More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3083 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1136  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  97.78 
 
 
541 aa  1008    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3083  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
541 aa  1086    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186488  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0685  sensor histidine kinase  38.77 
 
 
535 aa  361  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.13 
 
 
500 aa  153  8.999999999999999e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.82 
 
 
513 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.17 
 
 
510 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 
494 aa  147  7.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1620  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
559 aa  147  7.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.96029  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.89 
 
 
510 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
680 aa  145  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.76 
 
 
524 aa  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.21 
 
 
526 aa  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  35.15 
 
 
1833 aa  145  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 
503 aa  144  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.74 
 
 
515 aa  142  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.93 
 
 
799 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.03 
 
 
508 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.7 
 
 
512 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 
692 aa  140  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2129  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.78 
 
 
862 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0772387  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.09 
 
 
514 aa  139  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.94 
 
 
527 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5549  sensor histidine kinase  34.36 
 
 
355 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2452  multisensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
556 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.413199  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 
1211 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  31.77 
 
 
355 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.97 
 
 
501 aa  136  8e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  36.68 
 
 
511 aa  136  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
501 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 
662 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
975 aa  134  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.09 
 
 
513 aa  135  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 
457 aa  134  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.93 
 
 
379 aa  133  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.78 
 
 
841 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 
871 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.03 
 
 
608 aa  133  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 
838 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  34.88 
 
 
857 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  33.47 
 
 
406 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
838 aa  131  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 
630 aa  131  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.09 
 
 
838 aa  131  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.44 
 
 
461 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 
841 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 
519 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
838 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
838 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
838 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 
845 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2094  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 
503 aa  130  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  33.62 
 
 
1837 aa  130  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
838 aa  130  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.24 
 
 
796 aa  130  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.22 
 
 
1000 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
838 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 
848 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  34.19 
 
 
1845 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
739 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.34 
 
 
509 aa  129  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  32.32 
 
 
879 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  32.32 
 
 
879 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 
902 aa  129  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  32.32 
 
 
846 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.72 
 
 
858 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 
870 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5152  ATPase domain-containing protein  34.3 
 
 
1682 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198047  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 
515 aa  128  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  32.32 
 
 
835 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  32.32 
 
 
885 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.72 
 
 
842 aa  128  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  32.32 
 
 
835 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  35 
 
 
512 aa  128  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  32.32 
 
 
885 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
846 aa  128  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145258  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.06 
 
 
848 aa  128  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  32.32 
 
 
835 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 
1211 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 
398 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  33.62 
 
 
1822 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.18 
 
 
471 aa  127  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 
634 aa  127  7e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 
862 aa  126  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508108  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09680  putative two-component sensor  36.05 
 
 
758 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280017  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 
666 aa  125  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
733 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
845 aa  125  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2222  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
468 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3869  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 
616 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5634  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
624 aa  125  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.469623 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 
857 aa  124  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3552  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 
468 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3816  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 
636 aa  124  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  28.7 
 
 
356 aa  124  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5242  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  33.06 
 
 
1682 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59114  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
851 aa  123  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
902 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3512  histidine kinase  30.23 
 
 
357 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25270  sensory histidine protein kinase  34.16 
 
 
600 aa  122  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.9 
 
 
873 aa  122  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0861202  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>