More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1153 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  75.16 
 
 
480 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  82.95 
 
 
481 aa  762    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 
481 aa  959    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  67.57 
 
 
479 aa  619  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.58 
 
 
472 aa  499  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.52 
 
 
482 aa  496  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.29 
 
 
484 aa  486  1e-136  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.62 
 
 
485 aa  480  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  53 
 
 
485 aa  475  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  51.24 
 
 
488 aa  470  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  56.67 
 
 
475 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  56.67 
 
 
475 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.48 
 
 
485 aa  449  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  52.71 
 
 
474 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  50.61 
 
 
496 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.15 
 
 
477 aa  441  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.08 
 
 
531 aa  307  2.0000000000000002e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.37 
 
 
505 aa  297  3e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.2 
 
 
532 aa  293  6e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.17 
 
 
509 aa  288  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.27 
 
 
531 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.27 
 
 
531 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.85 
 
 
534 aa  284  2.0000000000000002e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.44 
 
 
547 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  35.6 
 
 
535 aa  282  1e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.89 
 
 
540 aa  279  6e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.59 
 
 
531 aa  278  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  34.83 
 
 
532 aa  276  4e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.3 
 
 
545 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.85 
 
 
562 aa  274  2.0000000000000002e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.4 
 
 
535 aa  274  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  33.53 
 
 
532 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  33.53 
 
 
532 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.98 
 
 
536 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.46 
 
 
531 aa  268  2e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.47 
 
 
481 aa  261  2e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.93 
 
 
475 aa  260  4e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  32.22 
 
 
526 aa  258  1e-67  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.82 
 
 
458 aa  257  4e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  32.03 
 
 
526 aa  251  2e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.84 
 
 
526 aa  251  2e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.33 
 
 
513 aa  250  4e-65  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.66 
 
 
470 aa  243  3.9999999999999997e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.2 
 
 
485 aa  244  3.9999999999999997e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  32.19 
 
 
518 aa  233  6e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.8 
 
 
465 aa  227  5.0000000000000005e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  29.97 
 
 
591 aa  223  6e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.25 
 
 
517 aa  209  9e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32 
 
 
488 aa  206  9e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.55 
 
 
546 aa  198  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.82 
 
 
572 aa  197  3e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.72 
 
 
560 aa  197  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.54 
 
 
470 aa  196  6e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.75 
 
 
572 aa  194  2e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.65 
 
 
488 aa  193  6e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.48 
 
 
563 aa  192  8e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.91 
 
 
514 aa  192  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  28.92 
 
 
572 aa  191  2e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.81 
 
 
560 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  30.82 
 
 
488 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.57 
 
 
549 aa  190  5e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.08 
 
 
566 aa  189  7e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.32 
 
 
572 aa  188  2e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.77 
 
 
572 aa  187  4e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.32 
 
 
572 aa  187  5e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  27.55 
 
 
596 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  27.45 
 
 
559 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.35 
 
 
569 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.08 
 
 
584 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27 
 
 
559 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.34 
 
 
558 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.08 
 
 
570 aa  182  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.16 
 
 
566 aa  182  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.76 
 
 
573 aa  182  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  26.82 
 
 
567 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.82 
 
 
567 aa  179  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  26.82 
 
 
567 aa  179  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  28.85 
 
 
568 aa  179  7e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  26.82 
 
 
567 aa  179  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  26.82 
 
 
567 aa  179  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  26.82 
 
 
567 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  26.82 
 
 
567 aa  179  7e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  28.5 
 
 
568 aa  180  7e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  26.82 
 
 
567 aa  179  7e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  26.82 
 
 
567 aa  179  7e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.37 
 
 
566 aa  179  7e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  27.61 
 
 
568 aa  179  8e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.64 
 
 
568 aa  179  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27 
 
 
566 aa  178  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.74 
 
 
598 aa  177  3e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  29.78 
 
 
548 aa  177  5e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.89 
 
 
567 aa  176  6e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.67 
 
 
569 aa  176  7e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.99 
 
 
571 aa  176  8e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.27 
 
 
564 aa  176  9e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  26.41 
 
 
567 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  26.41 
 
 
567 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  26.41 
 
 
567 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  26.58 
 
 
567 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  26.41 
 
 
567 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>