115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4261 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0812  squalene-hopene cyclase  52.11 
 
 		 654 aa  648    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.158231  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2100  squalene-hopene cyclase  65.73 
 
 		 651 aa  864    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4954  Terpene synthase:squalene cyclase  64.64 
 
 		 673 aa  793    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.58482  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2269  terpene synthase/squalene cyclase  75.31 
 
 		 654 aa  993    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.178212 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1490  squalene-hopene cyclase  65.73 
 
 		 651 aa  864    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1320  Terpene synthase/squalene cyclase  52.66 
 
 		 659 aa  667    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0019  Terpene synthase/squalene cyclase  61.56 
 
 		 657 aa  832    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2556  squalene cyclase  52.86 
 
 		 653 aa  664    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.511022  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0062  terpene synthase, squalene cyclase  56.26 
 
 		 656 aa  716    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2359  squalene-hopene cyclase  65.88 
 
 		 657 aa  864    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1726  squalene cyclase  82.72 
 
 		 654 aa  1113    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00651785  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1720  squalene cyclase  79.53 
 
 		 654 aa  1065    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0718096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0012  Terpene synthase  63.54 
 
 		 678 aa  824    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131219  normal  0.786968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3573  squalene cyclase  83.18 
 
 		 654 aa  1142    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2682  squalene cyclase  75.23 
 
 		 654 aa  1001    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145002  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4148  squalene-hopene cyclase  61.62 
 
 		 669 aa  822    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146424  normal  0.598571 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5180  squalene cyclase  62.63 
 
 		 657 aa  848    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0421505  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4951  squalene-hopene cyclase  62.12 
 
 		 657 aa  839    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.736263  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5679  squalene-hopene cyclase  62.63 
 
 		 657 aa  848    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126345  hitchhiker  0.00244558 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1129  squalene-hopene cyclase  65.73 
 
 		 657 aa  864    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1409  squalene-hopene cyclase  65.73 
 
 		 657 aa  864    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.525884  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3275  squalene-hopene cyclase  65.73 
 
 		 657 aa  865    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3161  squalene-hopene cyclase  65.73 
 
 		 657 aa  865    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2394  squalene-hopene cyclase  65.73 
 
 		 657 aa  864    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1685  squalene-hopene cyclase  58.38 
 
 		 649 aa  736    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3175  squalene-hopene cyclase  63.04 
 
 		 657 aa  844    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1944  squalene-hopene cyclase  62.88 
 
 		 667 aa  803    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.89702  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5426  squalene-hopene cyclase  63.09 
 
 		 665 aa  817    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6347  squalene-hopene cyclase  64.42 
 
 		 663 aa  833    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.323444  normal  0.123319 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4556  squalene-hopene cyclase  62.48 
 
 		 657 aa  847    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282201  normal  0.128502 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5504  squalene-hopene cyclase  62.12 
 
 		 657 aa  839    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209876  normal  0.0256677 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3156  squalene-hopene cyclase  59.26 
 
 		 662 aa  776    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4137  squalene-hopene cyclase  64.43 
 
 		 677 aa  851    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7029  squalene-hopene cyclase  64.06 
 
 		 676 aa  837    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000008735 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1835  squalene-hopene cyclase  62.58 
 
 		 667 aa  816    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4261  squalene-hopene cyclase  100 
 
 		 653 aa  1342    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942083  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1825  squalene-hopene cyclase  58.36 
 
 		 663 aa  742    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3243  squalene-hopene cyclase  61.87 
 
 		 672 aa  789    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.291091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2220  squalene-hopene cyclase  62.73 
 
 		 667 aa  802    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5491  squalene-hopene cyclase  57.19 
 
 		 645 aa  733    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7146  squalene-hopene cyclase  66.1 
 
 		 663 aa  874    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1783  squalene-hopene cyclase  52.21 
 
 		 643 aa  630  1e-179  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2124  squalene-hopene cyclase  52.21 
 
 		 643 aa  630  1e-179  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888733  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7519  Terpene synthase/squalene cyclase  49.55 
 
 		 678 aa  622  1e-177  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4403  Squalene cyclase  50.32 
 
 		 661 aa  608  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122673  normal  0.247773 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6104  squalene-hopene cyclase  49.47 
 
 		 682 aa  608  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.640777  normal  0.788384 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5865  squalene-hopene cyclase  48.57 
 
 		 678 aa  608  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5698  squalene cyclase  48.78 
 
 		 687 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6062  squalene-hopene cyclase  48.78 
 
 		 687 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6546  squalene-hopene cyclase  48.25 
 
 		 684 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5992  squalene-hopene cyclase  48.31 
 
 		 683 aa  592  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.234824 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0441  squalene-hopene cyclase  48.45 
 
