249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2556 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2556  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
198 aa  396  1e-109  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
224 aa  69.7  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.24 
 
 
225 aa  68.9  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
225 aa  67.4  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.38 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
218 aa  66.2  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.11 
 
 
224 aa  65.1  0.0000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  26.09 
 
 
322 aa  63.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  31.5 
 
 
225 aa  64.3  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.93 
 
 
239 aa  63.2  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
231 aa  63.2  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  32.34 
 
 
222 aa  62.4  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
249 aa  62.4  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  26.06 
 
 
243 aa  61.2  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0644  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.35 
 
 
243 aa  60.1  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000386152  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.35 
 
 
225 aa  60.1  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
234 aa  59.7  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.4 
 
 
231 aa  59.7  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00758  putative transcriptional regulator (Crp family) protein  28.7 
 
 
223 aa  59.7  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.91 
 
 
224 aa  58.9  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.07 
 
 
225 aa  59.3  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.19 
 
 
1056 aa  58.9  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.84 
 
 
226 aa  58.2  0.00000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  31.06 
 
 
158 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.86 
 
 
242 aa  58.2  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4053  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
211 aa  58.2  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  25.19 
 
 
154 aa  57.4  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
222 aa  57.4  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.61 
 
 
226 aa  57.4  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  29.37 
 
 
154 aa  57.4  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  30.53 
 
 
144 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  28.47 
 
 
157 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.12 
 
 
228 aa  56.6  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1358  Ion transport protein  33.06 
 
 
419 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
231 aa  56.2  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.3 
 
 
225 aa  56.2  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.21 
 
 
224 aa  56.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1780  cyclic nucleotide-binding protein  28.03 
 
 
156 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1632  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.87 
 
 
250 aa  55.8  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.68 
 
 
228 aa  55.5  0.0000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.57 
 
 
219 aa  55.5  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  29.7 
 
 
225 aa  55.5  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1533  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.14 
 
 
231 aa  55.5  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  26.24 
 
 
154 aa  55.5  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.46 
 
 
228 aa  55.1  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  27.35 
 
 
224 aa  55.1  0.0000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
261 aa  55.1  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1234  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
232 aa  54.3  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  26.57 
 
 
155 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.4 
 
 
243 aa  54.3  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.57 
 
 
155 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  25.44 
 
 
236 aa  53.5  0.000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  27.35 
 
 
224 aa  53.9  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0611  hypothetical protein  23.18 
 
 
738 aa  53.1  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
254 aa  53.1  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28 
 
 
232 aa  53.5  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  26.57 
 
 
155 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4712  cyclic nucleotide-binding protein  30 
 
 
412 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12211  predicted protein  26.77 
 
 
528 aa  53.9  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.52 
 
 
225 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.41 
 
 
225 aa  53.1  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  32.14 
 
 
860 aa  52.8  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
228 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.13 
 
 
225 aa  53.1  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  31.34 
 
 
413 aa  53.1  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.21 
 
 
224 aa  52.8  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.1 
 
 
220 aa  52.8  0.000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  23.72 
 
 
495 aa  52.4  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  26.98 
 
 
286 aa  52.4  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
230 aa  52.4  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2199  cyclic nucleotide-binding protein  23.72 
 
 
357 aa  52  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2437  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  27.82 
 
 
179 aa  52  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.32 
 
 
225 aa  52  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
234 aa  52  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 
435 aa  52  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.05 
 
 
227 aa  52  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.6 
 
 
237 aa  51.6  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.75 
 
 
232 aa  51.6  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.53 
 
 
224 aa  51.6  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.69 
 
 
489 aa  51.6  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0296  cyclic nucleotide-binding protein  29.05 
 
 
624 aa  51.6  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.339618 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  26.62 
 
 
352 aa  51.6  0.000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.76 
 
 
229 aa  51.2  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  26.57 
 
 
224 aa  50.4  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
225 aa  51.2  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1297  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.57 
 
 
222 aa  50.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.67 
 
 
490 aa  50.8  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.4 
 
 
234 aa  50.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2066  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.45 
 
 
224 aa  50.4  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0111986  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
226 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.83 
 
 
225 aa  50.8  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.5 
 
 
225 aa  50.8  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
226 aa  50.1  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.59 
 
 
222 aa  49.7  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
224 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  26.36 
 
 
230 aa  50.1  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
224 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
224 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
224 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
224 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>