More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0515 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0515  glycogen debranching protein GlgX  100 
 
 		 739 aa  1507    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0988  glycogen operon protein  45.94 
 
 		 716 aa  629  1e-179  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.25479 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1322  glycogen operon protein GlgX  47.67 
 
 		 738 aa  615  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0099235  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5289  glycogen debranching enzyme GlgX  47.82 
 
 		 738 aa  618  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5335  glycogen debranching enzyme GlgX  47.09 
 
 		 723 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1740  glycogen debranching protein GlgX  46.84 
 
 		 706 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152679  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3485  glycogen debranching protein GlgX  48.02 
 
 		 692 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1982  glycogen debranching enzyme GlgX  45.61 
 
 		 721 aa  613  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0850587  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1850  glycogen debranching enzyme GlgX  50.23 
 
 		 779 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.369764  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1151  glycogen debranching enzyme GlgX  46.42 
 
 		 756 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.911208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3138  glycogen debranching enzyme GlgX  46.82 
 
 		 758 aa  609  1e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.157891 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1332  glycogen debranching enzyme GlgX  47.93 
 
 		 733 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1322  glycogen debranching enzyme GlgX  47.93 
 
 		 733 aa  612  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.831141  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3027  glycogen debranching enzyme GlgX  47.93 
 
 		 733 aa  611  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0317  glycogen debranching protein GlgX  46.87 
 
 		 715 aa  611  1e-173  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2282  glycogen debranching enzyme GlgX  46.64 
 
 		 704 aa  609  1e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0218366  hitchhiker  0.000957469 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1358  glycogen debranching enzyme GlgX  47.78 
 
 		 733 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.173381 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4166  glycogen debranching enzyme GlgX  46.88 
 
 		 693 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.830683  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3335  glycogen debranching enzyme GlgX  45.56 
 
 		 755 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.242143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4873  glycogen debranching enzyme GlgX  50.23 
 
 		 757 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.325281  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3459  glycogen debranching enzyme GlgX  46.82 
 
 		 758 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.0095234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0681  glycogen debranching enzyme GlgX  47.7 
 
 		 700 aa  606  9.999999999999999e-173  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3555  glycogen debranching enzyme GlgX  46.97 
 
 		 755 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0361037 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5568  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  45.75 
 
 		 745 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1169  glycogen debranching enzyme GlgX  48.33 
 
 		 733 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.161033 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1881  glycogen debranching protein GlgX  46.82 
 
 		 691 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36630  putative glycosyl hydrolase  47.96 
 
 		 716 aa  605  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0278347  normal  0.953744 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3146  glycogen debranching enzyme GlgX  47.81 
 
 		 716 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.371141  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0567  glycogen debranching enzyme GlgX  46.84 
 
 		 722 aa  601  1e-170  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1206  glycogen debranching enzyme GlgX  47.13 
 
 		 692 aa  600  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1887  glycogen debranching enzyme GlgX  49.93 
 
 		 758 aa  601  1e-170  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0704358 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2757  glycogen debranching enzyme GlgX  46.35 
 
 		 752 aa  600  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2933  glycogen debranching enzyme GlgX  46.34 
 
 		 752 aa  600  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1958  glycogen debranching enzyme GlgX  47.55 
 
 		 704 aa  596  1e-169  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.182778  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1495  glycogen operon protein  45.99 
 
 		 750 aa  595  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1249  glycogen debranching enzyme GlgX  47.21 
 
 		 735 aa  597  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1115  glycogen debranching enzyme GlgX  48.12 
 
 		 712 aa  597  1e-169  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1606  glycogen debranching protein GlgX  46.46 
 
 		 729 aa  598  1e-169  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03371  glycogen debranching enzyme GlgX  47.56 
 
 		 720 aa  597  1e-169  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.13804  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1227  glycogen debranching protein GlgX  47.4 
 
 		 719 aa  598  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170759 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6324  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  46.1 
 
 		 691 aa  597  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.24347  normal  0.874434 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2835  glycogen debranching enzyme GlgX  45.79 
 
 		 752 aa  597  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3752  glycogen debranching enzyme GlgX  46.28 
 
 		 720 aa  596  1e-169  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.742598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2997  glycoside hydrolase, family alpha amylase catalytic subunit  44.78 
 
 		 727 aa  595  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1184  glycogen debranching enzyme GlgX  47.98 
 
 		 712 aa  594  1e-168  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7031  glycogen debranching protein GlgX  48.51 
 
 		 708 aa  594  1e-168  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.261677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3116  glycogen debranching protein GlgX  47.95 
 
 		 698 aa  592  1e-168  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.479948 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2676  glycogen debranching enzyme GlgX  47.92 
 
 		 691 aa  593  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0647  glycogen debranching enzyme GlgX  44.22 
 
 		 722 aa  592  1e-168  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.539207  normal  0.291924 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5488  glycogen debranching enzyme GlgX  48.59 
 
 		 708 aa  593  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.168137  decreased coverage  0.0000616357 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1372  glycogen debranching enzyme GlgX  46.19 
 
 		 712 aa  592  1e-168  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.296905 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3315  glycogen debranching enzyme GlgX  47.3 
 
