80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0747 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 		 375 aa  782    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  68.19 
 
 		 376 aa  551  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  51.34 
 
 		 384 aa  398  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  48.2 
 
 		 408 aa  400  9.999999999999999e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  49.33 
 
 		 378 aa  395  1e-109  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  50.53 
 
 		 386 aa  394  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  51.08 
 
 		 397 aa  394  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  51.08 
 
 		 384 aa  389  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  49.73 
 
 		 384 aa  385  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  50.27 
 
 		 384 aa  383  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  50 
 
 		 387 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  48.14 
 
 		 380 aa  380  1e-104  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  48.53 
 
 		 378 aa  379  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  50 
 
 		 384 aa  380  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  47.89 
 
 		 385 aa  375  1e-103  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  49.19 
 
 		 400 aa  377  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  47.31 
 
 		 382 aa  373  1e-102  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  47.76 
 
 		 399 aa  371  1e-102  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  46.92 
 
 		 376 aa  370  1e-101  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  48.28 
 
 		 382 aa  368  1e-101  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  48.16 
 
 		 392 aa  365  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  46.52 
 
 		 379 aa  367  1e-100  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  47.04 
 
 		 379 aa  363  2e-99  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  46.28 
 
 		 390 aa  363  4e-99  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  47.75 
 
 		 389 aa  358  8e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  46.1 
 
 		 405 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  48.91 
 
 		 380 aa  358  9.999999999999999e-98  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  45.93 
 
 		 382 aa  354  2e-96  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  45.67 
 
 		 382 aa  350  2e-95  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  42.67 
 
 		 377 aa  350  3e-95  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  45.67 
 
 		 382 aa  349  4e-95  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  46.7 
 
 		 391 aa  349  4e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  45.32 
 
 		 406 aa  347  3e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  43.08 
 
 		 387 aa  337  9.999999999999999e-92  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  42.82 
 
 		 400 aa  327  2.0000000000000001e-88  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  41.09 
 
 		 408 aa  317  2e-85  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.84 
 
 		 390 aa  311  2e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.62 
 
 		 390 aa  301  9e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.06 
 
 		 390 aa  298  9e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.1 
 
 		 399 aa  290  3e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  38.27 
 
 		 365 aa  260  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  37.3 
 
 		 387 aa  257  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  39.41 
 
 		 389 aa  257  3e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  39.68 
 
 		 365 aa  256  4e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  39.41 
 
 		 365 aa  256  7e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  38.87 
 
 		 365 aa  253  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  37.74 
 
 		 365 aa  253  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  36.02 
 
 		 381 aa  247  2e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  36.66 
 
 		 365 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  36.51 
 
 		 377 aa  243  3.9999999999999997e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  36.12 
 
 		 365 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  38.27 
 
 		 376 aa  242  6e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  36.12 
 
 		 365 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.81 
 
 		 414 aa  242  7e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.4 
 
 		 417 aa  242  9e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  36.12 
 
 		 365 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  36.12 
 
 		 365 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  36.24 
 
 		 377 aa  240  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  36.02 
 
 		 368 aa  239  5e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  36.66 
 
 		 365 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  37.21 
 
 		 379 aa  232  8.000000000000001e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  37.03 
 
 		 365 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  36.76 
 
 		 365 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  36.76 
 
 		 365 aa  230  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  30.67 
 
 		 1110 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  30.67 
 
 		 1055 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  30.67 
 
 		 1086 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  30.67 
 
 		 1058 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  30.67 
 
 		 1113 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  30.67 
 
 		 1076 aa  192  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  32.45 
 
 		 375 aa  191  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  30.5 
 
 		 1134 aa  189  7e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  25.93 
 
 		 878 aa  59.7  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  29.61 
 
 		 416 aa  47.8  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  23.92 
 
 		 386 aa  46.6  0.0007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  25.21 
 
 		 386 aa  45.8  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  28.88 
 
 		 414 aa  45.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2505  diaminopimelate decarboxylase  24 
 
 		 402 aa  43.9  0.004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.296438  normal  0.747447 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  23.93 
 
 		 481 aa  43.9  0.005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.18 
 
 		 388 aa  42.7  0.01  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>