More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1662 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  72.07 
 
 		 628 aa  802    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1662  inner-membrane translocator  100 
 
 		 637 aa  1225    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4216  inner-membrane translocator  80.88 
 
 		 630 aa  914    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.105315 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  55.88 
 
 		 642 aa  612  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4462  inner-membrane translocator  55.34 
 
 		 633 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906456  normal  0.226245 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  56.04 
 
 		 646 aa  579  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  56.98 
 
 		 646 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  54.15 
 
 		 628 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4063  inner-membrane translocator  55.45 
 
 		 632 aa  550  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141363  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0155  inner-membrane translocator  53.28 
 
 		 655 aa  533  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0173  inner-membrane translocator  53.55 
 
 		 635 aa  530  1e-149  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0422307  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1977  inner-membrane translocator  55.29 
 
 		 626 aa  518  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0859  inner-membrane translocator  53.39 
 
 		 629 aa  492  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0584  inner-membrane translocator  53.26 
 
 		 613 aa  457  1e-127  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.625482  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3084  inner-membrane translocator  44.5 
 
 		 623 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00985997  normal  0.0142053 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1616  inner-membrane translocator  44.22 
 
 		 622 aa  388  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0311969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  33.08 
 
 		 652 aa  276  1.0000000000000001e-72  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.02 
 
 		 656 aa  227  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6488  inner-membrane translocator  48.45 
 
 		 292 aa  201  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115929  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  46.71 
 
 		 286 aa  198  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 286 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  38.62 
 
 		 285 aa  182  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  41.01 
 
 		 297 aa  181  4e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 289 aa  179  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  39.74 
 
 		 308 aa  178  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  40.97 
 
 		 299 aa  177  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 289 aa  175  1.9999999999999998e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  40.97 
 
 		 286 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 293 aa  173  9e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  41.4 
 
 		 290 aa  172  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.69 
 
 		 290 aa  171  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 287 aa  168  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  30.88 
 
 		 603 aa  167  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  39.33 
 
 		 305 aa  167  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.85 
 
 		 286 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3321  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 293 aa  166  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.451558  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  40.97 
 
 		 286 aa  165  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 286 aa  165  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  40.97 
 
 		 286 aa  165  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 283 aa  165  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 286 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4271  inner-membrane translocator  41.05 
 
 		 314 aa  164  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 315 aa  164  6e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  42.31 
 
 		 300 aa  163  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 603 aa  163  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 304 aa  163  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 293 aa  162  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 289 aa  162  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  38.54 
 
 		 285 aa  162  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.3 
 
 		 603 aa  161  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  38.25 
 
 		 287 aa  160  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  37 
 
 		 306 aa  160  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  40.48 
 
 		 288 aa  160  6e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 290 aa  160  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 320 aa  159  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 306 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  30.36 
 
 		 603 aa  158  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  37.41 
 
 		 295 aa  158  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 287 aa  157  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  37 
 
 		 305 aa  157  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 603 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 287 aa  157  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  36.99 
 
 		 290 aa  157  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.68 
 
 		 295 aa  156  9e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 296 aa  156  9e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 296 aa  156  9e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 320 aa  156  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 290 aa  156  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.68 
 
 		 295 aa  156  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  39.15 
 
 		 291 aa  155  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 313 aa  155  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  40.7 
 
 		 288 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 288 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  35.38 
 
 		 315 aa  154  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 291 aa  154  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 282 aa  154  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 286 aa  153  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3459  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 289 aa  152  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.411869  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1051  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 289 aa  152  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 286 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  39.39 
 
 		 293 aa  152  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 306 aa  151  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0096  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.29 
 
 		 607 aa  151  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.26664 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 306 aa  151  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  34.57 
 
 		 330 aa  150  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4609  inner-membrane translocator  41.89 
 
 		 329 aa  150  7e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  34.57 
 
 		 330 aa  150  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 305 aa  150  7e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 296 aa  150  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2031  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 300 aa  150  9e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 291 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  39.37 
 
 		 296 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 289 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1013  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 298 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.361525  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 286 aa  148  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  36.48 
 
 		 358 aa  147  4.0000000000000006e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 296 aa  147  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2810  inner-membrane translocator  39.56 
 
 		 291 aa  147  6e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.144743  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  38.98 
 
 		 293 aa  146  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 317 aa  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>