More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5025 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
1056 aa  2114    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.41 
 
 
1075 aa  659    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1022  hypothetical protein  20.27 
 
 
1089 aa  111  9.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09318  hypothetical protein  20.16 
 
 
939 aa  101  6e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0929  HEAT repeat-containing PBS lyase  22.92 
 
 
1010 aa  97.4  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.56 
 
 
146 aa  96.3  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.86 
 
 
141 aa  95.1  6e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1996  cAMP-binding protein  23.07 
 
 
1002 aa  81.3  0.00000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.31 
 
 
225 aa  78.6  0.0000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  28.47 
 
 
157 aa  78.6  0.0000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.93 
 
 
231 aa  76.6  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  32.85 
 
 
225 aa  76.3  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
225 aa  76.3  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.83 
 
 
219 aa  75.9  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.59 
 
 
225 aa  74.7  0.000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1358  Ion transport protein  35.61 
 
 
419 aa  74.3  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  32.85 
 
 
225 aa  73.9  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  32.45 
 
 
747 aa  73.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  30.94 
 
 
322 aa  72.8  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.58 
 
 
225 aa  72.8  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.85 
 
 
226 aa  73.2  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5447  voltage-dependent potassium channel  31.78 
 
 
409 aa  70.5  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.58 
 
 
225 aa  70.1  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.12 
 
 
226 aa  69.7  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1378  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36 
 
 
408 aa  70.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4712  cyclic nucleotide-binding protein  32.58 
 
 
412 aa  70.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1780  cyclic nucleotide-binding protein  32.05 
 
 
156 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.12 
 
 
228 aa  69.3  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12211  predicted protein  36.84 
 
 
528 aa  69.3  0.0000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  32.12 
 
 
1048 aa  69.7  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  32.67 
 
 
160 aa  68.9  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.2 
 
 
242 aa  68.9  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.85 
 
 
228 aa  68.2  0.0000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.66 
 
 
224 aa  67.8  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  32.85 
 
 
224 aa  67  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  29.37 
 
 
563 aa  65.9  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
225 aa  65.9  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  36.89 
 
 
157 aa  65.5  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.36 
 
 
215 aa  65.5  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
171 aa  65.5  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4038  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.29 
 
 
409 aa  65.1  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.78 
 
 
228 aa  65.1  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  35.58 
 
 
435 aa  64.7  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  35.45 
 
 
215 aa  64.7  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  31.39 
 
 
225 aa  64.7  0.000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  35.96 
 
 
407 aa  64.7  0.000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.17 
 
 
224 aa  64.3  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  37.3 
 
 
144 aa  63.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3761  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.15 
 
 
227 aa  63.5  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0509841  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
223 aa  63.5  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4893  cyclic nucleotide-binding protein  27.94 
 
 
237 aa  63.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.21 
 
 
225 aa  63.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  35.45 
 
 
215 aa  63.5  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.84 
 
 
242 aa  62.8  0.00000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
230 aa  62.8  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  33.9 
 
 
355 aa  62.8  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  37.3 
 
 
158 aa  62.4  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  30.53 
 
 
154 aa  62.4  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3904  cyclic nucleotide-binding:Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS:xanthine/uracil/vitamin C permease:sulphate transporter  33.62 
 
 
736 aa  62  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13760  hypothetical protein  32.79 
 
 
1065 aa  62  0.00000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.217439 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.89 
 
 
227 aa  62  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6804  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.64 
 
 
238 aa  61.6  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2039  hypothetical protein  22.57 
 
 
1002 aa  61.2  0.00000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.373695 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
226 aa  61.2  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  27.97 
 
 
226 aa  61.2  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2391  cyclic nucleotide-binding protein  31.91 
 
 
164 aa  60.5  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1957  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.58 
 
 
145 aa  60.8  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.14 
 
 
239 aa  61.2  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  31.06 
 
 
367 aa  60.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.21 
 
 
243 aa  61.2  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7320  cyclic nucleotide-binding protein  26.97 
 
 
169 aa  60.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376819  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  33.96 
 
 
155 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  28.67 
 
 
224 aa  60.5  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37 
 
 
503 aa  60.5  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.82 
 
 
253 aa  60.5  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04987  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O59922]  37.21 
 
 
412 aa  59.7  0.0000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.599779  normal  0.51731 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.19 
 
 
425 aa  59.7  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  30.19 
 
 
425 aa  59.7  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  34.29 
 
 
598 aa  59.7  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.41 
 
 
129 aa  59.3  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1866  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.03 
 
 
182 aa  59.3  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.39 
 
 
224 aa  59.7  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.83 
 
 
225 aa  59.3  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2726  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  29.22 
 
 
322 aa  59.3  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.241979  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
492 aa  59.3  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.01 
 
 
236 aa  58.9  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  31.11 
 
 
512 aa  58.9  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  29.32 
 
 
482 aa  58.9  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2556  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.19 
 
 
198 aa  58.5  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
224 aa  58.5  0.0000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
228 aa  58.2  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.05 
 
 
155 aa  58.2  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0426  Na+/H+ antiporter  28.91 
 
 
832 aa  58.2  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  28.06 
 
 
154 aa  58.2  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2082  cyclic nucleotide-binding protein  28.91 
 
 
832 aa  58.2  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.584605  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  28.19 
 
 
171 aa  58.2  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
220 aa  57.4  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
233 aa  57.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  25.85 
 
 
417 aa  57.8  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.98 
 
 
230 aa  57.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>