More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3109 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  67.12 
 
 		 893 aa  1213    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  84.52 
 
 		 900 aa  1528    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  90.01 
 
 		 900 aa  1632    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  73.63 
 
 		 898 aa  1326    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 901 aa  1809    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  68.86 
 
 		 885 aa  1246    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  71.17 
 
 		 893 aa  1276    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  59.57 
 
 		 662 aa  341  4e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  56.63 
 
 		 693 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  57.91 
 
 		 667 aa  337  5e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  56.9 
 
 		 670 aa  333  7.000000000000001e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  57.55 
 
 		 690 aa  333  8e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  57.19 
 
 		 692 aa  332  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  57.4 
 
 		 663 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  55.47 
 
 		 708 aa  325  2e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  48 
 
 		 914 aa  281  4e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 		 936 aa  280  6e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  42.59 
 
 		 805 aa  260  8e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  45.69 
 
 		 657 aa  250  8e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.52 
 
 		 762 aa  247  6.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  45.71 
 
 		 757 aa  243  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  45.36 
 
 		 757 aa  240  6.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  44.04 
 
 		 471 aa  237  6e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  43.68 
 
 		 471 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  42.6 
 
 		 473 aa  232  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.17 
 
 		 506 aa  232  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 		 962 aa  231  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  36.03 
 
 		 550 aa  230  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  40.37 
 
 		 560 aa  229  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.44 
 
 		 453 aa  227  6e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6050  putative sensor histidine kinase  40.78 
 
 		 483 aa  227  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.33 
 
 		 1237 aa  226  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.07 
 
 		 453 aa  225  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.07 
 
 		 453 aa  225  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.7 
 
 		 453 aa  224  7e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.13 
 
 		 410 aa  224  7e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.75 
 
 		 781 aa  224  7e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.69 
 
 		 833 aa  224  8e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.65 
 
 		 779 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.43 
 
 		 1242 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  46.33 
 
 		 778 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.84 
 
 		 449 aa  221  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  35.71 
 
 		 529 aa  221  5e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.01 
 
 		 466 aa  219  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.59 
 
 		 1226 aa  218  5.9999999999999996e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 453 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 453 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 		 789 aa  215  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  39.02 
 
 		 544 aa  214  3.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  42.69 
 
 		 453 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.63 
 
 		 453 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  35 
 
 		 1250 aa  213  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  37.23 
 
 		 499 aa  212  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 		 773 aa  212  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  39.85 
 
 		 508 aa  210  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  38.76 
 
 		 950 aa  207  8e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.19 
 
 		 632 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  38.79 
 
 		 632 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.27 
 
 		 853 aa  201  7e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  40.77 
 
 		 454 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.27 
 
 		 632 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  37.27 
 
 		 632 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.27 
 
 		 632 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.26 
 
 		 579 aa  197  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.27 
 
 		 859 aa  194  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  41.45 
 
 		 625 aa  193  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  36.14 
 
 		 648 aa  192  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.8 
 
 		 543 aa  191  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  37.82 
 
 		 436 aa  188  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.97 
 
 		 729 aa  187  7e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 		 638 aa  186  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 		 427 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 		 699 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  32.48 
 
 		 454 aa  179  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 		 560 aa  178  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  32.82 
 
 		 450 aa  174  5e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1776  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.02 
 
 		 1255 aa  173  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  38.13 
 
 		 680 aa  173  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  35.16 
 
 		 580 aa  173  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.44 
 
 		 795 aa  172  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0114838  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 		 683 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.92 
 
 		 575 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1834  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.18 
 
 		 681 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1041  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.47 
 
 		 1121 aa  165  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.700011  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2497  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.62 
 
 		 1168 aa  165  4.0000000000000004e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.436801 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.91 
 
 		 1151 aa  164  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1706  histidine kinase  34.08 
 
 		 444 aa  164  8.000000000000001e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1102  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.34 
 
 		 823 aa  162  3e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.813916  normal  0.354207 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  26.73 
 
 		 971 aa  161  4e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  39.92 
 
 		 612 aa  162  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.86 
 
 		 1080 aa  160  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.54 
 
 		 504 aa  159  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.39 
 
 		 1069 aa  159  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 		 530 aa  157  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2731  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.45 
 
 		 1007 aa  156  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.73 
 
 		 744 aa  156  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  28.27 
 
 		 1268 aa  156  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0316  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.55 
 
 		 764 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.889284 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.9 
 
 		 1191 aa  153  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3335  histidine kinase  31.99 
 
 		 464 aa  153  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>