More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3482 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3482  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 263 aa  540  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  66.8 
 
 		 271 aa  347  1e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  64.03 
 
 		 264 aa  329  4e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2873  IclR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 269 aa  217  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2008  transcriptional regulator IclR  44.2 
 
 		 260 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0612  transcriptional regulator IclR  40.65 
 
 		 255 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000145018 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  38.96 
 
 		 262 aa  183  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0547  transcriptional regulator, IclR family  40.95 
 
 		 265 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.244078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0504  transcriptional regulator, IclR family  40.69 
 
 		 266 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0439  transcriptional regulator IclR  39.26 
 
 		 286 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.28447 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  34.02 
 
 		 259 aa  143  3e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  35 
 
 		 272 aa  142  8e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  31.54 
 
 		 256 aa  136  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  30.86 
 
 		 255 aa  135  6.0000000000000005e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  30.83 
 
 		 261 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2713  IclR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0235576  normal  0.170928 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 262 aa  127  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  31.27 
 
 		 265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 276 aa  125  7e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 258 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  33.05 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  30.8 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 		 257 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 256 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  32.78 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  33.61 
 
 		 246 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3950  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 267 aa  116  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000408149  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 260 aa  116  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  30.83 
 
 		 254 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  29.41 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  32.94 
 
 		 276 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2619  IclR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 317 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  29.72 
 
 		 265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0041  IclR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  32.58 
 
 		 256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  31.78 
 
 		 249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  29.28 
 
 		 263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 260 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  29.28 
 
 		 263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  30.08 
 
 		 257 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  28.52 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  29.12 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  29.12 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 280 aa  112  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  29.12 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  29.12 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  29.12 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  29.05 
 
 		 273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.17 
 
 		 569 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  28.52 
 
 		 263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  30.83 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4911  IclR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.406508  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5822  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  29.49 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 280 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 260 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  28.74 
 
 		 254 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  29.17 
 
 		 257 aa  110  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 263 aa  109  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4521  IclR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.948737 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1462  transcriptional regulator, TrmB  30.2 
 
 		 261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0541  transcriptional regulator, IclR family  31.12 
 
 		 261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.765211  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3415  transcriptional regulator, IclR family  32.95 
 
 		 330 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257423  normal  0.172483 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1175  IclR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 350 aa  108  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0542  IclR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 290 aa  108  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  31.36 
 
 		 258 aa  108  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  29.91 
 
 		 254 aa  108  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2490  IclR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3489  transcriptional regulator  33.21 
 
 		 350 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 261 aa  108  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  27.92 
 
 		 260 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0223  Transcriptional regulator IclR  32.16 
 
 		 246 aa  107  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.093608  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  36.55 
 
 		 249 aa  107  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0410  IclR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.616756  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1270  IclR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3452  IclR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.880887  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3490  IclR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3295  IclR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  29.26 
 
 		 252 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 258 aa  107  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0700  IclR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  32.07 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6969  IclR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  27.38 
 
 		 263 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  27.97 
 
 		 263 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3350  transcriptional regulator IclR  27.6 
 
 		 260 aa  106  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618767 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  27.97 
 
 		 263 aa  106  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  33 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  27.92 
 
 		 260 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 263 aa  106  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  27.97 
 
 		 263 aa  106  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>