More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1216 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  100 
 
 		 312 aa  646    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.09 
 
 		 304 aa  400  9.999999999999999e-111  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  66.07 
 
 		 293 aa  384  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  62.41 
 
 		 304 aa  383  1e-105  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  62.93 
 
 		 288 aa  380  1e-104  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  61.05 
 
 		 293 aa  363  3e-99  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  56.4 
 
 		 299 aa  340  2e-92  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  31.37 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  33.73 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  31.37 
 
 		 341 aa  137  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  29.92 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  30.92 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  30.53 
 
 		 379 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  32.65 
 
 		 276 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  28.69 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  28.69 
 
 		 315 aa  122  6e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  31.62 
 
 		 299 aa  122  9e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  29.72 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  32.33 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.56 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  30.04 
 
 		 274 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  31.56 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  32.03 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  33.07 
 
 		 274 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  29.25 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  31.37 
 
 		 328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  31.71 
 
 		 275 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 322 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.63 
 
 		 254 aa  116  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 274 aa  116  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  30.88 
 
 		 278 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  29.3 
 
 		 294 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 275 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 275 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 275 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  30.49 
 
 		 275 aa  114  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  30.83 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  30.95 
 
 		 303 aa  112  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  29.13 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  30.2 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  28.17 
 
 		 285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  28.47 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  32.02 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  26.88 
 
 		 289 aa  109  6e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.95 
 
 		 339 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.95 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.95 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.95 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  27.56 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.95 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.52 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.95 
 
 		 310 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  28.24 
 
 		 335 aa  107  2e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  29.46 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  30.95 
 
 		 332 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  27.97 
 
 		 354 aa  107  2e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.63 
 
 		 351 aa  107  2e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.95 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  28.52 
 
 		 289 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  27.56 
 
 		 338 aa  106  6e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  30.43 
 
 		 304 aa  106  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  30.99 
 
 		 317 aa  106  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  28.72 
 
 		 299 aa  106  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  27.95 
 
 		 338 aa  105  8e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  27.95 
 
 		 338 aa  105  8e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1163  putative vitamin B12 transport protein BtuF  30.21 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.543729  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  31.05 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  29.64 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  29.64 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  29.64 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  30.59 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  28.29 
 
 		 339 aa  103  5e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  28.62 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  30.33 
 
 		 311 aa  102  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  27.89 
 
 		 312 aa  102  7e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  29.53 
 
 		 333 aa  101  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  30.98 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  30.58 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  28.85 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  31.08 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  25.25 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 382 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  26.95 
 
 		 331 aa  101  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  31.23 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  31.23 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  25.25 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  28.15 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  30.99 
 
 		 284 aa  99.4  6e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.04 
 
 		 313 aa  99.4  7e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  28.3 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  28.52 
 
 		 269 aa  99  9e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  26.84 
 
 		 483 aa  98.6  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  28.3 
 
 		 305 aa  99  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 404 aa  97.4  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  30.71 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  28.51 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>