More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1354 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
270 aa  548  1e-155  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.02424  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.45 
 
 
268 aa  290  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.43 
 
 
269 aa  289  4e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.39 
 
 
287 aa  261  8.999999999999999e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  45.45 
 
 
271 aa  219  3.9999999999999997e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
305 aa  133  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
280 aa  133  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
269 aa  132  6.999999999999999e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
281 aa  129  6e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
271 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  40 
 
 
300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  41.71 
 
 
311 aa  115  6e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  38.86 
 
 
308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.54 
 
 
268 aa  108  7.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28998  predicted protein  33.48 
 
 
283 aa  103  3e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.275972  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43764  predicted protein  31.36 
 
 
365 aa  103  4e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.42 
 
 
304 aa  102  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
276 aa  101  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 
281 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
281 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.36 
 
 
268 aa  100  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
266 aa  100  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.96 
 
 
287 aa  99.8  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
279 aa  98.6  9e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
326 aa  98.6  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
286 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
286 aa  96.7  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  29.23 
 
 
296 aa  94.7  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  34.02 
 
 
302 aa  95.1  1e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
280 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  32.46 
 
 
309 aa  94  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
317 aa  93.2  4e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  35.42 
 
 
304 aa  92.4  7e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  34.55 
 
 
316 aa  92  8e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
292 aa  91.3  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
303 aa  91.3  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  33.85 
 
 
274 aa  92  1e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
310 aa  92  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0206248  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  31.94 
 
 
309 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  33.16 
 
 
272 aa  90.9  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38397  predicted protein  34.53 
 
 
324 aa  90.9  2e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.504345  hitchhiker  0.00204259 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
288 aa  90.1  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.383399 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  31.96 
 
 
333 aa  89.4  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
324 aa  89.4  6e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.96 
 
 
329 aa  89.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
305 aa  89.4  6e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.93 
 
 
303 aa  89.4  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.109998 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
349 aa  89.4  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  31.96 
 
 
329 aa  89.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.52 
 
 
328 aa  88.6  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  29.31 
 
 
303 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
327 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  35.03 
 
 
301 aa  88.2  1e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
314 aa  88.2  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  29.9 
 
 
309 aa  88.2  1e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
312 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.57 
 
 
315 aa  87.8  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  30.41 
 
 
309 aa  87.4  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  34.36 
 
 
302 aa  87  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  31.73 
 
 
305 aa  87  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.07 
 
 
277 aa  86.7  4e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
253 aa  86.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.6 
 
 
307 aa  86.3  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
298 aa  85.5  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
320 aa  85.9  7e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.756699  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15620  oxidoreductase  33.33 
 
 
320 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000160845  hitchhiker  2.2896399999999997e-20 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_35460  predicted protein  32.18 
 
 
301 aa  85.5  8e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  34.18 
 
 
303 aa  85.5  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
307 aa  85.1  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10567  predicted protein  35.14 
 
 
284 aa  85.1  0.000000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  33.85 
 
 
300 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
292 aa  85.1  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  33.85 
 
 
300 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.05 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
290 aa  84.3  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
339 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 
326 aa  84.7  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2577  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
316 aa  84.3  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.74 
 
 
267 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.66 
 
 
280 aa  84  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000482285  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  33.16 
 
 
300 aa  83.6  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
273 aa  83.2  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7081  oxidoreductase  34.09 
 
 
321 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.347841  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17961  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  36 
 
 
300 aa  83.2  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.140714 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
300 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07339  conserved hypothetical protein  28.99 
 
 
359 aa  82.4  0.000000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.201379  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
288 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.944669 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0396  carbonyl reductase  34.64 
 
 
243 aa  82.4  0.000000000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2697  putative daunorubicin C-13 ketoreductase  34.71 
 
 
257 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.114176  normal  0.798286 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3748  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
331 aa  81.6  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
248 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
254 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
312 aa  81.3  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711865  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
301 aa  81.3  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 
312 aa  81.3  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.25 
 
 
292 aa  80.9  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
250 aa  80.1  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10494  conserved hypothetical protein  30.12 
 
 
327 aa  79.7  0.00000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.21203 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
254 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>