More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0910 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
188 aa  384  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  96.28 
 
 
188 aa  373  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  80.32 
 
 
188 aa  317  5e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  80.32 
 
 
188 aa  317  6e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  79.79 
 
 
188 aa  302  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
187 aa  289  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
187 aa  289  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
187 aa  289  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
187 aa  289  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  73.94 
 
 
187 aa  289  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  73.4 
 
 
187 aa  288  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  73.4 
 
 
187 aa  288  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  73.94 
 
 
187 aa  287  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  73.94 
 
 
187 aa  287  6e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  73.94 
 
 
187 aa  285  4e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  71.81 
 
 
186 aa  276  9e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  71.81 
 
 
211 aa  276  1e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  71.81 
 
 
211 aa  276  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  71.81 
 
 
186 aa  275  2e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  71.81 
 
 
186 aa  275  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  71.81 
 
 
186 aa  275  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  71.81 
 
 
186 aa  275  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  71.81 
 
 
186 aa  275  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  65.61 
 
 
189 aa  261  4e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  65.97 
 
 
188 aa  256  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  66.49 
 
 
188 aa  253  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  66.49 
 
 
192 aa  252  3e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  66.15 
 
 
189 aa  249  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  67.74 
 
 
188 aa  249  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  64.92 
 
 
188 aa  246  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  62.23 
 
 
188 aa  244  4e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  64.92 
 
 
188 aa  243  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  65.97 
 
 
188 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  65.97 
 
 
188 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  63.02 
 
 
237 aa  235  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  63.16 
 
 
189 aa  234  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  61.38 
 
 
196 aa  226  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  56.8 
 
 
169 aa  205  3e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  66.12 
 
 
144 aa  160  8.000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  47.03 
 
 
181 aa  157  9e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  47.43 
 
 
186 aa  150  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  45.71 
 
 
194 aa  140  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  44.02 
 
 
188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  41.28 
 
 
189 aa  102  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  39.77 
 
 
194 aa  98.2  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1118  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.06 
 
 
175 aa  72.8  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.81 
 
 
172 aa  71.2  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3027  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.59 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296349  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.43 
 
 
170 aa  66.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  31.13 
 
 
167 aa  65.1  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1734  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.31 
 
 
185 aa  64.7  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.964336 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.7 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.335461  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3558  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.26 
 
 
167 aa  64.3  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0363332  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  48.57 
 
 
185 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.26 
 
 
239 aa  63.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.57 
 
 
185 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.03 
 
 
168 aa  62.8  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6577  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55.77 
 
 
166 aa  62.4  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.153713  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  28.09 
 
 
176 aa  61.6  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2472  sigma-24  41.89 
 
 
198 aa  61.6  0.000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3855  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.37 
 
 
172 aa  61.6  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0375  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.01 
 
 
189 aa  60.5  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3047  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.63 
 
 
169 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0780559  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  30.91 
 
 
226 aa  59.7  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.65 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0306306  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2838  transcriptional regulator, LuxR family  24.42 
 
 
188 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.43909  normal  0.15298 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.4 
 
 
166 aa  58.9  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.53 
 
 
202 aa  58.5  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09630  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  27.89 
 
 
183 aa  58.5  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.229524 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1154  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  29.59 
 
 
201 aa  57.4  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.449216 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8720  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.17 
 
 
177 aa  57.4  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0889132  normal  0.0168967 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3554  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.34 
 
 
191 aa  57.4  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.642665 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3594  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.95 
 
 
169 aa  57  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000219096  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  40.26 
 
 
175 aa  56.6  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.4 
 
 
170 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0281  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.8 
 
 
203 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.18 
 
 
175 aa  57  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3625  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
199 aa  56.6  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.347473  normal  0.725536 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.78 
 
 
167 aa  56.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142363  normal  0.0113176 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1457  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.73 
 
 
233 aa  56.6  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0677  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.51 
 
 
171 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  46.3 
 
 
219 aa  55.8  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.738543 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8847  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.34 
 
 
190 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2900  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.34 
 
 
171 aa  55.8  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6553  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.29 
 
 
186 aa  55.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000129016  normal  0.35741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  29.22 
 
 
225 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  28.31 
 
 
200 aa  55.8  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  29.22 
 
 
225 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4104  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.84 
 
 
171 aa  55.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.495485  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38070  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  25.14 
 
 
173 aa  55.5  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.741976  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2763  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.61 
 
 
206 aa  55.5  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000898163 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.4 
 
 
176 aa  55.5  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55 
 
 
202 aa  54.7  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.446686 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8788  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.49 
 
 
183 aa  54.7  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.808008 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  29.22 
 
 
225 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.84 
 
 
201 aa  54.7  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6032  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.14 
 
 
199 aa  54.7  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.40169 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.71 
 
 
222 aa  54.3  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0706  RNA polymerase sigma factor  28.65 
 
 
232 aa  54.3  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.438313  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0077  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.81 
 
 
165 aa  54.7  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.780161 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>