More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2674 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2674  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 202 aa  407  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00828025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3007  riboflavin synthase subunit alpha  87.62 
 
 		 202 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2637  riboflavin synthase subunit alpha  88.12 
 
 		 202 aa  362  3e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23993  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4646  riboflavin synthase subunit alpha  80.2 
 
 		 202 aa  334  3.9999999999999995e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864914  normal  0.264101 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2662  riboflavin synthase subunit alpha  79.21 
 
 		 202 aa  332  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0632112  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1817  riboflavin synthase subunit alpha  78.22 
 
 		 202 aa  321  6e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35102  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1724  riboflavin synthase subunit alpha  74.63 
 
 		 209 aa  299  2e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.455199  normal  0.104146 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1227  riboflavin synthase, alpha subunit  58.42 
 
 		 202 aa  234  6e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2107  riboflavin synthase, alpha subunit  59 
 
 		 207 aa  231  5e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1137  riboflavin synthase subunit alpha  59.7 
 
 		 204 aa  221  7e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0819  riboflavin synthase subunit alpha  55.94 
 
 		 206 aa  208  5e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.244464  normal  0.311255 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1614  riboflavin synthase subunit alpha  56.16 
 
 		 204 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4279  riboflavin synthase, alpha subunit  53.69 
 
 		 203 aa  205  4e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0761  riboflavin synthase subunit alpha  52.22 
 
 		 202 aa  205  5e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2527  riboflavin synthase subunit alpha  52.71 
 
 		 202 aa  204  9e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.670524  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3959  riboflavin synthase, alpha subunit  55.07 
 
 		 207 aa  204  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0989485 
 
 
-
 
NC_004310  BR0768  riboflavin synthase subunit alpha  51.72 
 
 		 202 aa  202  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1180  riboflavin synthase subunit alpha  54.41 
 
 		 203 aa  201  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.278464 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1557  riboflavin synthase subunit alpha  53.47 
 
 		 197 aa  200  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0426247 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1269  riboflavin synthase subunit alpha  55.17 
 
 		 203 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00443387  normal  0.143541 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2252  riboflavin synthase subunit alpha  53.47 
 
 		 200 aa  199  3e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.743387 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0632  riboflavin synthase subunit alpha  51.23 
 
 		 205 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.149991  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  54 
 
 		 196 aa  194  8.000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3362  riboflavin synthase, alpha subunit  52.63 
 
 		 212 aa  192  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3167  riboflavin synthase, alpha subunit  52.63 
 
 		 212 aa  192  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3491  riboflavin synthase, alpha subunit  51.67 
 
 		 212 aa  191  9e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.178161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1534  riboflavin synthase subunit alpha  52.24 
 
 		 201 aa  191  9e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00190054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3101  riboflavin synthase, alpha subunit  53.47 
 
 		 211 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00905036  decreased coverage  0.00949736 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5294  riboflavin synthase, alpha subunit  51.67 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287836  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0417  riboflavin synthase subunit alpha  52.74 
 
 		 198 aa  187  8e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.821706 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2131  riboflavin synthase subunit alpha  51.94 
 
 		 201 aa  187  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0758  riboflavin synthase subunit alpha  51.74 
 
 		 198 aa  185  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2417  riboflavin synthase subunit alpha  51.74 
 
 		 198 aa  185  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22207 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2858  riboflavin synthase subunit alpha  47.09 
 
 		 207 aa  179  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.650896  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2444  riboflavin synthase subunit alpha  48.31 
 
 		 205 aa  178  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2990  riboflavin synthase subunit alpha  50.25 
 
 		 205 aa  176  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.039425 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2911  riboflavin synthase, alpha subunit  48.8 
 
 		 208 aa  175  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128806  hitchhiker  0.000806135 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1824  riboflavin synthase subunit alpha  46.46 
 
 		 196 aa  175  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326708  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  48.48 
 
 		 219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2120  riboflavin synthase subunit alpha  46.86 
 
 		 204 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  47.98 
 
 		 219 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  48.24 
 
 		 219 aa  166  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  46.97 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3457  riboflavin synthase subunit alpha  47.76 
 
 		 220 aa  166  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766476 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  42.71 
 
