More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1687 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0244  radical SAM domain-containing protein  84.27 
 
 
458 aa  783    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3615  radical SAM domain-containing protein  86.1 
 
 
465 aa  797    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0909279  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1687  radical SAM family protein  100 
 
 
460 aa  960    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00336089  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2208  Radical SAM domain protein  74.67 
 
 
460 aa  741    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16100  Radical SAM domain protein  42.14 
 
 
462 aa  394  1e-108  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0231  radical SAM family protein  43.31 
 
 
479 aa  380  1e-104  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.721774  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04410  Radical SAM domain protein  41.46 
 
 
450 aa  380  1e-104  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1725  radical SAM domain-containing protein  41.98 
 
 
460 aa  380  1e-104  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1786  radical SAM family protein  41.52 
 
 
461 aa  374  1e-102  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00175459  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1545  Radical SAM domain protein  41.78 
 
 
466 aa  374  1e-102  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00659199  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0970  Radical SAM domain protein  41.94 
 
 
452 aa  355  1e-96  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0606739  normal  0.0894682 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2185  Radical SAM domain protein  38.86 
 
 
465 aa  337  3.9999999999999995e-91  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000136766  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1725  Radical SAM domain protein  39.15 
 
 
462 aa  335  1e-90  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000123553  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0177  hypothetical protein  39.37 
 
 
471 aa  330  3e-89  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1293  radical SAM domain-containing protein  37.47 
 
 
446 aa  328  9e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000719157  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0102  radical SAM domain-containing protein  38.52 
 
 
482 aa  326  4.0000000000000003e-88  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0103  radical SAM domain-containing protein  38.28 
 
 
482 aa  326  5e-88  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1163  radical SAM domain-containing protein  40.72 
 
 
482 aa  319  6e-86  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00933286  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0165  radical SAM domain-containing protein  36.24 
 
 
482 aa  314  1.9999999999999998e-84  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1095  Radical SAM domain protein  38.86 
 
 
446 aa  312  9e-84  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0555  Radical SAM domain protein  38.9 
 
 
451 aa  309  6.999999999999999e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000580773  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0183  radical SAM domain-containing protein  36.12 
 
 
481 aa  304  2.0000000000000002e-81  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00580  predicted Fe-S oxidoreductase  37.38 
 
 
477 aa  301  2e-80  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0601  Radical SAM domain protein  35.99 
 
 
486 aa  298  2e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.772105 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0073  radical SAM family Fe-S protein  36.01 
 
 
422 aa  248  2e-64  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0170  radical SAM family Fe-S protein  36.01 
 
 
422 aa  248  2e-64  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3441  Fe-S oxidoreductase of MoeA/NarA subfamily  34.75 
 
 
357 aa  189  5.999999999999999e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0447995 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0694  Radical SAM domain protein  35.69 
 
 
371 aa  180  4e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.562201 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1646  radical SAM family protein  33.65 
 
 
368 aa  176  9e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1187  hypothetical protein  32.81 
 
 
387 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.289256  normal  0.0319746 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1142  Radical SAM domain protein  30.84 
 
 
362 aa  171  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00531718  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2841  Radical SAM domain protein  30.92 
 
 
410 aa  152  1e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  29.87 
 
 
349 aa  103  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  30.36 
 
 
377 aa  97.1  5e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  31.07 
 
 
380 aa  97.4  5e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  27.95 
 
 
381 aa  96.7  8e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  30.8 
 
 
380 aa  94.7  3e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  26.49 
 
 
346 aa  94.4  4e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 
389 aa  93.6  6e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  29.88 
 
 
323 aa  93.2  9e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  29.89 
 
 
330 aa  93.2  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  31.53 
 
 
406 aa  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  26.78 
 
 
333 aa  91.7  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  31.53 
 
 
406 aa  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 
418 aa  91.3  3e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  26.75 
 
 
366 aa  90.9  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  29.29 
 
 
325 aa  90.5  5e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  34.46 
 
 
404 aa  90.1  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  25.78 
 
 
501 aa  89.7  1e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  33.51 
 
 
323 aa  89.4  1e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  26.25 
 
 
349 aa  88.6  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  25.94 
 
 
335 aa  89  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  30.07 
 
 
496 aa  87.8  4e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  27.82 
 
 
317 aa  87  7e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  27.59 
 
 
378 aa  84.7  0.000000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  31.86 
 
 
418 aa  84.7  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0533  radical SAM family protein  29.05 
 
 
510 aa  84.3  0.000000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  23.45 
 
 
358 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  23.45 
 
 
358 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  34.84 
 
 
402 aa  82.8  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  25.25 
 
 
363 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  34.84 
 
 
399 aa  82  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  26.64 
 
 
330 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  26.92 
 
 
327 aa  82  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 
333 aa  82.4  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  27.46 
 
 
330 aa  82  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  34.46 
 
 
398 aa  82  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1091  MoaA/NifB/PqqE family protein  28 
 
 
379 aa  81.3  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  26.62 
 
 
332 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  28.12 
 
 
479 aa  80.9  0.00000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1425  radical SAM family Fe-S protein  25.96 
 
 
403 aa  80.9  0.00000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  27.33 
 
 
375 aa  80.9  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  24.92 
 
 
561 aa  80.5  0.00000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1695  radical SAM family protein  28.92 
 
 
491 aa  80.5  0.00000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.192909  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  25.68 
 
 
361 aa  79.3  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  26.45 
 
 
316 aa  79.3  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  25.95 
 
 
334 aa  79.3  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  26.76 
 
 
377 aa  79  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  23.7 
 
 
358 aa  79.3  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.85 
 
 
397 aa  79  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  29.13 
 
 
399 aa  79  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  24.78 
 
 
390 aa  79  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  26.13 
 
 
399 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  27.21 
 
 
373 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  30.43 
 
 
393 aa  78.2  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  33.55 
 
 
379 aa  77.4  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  24.62 
 
 
399 aa  77  0.0000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 
358 aa  77  0.0000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  22.95 
 
 
357 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  26.03 
 
 
387 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 
347 aa  76.6  0.0000000000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.7 
 
 
394 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  25.53 
 
 
387 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  22.95 
 
 
356 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  22.95 
 
 
356 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  23.28 
 
 
354 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  27.54 
 
 
356 aa  74.7  0.000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  24.68 
 
 
405 aa  75.1  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 
384 aa  74.3  0.000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3415  Radical SAM domain protein  28.87 
 
 
423 aa  74.3  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>