More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1888 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  617  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  88.89 
 
 		 290 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  88.54 
 
 		 292 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  89.58 
 
 		 292 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  87.85 
 
 		 290 aa  518  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  89.24 
 
 		 292 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  88.89 
 
 		 292 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  87.59 
 
 		 293 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  85.42 
 
 		 297 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  85.07 
 
 		 297 aa  494  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  81.97 
 
 		 294 aa  487  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  63.1 
 
 		 296 aa  366  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 321 aa  338  9e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 299 aa  315  9e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  53.33 
 
 		 286 aa  294  1e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 293 aa  286  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 295 aa  251  8.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 291 aa  228  9e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 290 aa  225  7e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1575  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 278 aa  219  3e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.684291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1720  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.820276  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  39.44 
 
 		 290 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  33.22 
 
 		 331 aa  133  3.9999999999999996e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  24.74 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.8 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  28.82 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  30.45 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  30.45 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  30.1 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  32.87 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  30.8 
 
 		 322 aa  126  5e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 313 aa  125  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0355  hypothetical protein  28.14 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  29.76 
 
 		 314 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  31.49 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 297 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 293 aa  122  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 297 aa  122  9e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  29.3 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.41 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 298 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2549  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.30655  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 320 aa  119  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 311 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>