 		 221 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1625  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 216 aa  164  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00676611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2777  riboflavin synthase subunit alpha  47.74 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0829317  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3468  riboflavin synthase subunit alpha  47.74 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4461  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 220 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3302  riboflavin synthase subunit alpha  47.24 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.121431  decreased coverage  0.000098078 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06730  riboflavin synthase subunit alpha  46.23 
 
 		 219 aa  162  4.0000000000000004e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1097  riboflavin synthase subunit alpha  47.24 
 
 		 218 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146706  normal  0.608902 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  44.22 
 
 		 220 aa  161  5.0000000000000005e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1097  riboflavin synthase subunit alpha  47.24 
 
 		 218 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107827  normal  0.803042 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1163  riboflavin synthase subunit alpha  47.24 
 
 		 218 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166605  normal  0.121939 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0691  riboflavin synthase, alpha subunit  46.73 
 
 		 220 aa  161  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  46.04 
 
 		 220 aa  160  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3158  riboflavin synthase subunit alpha  47.24 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00280959  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1212  riboflavin synthase subunit alpha  46.73 
 
 		 218 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.254692 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3159  riboflavin synthase subunit alpha  46.73 
 
 		 218 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00317838  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1188  riboflavin synthase subunit alpha  44.72 
 
 		 221 aa  158  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0484679  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  45.96 
 
 		 220 aa  158  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  46.46 
 
 		 227 aa  157  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1383  riboflavin synthase subunit alpha  45.73 
 
 		 220 aa  157  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00417649  hitchhiker  0.000000386622 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  46.73 
 
 		 217 aa  156  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  45.45 
 
 		 221 aa  155  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  45.45 
 
 		 221 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  45.45 
 
 		 221 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  45.45 
 
 		 221 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  45.1 
 
 		 219 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1689  riboflavin synthase subunit alpha  42.93 
 
 		 217 aa  154  7e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.1872  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0731  riboflavin synthase subunit alpha  42.51 
 
 		 232 aa  152  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3094  riboflavin synthase subunit alpha  43.94 
 
 		 230 aa  152  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.112712 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1163  riboflavin synthase subunit alpha  44.72 
 
 		 221 aa  151  5e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000497127  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1446  riboflavin synthase subunit alpha  39.39 
 
 		 216 aa  151  7e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1254  riboflavin synthase subunit alpha  47.98 
 
 		 209 aa  150  8.999999999999999e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2730  riboflavin synthase subunit alpha  43.07 
 
 		 215 aa  150  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.964623 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2189  riboflavin synthase subunit alpha  42.57 
 
 		 201 aa  149  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000572802 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0581  riboflavin synthase subunit alpha  43.72 
 
 		 208 aa  150  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1274  riboflavin synthase subunit alpha  44.72 
 
 		 220 aa  149  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000236102  hitchhiker  0.00000000155009 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0916  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 217 aa  148  6e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00048096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2833  riboflavin synthase subunit alpha  42.86 
 
 		 215 aa  147  8e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.226498  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1421  riboflavin synthase subunit alpha  42.93 
 
 		 220 aa  147  9e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00972231  normal  0.185271 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 217 aa  147  9e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  42.71 
 
 		 200 aa  147  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2182  riboflavin synthase subunit alpha  41.41 
 
 		 215 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000398274  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01167  riboflavin synthase subunit alpha  39.9 
 
 		 217 aa  146  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1227  riboflavin synthase subunit alpha  40.91 
 
 		 214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00725897 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004264  riboflavin synthase alpha chain  41.21 
 
 		 217 aa  146  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000121594  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2097  riboflavin synthase subunit alpha  43 
 
 		 199 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0312217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  43.56 
 
 		 220 aa  145  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2925  riboflavin synthase subunit alpha  42.36 
 
 		 215 aa  145  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  40.91 
 
 		 221 aa  145  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3023  riboflavin synthase subunit alpha  40.91 
 
 		 214 aa  145  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4095  riboflavin synthase subunit alpha  42.71 
 
 		 197 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2078  riboflavin synthase, alpha subunit  41.71 
 
 		 216 aa  145  6e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00424988  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0921  riboflavin synthase subunit alpha  40.98 
 
 		 209 aa  144  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.28001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2741  riboflavin synthase subunit alpha  43.22 
 
 		 215 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0376  riboflavin synthase subunit alpha  45.23 
 
 		 221 aa  143  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815037 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2438  riboflavin synthase subunit alpha  40.38 
 
 		 209 aa  143  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>