More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00758 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00758  putative transcriptional regulator (Crp family) protein  100 
 
 		 223 aa  458  9.999999999999999e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.98 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  27.08 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  23.11 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  24.87 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.51 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.57 
 
 		 243 aa  68.9  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 260 aa  68.6  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 233 aa  68.6  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 		 225 aa  66.2  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2812  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.06 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.27 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 227 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.06 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.6 
 
 		 224 aa  62  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1724  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 230 aa  61.6  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 228 aa  62  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  24.5 
 
 		 228 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  28.03 
 
 		 144 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.48 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  20.29 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.26 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2417  cyclic nucleotide-binding protein  22.58 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.034588  normal  0.0382931 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  27.86 
 
 		 217 aa  60.1  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2556  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  23.41 
 
 		 266 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.31 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.66 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 224 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  27.27 
 
 		 158 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 		 1056 aa  58.2  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 227 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.59 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.5 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3557  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  36 
 
 		 605 aa  57.8  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  25.83 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  22.89 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.59 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.89 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  23.89 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2066  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0111986  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  25.28 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  25.28 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  22.89 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  25.28 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  25.28 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.02 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  25.28 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 246 aa  56.6  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.15 
 
 		 227 aa  57  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  23.96 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.83 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  25.13 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  26.15 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.41 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.91 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.67 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 254 aa  55.8  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.24 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.24 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 262 aa  55.8  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  22.92 
 
 		 232 aa  55.5  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1583  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.547464  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  23.2 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  28.19 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.59 
 
 		 229 aa  55.1  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.77 
 
 		 241 aa  54.3  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  26.32 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1123  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.6 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.244021  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 278 aa  54.7  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.81 
 
 		 227 aa  54.3  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  22.39 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 231 aa  53.5  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.95 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4577  cAMP-regulatory protein  24.18 
 
 		 214 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.18 
 
 		 225 aa  53.5  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  26.96 
 
 		 157 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  19.69 
 
 		 229 aa  54.3  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 231 aa  53.5  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.95 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  25.9 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.7 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  27.12 
 
 		 407 aa  53.9  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4977  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.6 
 
 		 234 aa  53.5  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.111601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>