More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1907 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1907  porin  100 
 
 		 371 aa  760    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  72.27 
 
 		 366 aa  545  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  64.17 
 
 		 374 aa  490  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5190  outer membrane porin  36.87 
 
 		 371 aa  192  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.353922 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  34.77 
 
 		 394 aa  169  8e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  32.14 
 
 		 362 aa  142  9e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  31.25 
 
 		 329 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  28.75 
 
 		 384 aa  119  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  30 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  28.97 
 
 		 336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  29.53 
 
 		 336 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  27.76 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0338  porin  27.79 
 
 		 431 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  30.46 
 
 		 340 aa  104  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  28.86 
 
 		 374 aa  103  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  28.16 
 
 		 362 aa  103  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0350  porin  27.78 
 
 		 431 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.675543  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  28.18 
 
 		 344 aa  97.1  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  28.57 
 
 		 379 aa  96.7  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  26.11 
 
 		 351 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3009  putative outer membrane porin signal peptide protein  27.3 
 
 		 367 aa  94.4  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.494139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  26.84 
 
 		 362 aa  93.6  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  27.13 
 
 		 368 aa  91.3  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  26.32 
 
 		 348 aa  89.4  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  24.5 
 
 		 339 aa  88.6  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  26.82 
 
 		 371 aa  87.4  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6718  porin  28.57 
 
 		 351 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.6284  normal  0.457172 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  27.68 
 
 		 352 aa  87  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  27.68 
 
 		 352 aa  87  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6483  porin  28.57 
 
 		 351 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  28.48 
 
 		 351 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  26.17 
 
 		 344 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  28.77 
 
 		 326 aa  85.9  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  26.34 
 
 		 344 aa  84  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2999  porin Gram-negative type  25.98 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  26.25 
 
 		 358 aa  83.6  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  27.79 
 
 		 370 aa  82.8  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4328  porin  26.32 
 
 		 391 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428613  normal  0.0399975 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2589  porin Gram-negative type  27.27 
 
 		 358 aa  83.2  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  27.39 
 
 		 374 aa  83.2  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  27.06 
 
 		 354 aa  82.8  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  27.09 
 
 		 348 aa  82.8  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  25.89 
 
 		 344 aa  82.8  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  25.19 
 
 		 387 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  28.86 
 
 		 355 aa  81.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  25.69 
 
 		 344 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  30.43 
 
 		 358 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  28.49 
 
 		 367 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5966  porin  25.99 
 
 		 380 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.084261 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  27.51 
 
 		 339 aa  80.9  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  27.6 
 
 		 355 aa  81.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2760  putative porin signal peptide protein  27.71 
 
 		 353 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.102409  normal  0.556039 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6530  outer membrane protein, (porin)-like  25.46 
 
 		 417 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  27.33 
 
 		 358 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  28.89 
 
 		 394 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  26.84 
 
 		 338 aa  79.3  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  27.68 
 
 		 355 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  27.68 
 
 		 355 aa  79.3  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  27.85 
 
 		 379 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5890  porin  26.29 
 
 		 355 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  30.04 
 
 		 387 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  26.49 
 
 		 382 aa  78.2  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  28.48 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6482  porin  24.94 
 
 		 382 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0226396  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1190  outer membrane protein (porin)  26.95 
 
 		 359 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0135905  normal  0.83536 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  26.49 
 
 		 351 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6717  porin  24.94 
 
 		 382 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.653963  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0743  outer membrane porin, putative  27.18 
 
 		 362 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000425296  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1091  putative outer membrane porin  27.18 
 
 		 363 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1244  porin  27.18 
 
 		 362 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289233  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2270  putative outer membrane porin  27.18 
 
 		 362 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1583  putative outer membrane porin  27.18 
 
 		 362 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0360665  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1086  putative outer membrane porin  27.18 
 
 		 362 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420468  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  27.74 
 
 		 356 aa  77.4  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  27.38 
 
 		 364 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3014  putative outer membrane porin  27.18 
 
 		 362 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000144829  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2827  outer membrane porin OpcP  27.39 
 
 		 375 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6157  porin  26.74 
 
 		 355 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0964625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  26.03 
 
 		 357 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  27.05 
 
 		 347 aa  76.6  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  24.78 
 
 		 385 aa  76.6  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3712  porin  27.27 
 
 		 350 aa  76.3  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718332  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  27.05 
 
 		 354 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  27.05 
 
 		 354 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  25.71 
 
 		 352 aa  75.9  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0849  OmpC family outer membrane porin  24.88 
 
 		 384 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0153062  normal  0.0195066 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  27.49 
 
 		 356 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  24.22 
 
 		 342 aa  75.1  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6063  porin  26.28 
 
 		 390 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5801  porin Gram-negative type  32.84 
 
 		 411 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00555584  normal  0.58755 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0884  porin  26.32 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.273334  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  28.73 
 
 		 359 aa  75.1  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  23.98 
 
 		 367 aa  75.5  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  25.23 
 
 		 358 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  25.81 
 
 		 361 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5837  porin  26.76 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.543767 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5150  porin  27.46 
 
 		 356 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3981  porin  27.32 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.886193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4385  porin  27.32 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3547  porin  27.32 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251126  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>