More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2873 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2873  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  551  1e-156  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  47.33 
 
 
264 aa  219  3.9999999999999997e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  46.27 
 
 
271 aa  218  7.999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3482  IclR family transcriptional regulator  45.88 
 
 
263 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  37.25 
 
 
262 aa  168  7e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0439  transcriptional regulator IclR  34.2 
 
 
286 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.28447 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0547  transcriptional regulator, IclR family  35.29 
 
 
265 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.244078  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0504  transcriptional regulator, IclR family  35.88 
 
 
266 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0612  transcriptional regulator IclR  33.88 
 
 
255 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000145018 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2008  transcriptional regulator IclR  36.1 
 
 
260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  31.17 
 
 
256 aa  145  9e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.29 
 
 
569 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  32.08 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  31.73 
 
 
263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
252 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.89 
 
 
263 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  32.28 
 
 
263 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  30.83 
 
 
252 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  31.89 
 
 
263 aa  133  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  31.89 
 
 
263 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  32.28 
 
 
263 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  31.89 
 
 
263 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  30.92 
 
 
263 aa  133  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  31.89 
 
 
263 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  32.28 
 
 
263 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  32.28 
 
 
263 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
263 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  31.89 
 
 
263 aa  133  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  32.28 
 
 
263 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  31.89 
 
 
263 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
258 aa  132  5e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  30.54 
 
 
257 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3341  IclR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
277 aa  132  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  34.17 
 
 
249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  32.58 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  38.12 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  39.2 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  31.33 
 
 
263 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  30.36 
 
 
261 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  30.52 
 
 
263 aa  129  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  31.48 
 
 
252 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
280 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1462  transcriptional regulator, TrmB  34.98 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  30.13 
 
 
265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  33.64 
 
 
255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  30.52 
 
 
263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  34.96 
 
 
256 aa  125  5e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  32.83 
 
 
294 aa  126  5e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3842  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 
251 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.312233  normal  0.510339 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3800  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 
251 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3903  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 
251 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.575083  normal  0.758857 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3734  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 
251 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  33.8 
 
 
259 aa  125  6e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3009  transcriptional regulator, IclR family  34.56 
 
 
248 aa  124  1e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.592723  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
268 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  28.87 
 
 
273 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  29.92 
 
 
263 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4215  transcriptional regulator, IclR family  35.27 
 
 
258 aa  123  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0022938  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  33.5 
 
 
290 aa  122  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  31.58 
 
 
254 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  30.96 
 
 
279 aa  122  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  30.12 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  30.12 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  30.12 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  36.02 
 
 
265 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  29.91 
 
 
275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0198  Transcriptional regulator IclR  31.53 
 
 
265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101079  normal  0.134776 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  35.02 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  30.37 
 
 
277 aa  120  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3950  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 
267 aa  120  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000408149  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0700  IclR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
254 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4797  transcriptional regulator, IclR family  34.22 
 
 
258 aa  120  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
260 aa  120  3e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
254 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  29.27 
 
 
265 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0340  IclR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  30.71 
 
 
269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3712  IclR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382183  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  34.57 
 
 
251 aa  119  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  30.81 
 
 
278 aa  118  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
267 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  33.48 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  28.17 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  31.12 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  30.96 
 
 
287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  37.56 
 
 
249 aa  117  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
292 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0178  transcriptional regulator, IclR family  30.67 
 
 
281 aa  116  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
267 aa  115  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
284 aa  115  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03724  putative transcriptional regulator  34.56 
 
 
255 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4214  IclR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00389286 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  32.51 
 
 
250 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2822  IclR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
264 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  31.76 
 
 
254 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03673  hypothetical protein  34.25 
 
 
284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  28.57 
 
 
279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>