
 
 		 263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  31.08 
 
 		 263 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  31.08 
 
 		 263 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 263 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  31.47 
 
 		 263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  31.47 
 
 		 263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  31.08 
 
 		 263 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  31.08 
 
 		 263 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  31.47 
 
 		 263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  31.47 
 
 		 263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.54 
 
 		 569 aa  132  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  31.08 
 
 		 263 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  29.24 
 
 		 252 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  30.28 
 
 		 263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  31.08 
 
 		 263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 250 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 550 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  35 
 
 		 276 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 263 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2713  IclR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0235576  normal  0.170928 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  33.19 
 
 		 290 aa  127  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1714  regulatory protein, IclR  33.78 
 
 		 249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 262 aa  126  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 263 aa  125  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 263 aa  125  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  29.88 
 
 		 263 aa  125  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 261 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 256 aa  124  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3341  IclR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 274 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  29.2 
 
 		 265 aa  122  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 260 aa  122  6e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  30.61 
 
 		 250 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  30.88 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 260 aa  121  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  32.8 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  33.48 
 
 		 249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3829  transcriptional regulator, IclR family  32.9 
 
 		 264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  31.22 
 
 		 254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  31.22 
 
 		 265 aa  120  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0041  IclR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  30.23 
 
 		 257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6222  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 269 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 255 aa  119  7e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 284 aa  118  9e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 261 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 273 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 251 aa  117  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  32.2 
 
 		 254 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4521  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.948737 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  36.55 
 
 		 248 aa  116  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6969  IclR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  29.05 
 
 		 273 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  29.75 
 
 		 260 aa  116  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  33.04 
 
 		 271 aa  115  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 293 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  32.64 
 
 		 251 aa  115  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0610  transcriptional regulator, IclR family  30.95 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 250 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  30.63 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>