 		 737 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0765  squalene-hopene cyclase  46.55 
 
 		 719 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000268109  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20760  squalene-hopene cyclase  49.92 
 
 		 598 aa  566  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577107  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3061  squalene-hopene cyclase  45.25 
 
 		 730 aa  555  1e-156  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.299317  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0419  Terpene synthase:squalene cyclase  44.95 
 
 		 730 aa  550  1e-155  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1189  squalene-hopene cyclase  43.29 
 
 		 679 aa  513  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000101315  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1020  squalene-hopene cyclase  42.11 
 
 		 679 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0111507  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2233  squalene-hopene cyclase  41.89 
 
 		 684 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000414929  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2820  Terpene synthase:squalene cyclase  42.16 
 
 		 679 aa  505  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000869721  normal  0.376933 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0688  squalene-hopene cyclase  42.38 
 
 		 679 aa  489  1e-137  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3360  squalene-hopene cyclase  41.6 
 
 		 680 aa  485  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0001243  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0885  squalene-hopene cyclase  41.6 
 
 		 680 aa  483  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000419297 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1740  squalene cyclase  40 
 
 		 657 aa  470  1.0000000000000001e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3320  squalene/oxidosqualene cyclase  41.69 
 
 		 643 aa  468  9.999999999999999e-131  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3254  squalene-hopene cyclase  38.95 
 
 		 651 aa  449  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4671  Terpene synthase  40.19 
 
 		 637 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.965623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1697  squalene-hopene cyclase  43.81 
 
 		 633 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.633147  hitchhiker  0.000255993 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1904  squalene-hopene cyclase  36.83 
 
 		 705 aa  446  1.0000000000000001e-124  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2842  squalene/oxidosqualene cyclase  39.07 
 
 		 647 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23080  squalene-hopene cyclase  41.52 
 
 		 640 aa  441  9.999999999999999e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  normal  0.224628 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3575  squalene/oxidosqualene cyclase  40.12 
 
 		 668 aa  440  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.224012 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2736  squalene-hopene cyclase  39.78 
 
 		 688 aa  437  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6664  squalene-hopene cyclase  42.58 
 
 		 644 aa  426  1e-118  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0727  squalene-hopene cyclase  38.5 
 
 		 632 aa  423  1e-117  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548053  normal  0.146033 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2443  squalene-hopene cyclase  40.35 
 
 		 631 aa  411  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.78759  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4758  squalene-hopene cyclase  40.41 
 
 		 689 aa  411  1e-113  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4079  squalene-hopene cyclase  39.33 
 
 		 654 aa  402  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.342218 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0823  squalene cyclase  40.27 
 
 		 741 aa  397  1e-109  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.671451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0355  squalene-hopene cyclase  37.03 
 
 		 695 aa  382  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5713  squalene-hopene cyclase  37.57 
 
 		 728 aa  379  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00366399  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1989  squalene-hopene cyclase  37.65 
 
 		 710 aa  371  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1355  squalene-hopene cyclase  38 
 
 		 684 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.06763 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1652  putative squalene-hopene cyclase  33.65 
 
 		 617 aa  307  5.0000000000000004e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.155844 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3665  putative squalene-hopene cyclase  33.17 
 
 		 617 aa  303  9e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3315  squalene-hopene cyclase  32.7 
 
 		 617 aa  299  8e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3351  squalene-hopene cyclase  32.54 
 
 		 617 aa  297  5e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.869066  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3265  squalene-hopene cyclase  32.65 
 
 		 617 aa  297  5e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3612  squalene-hopene cyclase  32.54 
 
 		 617 aa  297  5e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689157  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3565  putative squalene-hopene cyclase  32.54 
 
 		 617 aa  297  5e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.143016 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3572  squalene-hopene cyclase  31.96 
 
 		 617 aa  293  8e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2232  squalene/oxidosqualene cyclase  31.73 
 
 		 619 aa  291  2e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3260  squalene/oxidosqualene cyclase  32.18 
 
 		 617 aa  290  6e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3582  putative squalene-hopene cyclase  31.9 
 
 		 617 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2820  squalene/oxidosqualene cyclase  33.23 
 
 		 618 aa  283  8.000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2873  squalene cyclase family protein  27.85 
 
 		 670 aa  177  7e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02520  lanosterol synthase, putative  25.27 
 
 		 738 aa  154  5e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09189  squalene-hopene-cyclase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00260)  36.73 
 
 		 426 aa  141  3.9999999999999997e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.178014 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12302  predicted protein  23.95 
 
 		 720 aa  139  2e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0477917  normal  0.996732 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_11065  oxidosqualene:lanosterol cyclase (AFU_orthologue; AFUA_5G04080)  24.09 
 
 		 749 aa  125  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>