More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4675 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4675  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
336 aa  654    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0109313  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0717  transcriptional regulator protein  42.91 
 
 
298 aa  202  5e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3437  RpiR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
295 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.470052 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3318  iron transport system regulatory protein FitR  38.19 
 
 
295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0873687 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4338  iron transport system regulatory protein FitR  37.32 
 
 
295 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4354  RpiR family transcriptional regulator  43.01 
 
 
297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.639111  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  33.09 
 
 
310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  31.05 
 
 
315 aa  79.3  0.00000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
358 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  23.16 
 
 
302 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  25.79 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  25.79 
 
 
303 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  25.79 
 
 
293 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  25.79 
 
 
293 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  25.79 
 
 
293 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  25.79 
 
 
293 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  25.79 
 
 
293 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  25.79 
 
 
293 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  26.33 
 
 
278 aa  73.9  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  25.39 
 
 
280 aa  73.2  0.000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  28.98 
 
 
337 aa  72.8  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  23.99 
 
 
287 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.17 
 
 
299 aa  70.5  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  23.87 
 
 
282 aa  68.9  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  25.29 
 
 
278 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
281 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
314 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  28.81 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  26.05 
 
 
277 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0670  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.62 
 
 
310 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125394  normal  0.553916 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  28.51 
 
 
320 aa  67.8  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  24.63 
 
 
293 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  27.63 
 
 
283 aa  66.6  0.0000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  24.44 
 
 
285 aa  65.9  0.0000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  23.63 
 
 
302 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  24.18 
 
 
285 aa  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
277 aa  65.5  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  24.44 
 
 
285 aa  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  21.95 
 
 
309 aa  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  30.6 
 
 
298 aa  65.5  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
641 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
641 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
641 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
641 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
620 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  25.31 
 
 
292 aa  64.7  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
620 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
620 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
641 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
638 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
642 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  24.32 
 
 
280 aa  63.5  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
638 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
642 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
639 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
642 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
642 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
642 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
642 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
642 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  21.43 
 
 
310 aa  63.2  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  22.93 
 
 
315 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
320 aa  62  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
325 aa  62  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  22.22 
 
 
293 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  27.75 
 
 
274 aa  62.4  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  24.77 
 
 
283 aa  62.4  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  23.24 
 
 
286 aa  61.2  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  24.56 
 
 
279 aa  61.6  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  23.22 
 
 
319 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  23.22 
 
 
319 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.55 
 
 
282 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2832  RpiR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
319 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.233384  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.09 
 
 
282 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.09 
 
 
282 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  27.56 
 
 
288 aa  60.5  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.09 
 
 
282 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.87 
 
 
288 aa  60.5  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.09 
 
 
282 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  32.43 
 
 
279 aa  60.1  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  23.4 
 
 
294 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  23.79 
 
 
285 aa  59.7  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  23.4 
 
 
294 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  27.18 
 
 
319 aa  59.7  0.00000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  24.58 
 
 
319 aa  59.7  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
284 aa  59.3  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  22.03 
 
 
297 aa  59.3  0.00000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3330  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
616 aa  58.9  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  29.39 
 
 
290 aa  58.5  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  26.86 
 
 
297 aa  58.9  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  28.51 
 
 
313 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  23.4 
 
 
294 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  19.91 
 
 
279 aa  59.3  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  24.68 
 
 
266 aa  58.9  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  26.69 
 
 
278 aa  58.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0421  transcriptional regulator, RpiR family  30.37 
 
 
277 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.495009  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  26.89 
 
 
279 aa  58.5  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  29.17 
 
 
323 aa  57.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  25.83 
 
 
284 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  31.45 
 
 
283 aa  57.8  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>