 		 711 aa  593  1e-168  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0543  glycogen debranching enzyme GlgX  46.73 
 
 		 704 aa  589  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0247855  normal  0.604467 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4055  glycogen debranching protein GlgX  46.22 
 
 		 717 aa  591  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.119341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3665  glycogen debranching protein GlgX  45.99 
 
 		 830 aa  589  1e-167  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0414  glycogen debranching enzyme GlgX  50.73 
 
 		 693 aa  591  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1463  glycogen debranching protein GlgX  45.45 
 
 		 692 aa  590  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1333  glycogen debranching protein GlgX  47.23 
 
 		 705 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0242466  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2576  glycogen debranching enzyme GlgX  44.02 
 
 		 710 aa  588  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.677524  normal  0.165671 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1788  glycogen debranching enzyme GlgX  46.22 
 
 		 717 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2909  glycogen debranching enzyme GlgX  44.99 
 
 		 751 aa  589  1e-167  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.506693  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6496  glycogen debranching enzyme GlgX  47.23 
 
 		 705 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0828061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1514  putative bifunctional 4-alpha-glucanotransferase/glycogen debranching enzyme  46.15 
 
 		 1464 aa  590  1e-167  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117562  normal  0.556808 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7550  glycogen debranching enzyme GlgX  45.47 
 
 		 702 aa  589  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.317676  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3654  glycogen debranching enzyme GlgX  46.37 
 
 		 717 aa  591  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0348768 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6085  glycogen debranching enzyme GlgX  47.23 
 
 		 705 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0291933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5164  glycogen debranching enzyme GlgX  45.97 
 
 		 1537 aa  587  1e-166  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0685376 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3130  glycogen operon protein GlgX  44.09 
 
 		 727 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167727  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2265  glycogen debranching enzyme GlgX  42.98 
 
 		 708 aa  586  1e-166  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00202669 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0396  glycogen debranching enzyme GlgX  43 
 
 		 726 aa  588  1e-166  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.153348  normal  0.926984 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1775  glycogen debranching enzyme GlgX  48.11 
 
 		 701 aa  588  1e-166  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.318288  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1056  glycogen debranching enzyme GlgX  48.01 
 
 		 712 aa  588  1e-166  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2158  glycogen debranching protein GlgX  45.98 
 
 		 719 aa  586  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0345133  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5729  glycogen debranching enzyme GlgX  44.08 
 
 		 723 aa  587  1e-166  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1103  glycogen debranching enzyme GlgX  48.61 
 
 		 695 aa  588  1e-166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.512458 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5495  glycogen debranching enzyme GlgX  44.17 
 
 		 714 aa  582  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0541  glycogen debranching protein GlgX  48.36 
 
 		 727 aa  583  1.0000000000000001e-165  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1819  glycogen debranching enzyme GlgX  45.86 
 
 		 717 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11344  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2164  glycogen debranching enzyme GlgX  44.86 
 
 		 708 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1088  glycogen debranching enzyme GlgX  44.67 
 
 		 718 aa  582  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.231339 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4646  glycogen debranching enzyme  48.29 
 
 		 661 aa  579  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.298898 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6707  glycogen debranching protein GlgX  46.66 
 
 		 706 aa  580  1e-164  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.171756  normal  0.694443 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0505  glycogen debranching protein GlgX  46.51 
 
 		 714 aa  579  1e-164  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299874  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3626  glycogen debranching protein GlgX  44.37 
 
 		 701 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0135941 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0906  glycogen debranching enzyme GlgX  43.44 
 
 		 721 aa  579  1e-164  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00297293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5115  glycogen debranching protein GlgX  44.48 
 
 		 714 aa  581  1e-164  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5204  glycogen debranching enzyme GlgX  44.48 
 
 		 714 aa  581  1e-164  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.779499  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0238  glycogen operon protein GlgX  48.33 
 
 		 754 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.137822  normal  0.662509 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1486  glycogen debranching enzyme GlgX  46.68 
 
 		 705 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000700154 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16660  glycogen debranching enzyme GlgX  46.23 
 
 		 720 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.038626 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2544  glycogen debranching protein GlgX  45.19 
 
 		 719 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4049  glycogen debranching enzyme GlgX  47.3 
 
 		 766 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.928409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2618  glycogen debranching enzyme GlgX  44.27 
 
 		 752 aa  577  1.0000000000000001e-163  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0936116 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1401  glycogen debranching protein GlgX  45 
 
 		 701 aa  578  1.0000000000000001e-163  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2045  glycogen debranching enzyme GlgX  50.64 
 
 		 738 aa  578  1.0000000000000001e-163  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1463  glycogen debranching enzyme GlgX  47.66 
 
 		 708 aa  577  1.0000000000000001e-163  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.66197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3681  glycogen debranching protein GlgX  45.3 
 
 		 692 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6824  glycogen debranching enzyme GlgX  45.76 
 
 		 739 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3936  glycogen debranching enzyme GlgX  47.3 
 
 		 766 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659462  normal  0.365741 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4425  glycogen debranching enzyme GlgX  47.2 
 
 		 697 aa  576  1.0000000000000001e-163  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>