More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1013 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1013  inner-membrane translocator  100 
 
 		 298 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.361525  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1353  inner-membrane translocator  47.1 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3321  inner-membrane translocator  41.81 
 
 		 293 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.451558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.28 
 
 		 286 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 290 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 290 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 290 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  39.53 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  37.98 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 287 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 287 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 287 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  35.55 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  37.97 
 
 		 628 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 313 aa  155  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  34.93 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  38.83 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.98 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  36.91 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 628 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 291 aa  149  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 289 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  36.95 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.08 
 
 		 652 aa  141  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  35.18 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4216  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 630 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.105315 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 642 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  33.94 
 
 		 286 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  32.53 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0146  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000678204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4700  inner-membrane translocator  36.53 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.365465  normal  0.476107 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1662  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 637 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2031  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3731  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 289 aa  135  7.000000000000001e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  30.39 
 
 		 286 aa  135  8e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0649  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.76 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  34.21 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.41 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  32.88 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  32.53 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.53 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.53 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  30.11 
 
 		 289 aa  134  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4462  inner-membrane translocator  36 
 
 		 633 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906456  normal  0.226245 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0431  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.29 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00135798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  36.4 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4265  inner-membrane translocator  33.91 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 336 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.59 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.59 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.59 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.59 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3184  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 287 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.819999 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 288 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.59 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.59 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.59 
 
 		 287 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6488  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 292 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115929  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 288 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.36 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1804  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0391263  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1934  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.53 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>