115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4148 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0812  squalene-hopene cyclase  54.65 
 
 		 654 aa  668    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.158231  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2100  squalene-hopene cyclase  71.74 
 
 		 651 aa  958    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4954  Terpene synthase:squalene cyclase  78.69 
 
 		 673 aa  1007    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.58482  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2269  terpene synthase/squalene cyclase  61.51 
 
 		 654 aa  813    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.178212 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1490  squalene-hopene cyclase  71.74 
 
 		 651 aa  958    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1320  Terpene synthase/squalene cyclase  53.39 
 
 		 659 aa  665    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0019  Terpene synthase/squalene cyclase  69.77 
 
 		 657 aa  939    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2556  squalene cyclase  52.85 
 
 		 653 aa  650    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.511022  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0062  terpene synthase, squalene cyclase  55.41 
 
 		 656 aa  662    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2359  squalene-hopene cyclase  71.67 
 
 		 657 aa  951    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1726  squalene cyclase  61.35 
 
 		 654 aa  798    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00651785  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1720  squalene cyclase  61.82 
 
 		 654 aa  836    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0718096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0012  Terpene synthase  70.78 
 
 		 678 aa  896    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131219  normal  0.786968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3573  squalene cyclase  60.69 
 
 		 654 aa  818    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2682  squalene cyclase  61.97 
 
 		 654 aa  821    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145002  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4148  squalene-hopene cyclase  100 
 
 		 669 aa  1368    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146424  normal  0.598571 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5180  squalene cyclase  70.7 
 
 		 657 aa  949    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0421505  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4951  squalene-hopene cyclase  70.96 
 
 		 657 aa  954    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.736263  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5679  squalene-hopene cyclase  70.7 
 
 		 657 aa  949    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126345  hitchhiker  0.00244558 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1129  squalene-hopene cyclase  71.74 
 
 		 657 aa  957    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1409  squalene-hopene cyclase  71.74 
 
 		 657 aa  957    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.525884  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3275  squalene-hopene cyclase  71.74 
 
 		 657 aa  958    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3161  squalene-hopene cyclase  71.74 
 
 		 657 aa  958    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2394  squalene-hopene cyclase  71.74 
 
 		 657 aa  957    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1685  squalene-hopene cyclase  57.38 
 
 		 649 aa  705    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3175  squalene-hopene cyclase  71.12 
 
 		 657 aa  951    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1944  squalene-hopene cyclase  58.36 
 
 		 667 aa  748    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.89702  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5426  squalene-hopene cyclase  57.85 
 
 		 665 aa  739    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6347  squalene-hopene cyclase  59.61 
 
 		 663 aa  775    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.323444  normal  0.123319 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4556  squalene-hopene cyclase  70.54 
 
 		 657 aa  947    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282201  normal  0.128502 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5504  squalene-hopene cyclase  71.27 
 
 		 657 aa  954    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209876  normal  0.0256677 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3156  squalene-hopene cyclase  57.62 
 
 		 662 aa  779    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4137  squalene-hopene cyclase  70.2 
 
 		 677 aa  923    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7029  squalene-hopene cyclase  71.88 
 
 		 676 aa  911    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000008735 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1835  squalene-hopene cyclase  57.89 
 
 		 667 aa  759    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4261  squalene-hopene cyclase  61.82 
 
 		 653 aa  803    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942083  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1825  squalene-hopene cyclase  54.64 
 
 		 663 aa  689    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3243  squalene-hopene cyclase  60.68 
 
 		 672 aa  771    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.291091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2220  squalene-hopene cyclase  58.2 
 
 		 667 aa  747    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5491  squalene-hopene cyclase  55.73 
 
 		 645 aa  707    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7146  squalene-hopene cyclase  60 
 
 		 663 aa  810    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4403  Squalene cyclase  52.54 
 
 		 661 aa  627  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122673  normal  0.247773 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1783  squalene-hopene cyclase  52.87 
 
 		 643 aa  627  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2124  squalene-hopene cyclase  52.87 
 
 		 643 aa  627  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888733  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7519  Terpene synthase/squalene cyclase  50.52 
 
 		 678 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6104  squalene-hopene cyclase  51.15 
 
 		 682 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.640777  normal  0.788384 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5865  squalene-hopene cyclase  51.3 
 
 		 678 aa  605  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5698  squalene cyclase  50.31 
 
 		 687 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6062  squalene-hopene cyclase  50.31 
 
 		 687 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6546  squalene-hopene cyclase  50.15 
 
 		 684 aa  594  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5992  squalene-hopene cyclase  50.15 
 
 		 683 aa  588  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.234824 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0765  squalene-hopene cyclase  46.32 
 
 		 719 aa  570  1e-161  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000268109  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20760  squalene-hopene cyclase  49.83 
 
