More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1618 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1618  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 472 aa  971    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.35939  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1356  radical SAM superfamily protein  30.84 
 
 		 439 aa  209  6e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0234183  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0516  radical SAM domain-containing protein  25.98 
 
 		 343 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  26.47 
 
 		 333 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.22 
 
 		 414 aa  73.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1133  Radical SAM domain protein  25.15 
 
 		 453 aa  73.6  0.000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.318737 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  27.12 
 
 		 565 aa  73.6  0.000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  24.37 
 
 		 335 aa  73.2  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  25.66 
 
 		 429 aa  70.9  0.00000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.31 
 
 		 398 aa  70.9  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  23.12 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04410  Radical SAM domain protein  29.41 
 
 		 450 aa  69.3  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  24.35 
 
 		 401 aa  69.7  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  24.15 
 
 		 332 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  22.5 
 
 		 410 aa  69.7  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  24.35 
 
 		 401 aa  69.7  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  24.35 
 
 		 401 aa  69.7  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.76 
 
 		 392 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  24.72 
 
 		 391 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  21.43 
 
 		 496 aa  68.2  0.0000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  21.51 
 
 		 333 aa  68.2  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  21.3 
 
 		 349 aa  68.2  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  23.01 
 
 		 377 aa  67.8  0.0000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3304  Radical SAM domain protein  21.56 
 
 		 353 aa  67.8  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  22.73 
 
 		 412 aa  67.4  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.84 
 
 		 399 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.84 
 
 		 391 aa  67  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1991  radical SAM domain-containing protein  22.99 
 
 		 381 aa  66.2  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0387606  normal  0.206645 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  23.08 
 
 		 347 aa  66.6  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8971  Radical SAM domain protein  22.7 
 
 		 370 aa  66.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.126131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  22.42 
 
 		 349 aa  65.5  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  23.77 
 
 		 330 aa  65.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  23.15 
 
 		 330 aa  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  23.65 
 
 		 396 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  23.84 
 
 		 389 aa  64.7  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  21.81 
 
 		 330 aa  65.1  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  23.98 
 
 		 361 aa  64.7  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4243  Radical SAM domain protein  21.39 
 
 		 360 aa  64.7  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  24.77 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  23.06 
 
 		 409 aa  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  23.55 
 
 		 381 aa  64.3  0.000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  22.81 
 
 		 396 aa  63.9  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0231  radical SAM family protein  22.29 
 
 		 445 aa  63.5  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0106929  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  22.81 
 
 		 395 aa  63.5  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.66 
 
 		 380 aa  63.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  23.96 
 
 		 399 aa  63.2  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  22.94 
 
 		 327 aa  62.8  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.91 
 
 		 384 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.6 
 
 		 384 aa  62.4  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.6 
 
 		 384 aa  62.4  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.42 
 
 		 395 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  21.81 
 
 		 376 aa  62  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.55 
 
 		 371 aa  62  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  25.37 
 
 		 410 aa  61.6  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  21.45 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0533  radical SAM family protein  22.81 
 
 		 510 aa  61.6  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2197  radical SAM domain-containing protein  21.74 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.78 
 
 		 379 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.67 
 
 		 389 aa  61.2  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  22.06 
 
 		 380 aa  61.2  0.00000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  26.04 
 
 		 404 aa  61.2  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  23.1 
 
 		 479 aa  60.5  0.00000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  19.34 
 
 		 414 aa  60.5  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  21.87 
 
 		 491 aa  60.5  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  22.54 
 
 		 405 aa  60.1  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1091  MoaA/NifB/PqqE family protein  24.03 
 
 		 379 aa  59.3  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16100  Radical SAM domain protein  27.92 
 
 		 462 aa  59.7  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.23 
 
 		 380 aa  59.3  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  21.7 
 
 		 380 aa  58.9  0.0000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0029  Radical SAM domain protein  23.55 
 
 		 452 aa  58.9  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.03 
 
 		 380 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.77 
 
 		 373 aa  58.9  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0937  radical SAM superfamily protein  23.03 
 
 		 365 aa  59.3  0.0000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.6279  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.26 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  21.04 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0897  radical SAM family protein  25.43 
 
 		 380 aa  58.2  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0011  Radical SAM domain protein  27.03 
 
 		 338 aa  58.2  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  21.45 
 
 		 356 aa  58.5  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  23.98 
 
 		 428 aa  58.5  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  21.99 
 
 		 354 aa  57.4  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  20.76 
 
 		 373 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  21.66 
 
 		 332 aa  57.4  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  21.85 
 
 		 391 aa  57  0.0000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.91 
 
 		 368 aa  57.4  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  22.39 
 
 		 487 aa  57  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  22.16 
 
 		 358 aa  57  0.0000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0899  Radical SAM domain protein  32.11 
 
 		 345 aa  57  0.0000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.467857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18370  predicted Fe-S oxidoreductase  22.85 
 
 		 384 aa  57  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  20.71 
 
 		 358 aa  57  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  20.71 
 
 		 358 aa  56.6  0.0000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.49 
 
 		 375 aa  56.6  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  22.44 
 
 		 370 aa  55.8  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.98 
 
 		 389 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3059  Radical SAM domain protein  20.86 
 
 		 418 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.699008  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  23.84 
 
 		 366 aa  56.6  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.74 
 
 		 414 aa  56.2  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8972  Radical SAM domain protein  22.42 
 
 		 364 aa  56.2  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0215472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3047  radical SAM family protein  32.95 
 
 		 153 aa  56.2  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.78 
 
 		 379 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>