101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2071 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2071  radical SAM family protein  100 
 
 		 394 aa  792    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00377387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  26.09 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  24.01 
 
 		 319 aa  62.4  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  26.82 
 
 		 373 aa  57  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  27.38 
 
 		 406 aa  55.5  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  26.83 
 
 		 399 aa  55.1  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  27.38 
 
 		 406 aa  55.5  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.14 
 
 		 399 aa  54.3  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  34.48 
 
 		 407 aa  54.7  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  26.09 
 
 		 349 aa  54.3  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  24.92 
 
 		 387 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  30.18 
 
 		 387 aa  53.5  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  27.11 
 
 		 404 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1725  radical SAM domain-containing protein  25.94 
 
 		 460 aa  52.4  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  25.24 
 
 		 389 aa  52  0.00002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3033  radical SAM domain-containing protein  27.21 
 
 		 468 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 		 418 aa  51.6  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  25 
 
 		 397 aa  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0685  radical SAM domain-containing protein  29.73 
 
 		 332 aa  51.2  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460157  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1860  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.52 
 
 		 326 aa  51.2  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.310247  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3162  radical SAM domain-containing protein  33.61 
 
 		 351 aa  51.2  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.313662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1786  radical SAM family protein  26.32 
 
 		 461 aa  50.8  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00175459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  22.94 
 
 		 390 aa  50.4  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1786  Radical SAM domain protein  22.77 
 
 		 377 aa  50.4  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  24.85 
 
 		 414 aa  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1985  radical SAM domain-containing protein  31.78 
 
 		 215 aa  49.7  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2823  radical SAM family protein  29.73 
 
 		 332 aa  49.3  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0411588 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 377 aa  49.3  0.0001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2660  Fe-S oxidoreductase, putative coenzyme synthesis protein  24.38 
 
 		 344 aa  48.5  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  29.17 
 
 		 422 aa  48.5  0.0002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  31.07 
 
 		 387 aa  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1036  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  22.62 
 
 		 298 aa  48.1  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.643895  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  24.43 
 
 		 402 aa  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1335  hypothetical protein  22.02 
 
 		 363 aa  47.8  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.861062 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1579  radical SAM domain-containing protein  26.89 
 
 		 543 aa  47.4  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.803741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  30.08 
 
 		 398 aa  47.8  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1017  radical SAM domain-containing protein  23.86 
 
 		 332 aa  47.4  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  25.45 
 
 		 347 aa  47.8  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  26.26 
 
 		 410 aa  47.4  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1687  radical SAM family protein  27.01 
 
 		 460 aa  47.4  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00336089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0231  radical SAM family protein  27.31 
 
 		 479 aa  47.4  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.721774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  23.35 
 
 		 347 aa  47.4  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  29.76 
 
 		 380 aa  47.4  0.0005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3363  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  23.46 
 
 		 332 aa  47.4  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  25.61 
 
 		 377 aa  47  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2384  Radical SAM domain protein  21.2 
 
 		 339 aa  46.6  0.0007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.597572  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  27.78 
 
 		 366 aa  46.6  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1192  radical SAM domain-containing protein  26.55 
 
 		 332 aa  46.6  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2236  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  23.89 
 
 		 333 aa  46.6  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.64 
 
 		 397 aa  46.6  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1519  radical SAM domain-containing protein  26.89 
 
 		 422 aa  46.2  0.0009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.481264  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  29.17 
 
 		 355 aa  46.2  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0273  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.32 
 
 		 337 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000395705 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3748  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.32 
 
 		 337 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.247867  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  24.05 
 
 		 405 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  31.76 
 
 		 404 aa  45.8  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  23.33 
 
 		 391 aa  45.8  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04320  Radical SAM domain protein  25.42 
 
 		 459 aa  46.2  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0591  Radical SAM domain protein  29.89 
 
 		 258 aa  45.8  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  26.19 
 
 		 407 aa  46.2  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  28.33 
 
 		 399 aa  46.2  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  23.21 
 
 		 399 aa  45.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 		 367 aa  45.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0102  radical SAM domain-containing protein  26.09 
 
 		 482 aa  45.1  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1479  Radical SAM domain protein  28.12 
 
 		 414 aa  45.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  28.7 
 
 		 359 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0882  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  23.46 
 
 		 332 aa  45.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000626988 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3065  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.18 
 
 		 330 aa  45.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.468435 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  23.64 
 
 		 561 aa  45.4  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2955  Radical SAM domain protein  27.94 
 
 		 475 aa  45.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.807752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  30.65 
 
 		 396 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 		 405 aa  45.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  23.17 
 
 		 346 aa  44.7  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  23.17 
 
 		 413 aa  44.7  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  28.31 
 
 		 325 aa  44.7  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  25.44 
 
 		 393 aa  44.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0274  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  23.78 
 
 		 337 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.481355  hitchhiker  0.000000283417 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  26.83 
 
 		 390 aa  44.3  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  23.39 
 
 		 399 aa  44.7  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  25 
 
 		 379 aa  44.3  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0703  radical SAM domain-containing protein  27.94 
 
 		 609 aa  44.3  0.004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  24.65 
 
 		 380 aa  44.3  0.004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  25.95 
 
 		 769 aa  44.3  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  24.38 
 
 		 363 aa  43.9  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  27.35 
 
 		 409 aa  44.3  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.28 
 
 		 394 aa  43.9  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0103  radical SAM domain-containing protein  24.64 
 
 		 482 aa  43.9  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  27.11 
 
 		 428 aa  43.9  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2362  Radical SAM domain protein  27.78 
 
 		 512 aa  43.9  0.005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.199489 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8971  Radical SAM domain protein  22.89 
 
 		 370 aa  43.9  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.126131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07060  arylsulfatase regulator (Fe-S oxidoreductase)  23.89 
 
 		 389 aa  43.9  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.83 
 
 		 372 aa  43.5  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  27.35 
 
 		 367 aa  43.5  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  22.29 
 
 		 395 aa  43.5  0.007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2461  Radical SAM domain protein  22.4 
 
 		 380 aa  43.5  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1600  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  27.62 
 
 		 228 aa  43.5  0.007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  25.14 
 
 		 382 aa  43.5  0.007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  27.87 
 
 		 394 aa  43.1  0.008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1392  Radical SAM domain protein  26.51 
 
 		 274 aa  43.1  0.008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2032  radical SAM domain-containing protein  29.51 
 
 		 411 aa  43.1  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.744875 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>