187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4748 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4748  site-specific recombinase, phage integrase family  100 
 
 		 474 aa  984    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.830448  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4790  integrase family protein  51.16 
 
 		 488 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4220  phage integrase family protein  40.26 
 
 		 475 aa  330  5.0000000000000004e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0478552  normal  0.746651 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0966  putative phage recombinase/integrase  28.14 
 
 		 453 aa  142  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1638  integrase family protein  26.95 
 
 		 459 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3513  hypothetical protein  25.11 
 
 		 507 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.308433 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6060  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.21 
 
 		 457 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.212116  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3678  hypothetical protein  22.63 
 
 		 487 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0167318  normal  0.0197508 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  31.34 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  28.48 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  30.34 
 
 		 301 aa  59.7  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.13 
 
 		 317 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.29 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.85 
 
 		 314 aa  57  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.34 
 
 		 299 aa  57  0.0000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  26 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  30.13 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.34 
 
 		 299 aa  56.2  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  27.86 
 
 		 291 aa  55.8  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  33.08 
 
 		 295 aa  55.8  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.56 
 
 		 311 aa  55.8  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.21 
 
 		 318 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.21 
 
 		 318 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 296 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 296 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 296 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.21 
 
 		 318 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.33 
 
 		 300 aa  53.9  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 296 aa  54.3  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 296 aa  54.3  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 296 aa  54.3  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  27.16 
 
 		 299 aa  54.3  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 296 aa  54.3  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.33 
 
 		 301 aa  53.9  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  29.68 
 
 		 306 aa  53.9  0.000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  26.03 
 
 		 342 aa  53.9  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.33 
 
 		 296 aa  53.9  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  26.03 
 
 		 343 aa  53.9  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.33 
 
 		 296 aa  53.9  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  26.03 
 
 		 343 aa  53.9  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  30.88 
 
 		 311 aa  53.9  0.000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.63 
 
 		 366 aa  53.5  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0306  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.63 
 
 		 366 aa  53.5  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.85 
 
 		 299 aa  53.5  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.85 
 
 		 299 aa  53.1  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.33 
 
 		 296 aa  53.5  0.000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 295 aa  53.5  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  27.85 
 
 		 295 aa  52.8  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.1 
 
 		 299 aa  52.4  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.85 
 
 		 299 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  27.61 
 
 		 307 aa  52.4  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.1 
 
 		 299 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1918  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.63 
 
 		 369 aa  51.6  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250204  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0088  Phage integrase  27.49 
 
 		 427 aa  52  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.67 
 
 		 296 aa  51.6  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  24.38 
 
 		 300 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  26.67 
 
 		 297 aa  51.6  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1924  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.63 
 
 		 369 aa  51.6  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0242507  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  24.85 
 
 		 300 aa  51.2  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3139  phage integrase family protein  29.93 
 
 		 344 aa  51.2  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.424721  normal  0.214127 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  30.66 
 
 		 308 aa  50.8  0.00005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00295  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.33 
 
 		 297 aa  50.8  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.1 
 
 		 299 aa  50.4  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.1 
 
 		 299 aa  50.4  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  27.56 
 
 		 304 aa  50.8  0.00006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  24.85 
 
 		 309 aa  50.4  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  28.03 
 
 		 304 aa  50.4  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  24.85 
 
 		 309 aa  50.4  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  25.31 
 
 		 300 aa  50.4  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  25.31 
 
 		 300 aa  50.4  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.79 
 
 		 305 aa  50.4  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  24.85 
 
 		 309 aa  50.4  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 297 aa  50.4  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  24.88 
 
 		 295 aa  50.4  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  24.88 
 
 		 295 aa  50.4  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  24.85 
 
 		 300 aa  50.4  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.69 
 
 		 298 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  28.21 
 
 		 295 aa  50.1  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  26 
 
 		 298 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0912  integrase/recombinase  27.01 
 
 		 304 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0261382  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.67 
 
 		 299 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  26.24 
 
 		 309 aa  49.3  0.0002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  28.46 
 
 		 296 aa  49.3  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.33 
 
 		 298 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  28.39 
 
 		 304 aa  48.9  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  25.9 
 
 		 305 aa  48.9  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3796  phage integrase family protein  27.16 
 
 		 304 aa  49.3  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5530  site-specific tyrosine recombinase XerS  29.5 
 
 		 357 aa  49.3  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.267916  hitchhiker  0.00142122 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1914  integrase/recombinase  26.44 
 
 		 304 aa  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00100079  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3153  tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 443 aa  48.5  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.408525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.61 
 
 		 299 aa  48.5  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  25.93 
 
 		 322 aa  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  26.71 
 
 		 307 aa  48.5  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  30.3 
 
 		 310 aa  48.5  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  27.41 
 
 		 307 aa  47.8  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  27.33 
 
 		 298 aa  47.8  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  31.16 
 
 		 302 aa  47.8  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  25.19 
 
 		 296 aa  48.1  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2147  phage integrase family protein  29.61 
 
 		 367 aa  47.8  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  23.36 
 
 		 304 aa  47.8  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>