 		 598 aa  565  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577107  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3061  squalene-hopene cyclase  45.88 
 
 		 730 aa  558  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.299317  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0441  squalene-hopene cyclase  46.94 
 
 		 737 aa  557  1e-157  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0419  Terpene synthase:squalene cyclase  43.23 
 
 		 730 aa  545  1e-154  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1189  squalene-hopene cyclase  43.15 
 
 		 679 aa  513  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000101315  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0688  squalene-hopene cyclase  41.5 
 
 		 679 aa  503  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2820  Terpene synthase:squalene cyclase  41.4 
 
 		 679 aa  500  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000869721  normal  0.376933 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2233  squalene-hopene cyclase  40.59 
 
 		 684 aa  495  1e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000414929  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1740  squalene cyclase  42.44 
 
 		 657 aa  488  1e-136  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0885  squalene-hopene cyclase  42.22 
 
 		 680 aa  486  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000419297 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1020  squalene-hopene cyclase  38.86 
 
 		 679 aa  477  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0111507  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3360  squalene-hopene cyclase  41.27 
 
 		 680 aa  475  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0001243  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23080  squalene-hopene cyclase  42.38 
 
 		 640 aa  468  9.999999999999999e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  normal  0.224628 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3320  squalene/oxidosqualene cyclase  40.59 
 
 		 643 aa  459  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1697  squalene-hopene cyclase  42.64 
 
 		 633 aa  458  1e-127  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.633147  hitchhiker  0.000255993 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1904  squalene-hopene cyclase  39.52 
 
 		 705 aa  455  1.0000000000000001e-126  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2736  squalene-hopene cyclase  40.32 
 
 		 688 aa  445  1e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3254  squalene-hopene cyclase  39.19 
 
 		 651 aa  442  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2842  squalene/oxidosqualene cyclase  39.07 
 
 		 647 aa  438  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6664  squalene-hopene cyclase  41.14 
 
 		 644 aa  435  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3575  squalene/oxidosqualene cyclase  39.43 
 
 		 668 aa  432  1e-120  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.224012 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4671  Terpene synthase  39.87 
 
 		 637 aa  431  1e-119  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.965623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0727  squalene-hopene cyclase  39.14 
 
 		 632 aa  429  1e-119  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548053  normal  0.146033 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0823  squalene cyclase  39.12 
 
 		 741 aa  410  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.671451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2443  squalene-hopene cyclase  39.71 
 
 		 631 aa  409  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.78759  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4758  squalene-hopene cyclase  38.64 
 
 		 689 aa  401  9.999999999999999e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4079  squalene-hopene cyclase  39.56 
 
 		 654 aa  399  1e-109  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.342218 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5713  squalene-hopene cyclase  38.18 
 
 		 728 aa  398  1e-109  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00366399  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1989  squalene-hopene cyclase  38.43 
 
 		 710 aa  390  1e-107  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0355  squalene-hopene cyclase  37.92 
 
 		 695 aa  379  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1355  squalene-hopene cyclase  36.75 
 
 		 684 aa  358  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.06763 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2820  squalene/oxidosqualene cyclase  34.77 
 
 		 618 aa  325  2e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2232  squalene/oxidosqualene cyclase  30.81 
 
 		 619 aa  296  7e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1652  putative squalene-hopene cyclase  31.37 
 
 		 617 aa  294  5e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.155844 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3665  putative squalene-hopene cyclase  30.66 
 
 		 617 aa  289  1e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3260  squalene/oxidosqualene cyclase  29.83 
 
 		 617 aa  288  2.9999999999999996e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3572  squalene-hopene cyclase  30.56 
 
 		 617 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3265  squalene-hopene cyclase  30.84 
 
 		 617 aa  284  4.0000000000000003e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3315  squalene-hopene cyclase  31.12 
 
 		 617 aa  283  1e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3351  squalene-hopene cyclase  30.89 
 
 		 617 aa  277  4e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.869066  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3612  squalene-hopene cyclase  30.89 
 
 		 617 aa  277  4e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689157  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3565  putative squalene-hopene cyclase  30.73 
 
 		 617 aa  277  4e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.143016 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3582  putative squalene-hopene cyclase  30.11 
 
 		 617 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2873  squalene cyclase family protein  28.99 
 
 		 670 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02520  lanosterol synthase, putative  25.92 
 
 		 738 aa  162  1e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_645  acetyl-coenzyme A synthetase  26.01 
 
 		 682 aa  160  9e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.756147  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12302  predicted protein  25.04 
 
 		 720 aa  152  3e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0477917  normal  0.996732 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09189  squalene-hopene-cyclase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00260)  35.74 
 
 		 426 aa  149  1.0000000000000001e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.178014 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>