More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2726 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2726  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 322 aa  659    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.241979  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  26.77 
 
 		 312 aa  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 555 aa  97.8  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  29.21 
 
 		 320 aa  97.4  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  29.65 
 
 		 608 aa  94  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.98 
 
 		 1073 aa  92  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 628 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  32.24 
 
 		 709 aa  90.5  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  32.24 
 
 		 609 aa  90.5  4e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  30.05 
 
 		 428 aa  89.7  5e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 431 aa  89.7  6e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 1826 aa  88.6  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 494 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  28.76 
 
 		 374 aa  87.8  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  39.42 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 494 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  36.43 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 634 aa  87.8  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  32.22 
 
 		 462 aa  88.2  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  30.68 
 
 		 563 aa  87.8  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 532 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  25 
 
 		 322 aa  87  4e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 327 aa  87  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0845  diguanylate cyclase  26.59 
 
 		 318 aa  87  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  32.73 
 
 		 563 aa  87  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  32.97 
 
 		 523 aa  86.3  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.24 
 
 		 302 aa  86.3  7e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 516 aa  86.3  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 495 aa  85.9  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.85 
 
 		 458 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0098  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.57 
 
 		 642 aa  85.1  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 517 aa  85.5  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 313 aa  85.5  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1914  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.74 
 
 		 459 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.943888  hitchhiker  0.00021307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0437  GGDEF domain-containing protein  29.06 
 
 		 558 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  29.31 
 
 		 583 aa  85.1  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2582  GGDEF domain-containing protein  28.49 
 
 		 1431 aa  84.7  0.000000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00148361  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4547  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00115443  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  28.28 
 
 		 483 aa  85.1  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  28.05 
 
 		 638 aa  84.7  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.53 
 
 		 415 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2926  diguanylate cyclase  27.94 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  33.13 
 
 		 424 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  29.67 
 
 		 492 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 459 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.04 
 
 		 878 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0864607  normal  0.185142 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  29.17 
 
 		 510 aa  84.3  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3097  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 458 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.948135  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  29.67 
 
 		 492 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1747  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.18 
 
 		 792 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.68507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 530 aa  84  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.33 
 
 		 663 aa  84  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  32.12 
 
 		 564 aa  84.3  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3700  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 461 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.18 
 
 		 797 aa  83.6  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 611 aa  83.6  0.000000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 574 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.57 
 
 		 572 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0289  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 557 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 866 aa  83.2  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 764 aa  83.2  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 758 aa  83.2  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 653 aa  83.2  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 764 aa  82.8  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02671  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  32.97 
 
 		 531 aa  82.8  0.000000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0186  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.07 
 
 		 740 aa  82.8  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.789311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  30 
 
 		 345 aa  82.8  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0726  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 236 aa  82.4  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.914342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.31 
 
 		 881 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.144033  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.52 
 
 		 864 aa  82.4  0.000000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2262  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 237 aa  82.8  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0475991  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  29.19 
 
 		 492 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 574 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6707  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  26.79 
 
 		 377 aa  82.4  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.282449  normal  0.0224535 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 580 aa  82.4  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 620 aa  82  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 659 aa  82  0.00000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  33.1 
 
 		 764 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  29.24 
 
 		 353 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.85 
 
 		 1125 aa  81.6  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 357 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.68 
 
 		 622 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 551 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.07 
 
 		 610 aa  81.3  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  29.76 
 
 		 1079 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 492 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.85 
 
 		 772 aa  80.9  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  33.1 
 
 		 452 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 357 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 492 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.75 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 492 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0610  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.86 
 
 		 901 aa  80.9  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.999827  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 680 aa  80.9  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.2 
 
 		 738 aa  80.9  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 492 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 362 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 513 aa  80.9  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 640 aa  80.5  0.00000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>