65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4790 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4790  integrase family protein  100 
 
 		 488 aa  1006    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4748  site-specific recombinase, phage integrase family  51.16 
 
 		 474 aa  479  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.830448  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4220  phage integrase family protein  39.53 
 
 		 475 aa  328  1.0000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0478552  normal  0.746651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1638  integrase family protein  27.27 
 
 		 459 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0966  putative phage recombinase/integrase  25.59 
 
 		 453 aa  125  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3513  hypothetical protein  25.38 
 
 		 507 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.308433 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6060  site-specific recombinase, phage integrase family protein  23.95 
 
 		 457 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.212116  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.81 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3678  hypothetical protein  21.5 
 
 		 487 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0167318  normal  0.0197508 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5294  integrase family protein  26.47 
 
 		 268 aa  57  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  27.65 
 
 		 311 aa  56.2  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.04 
 
 		 314 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.04 
 
 		 317 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  25.12 
 
 		 310 aa  52.8  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 299 aa  52.8  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.63 
 
 		 318 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.63 
 
 		 318 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.63 
 
 		 318 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  26.18 
 
 		 295 aa  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  23.17 
 
 		 308 aa  50.4  0.00008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  29.45 
 
 		 301 aa  50.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  26.76 
 
 		 310 aa  48.9  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 300 aa  48.5  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  27.08 
 
 		 254 aa  48.5  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  30.15 
 
 		 322 aa  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.63 
 
 		 300 aa  47.8  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  22.94 
 
 		 290 aa  48.1  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  26.7 
 
 		 313 aa  47.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0350  phage integrase family protein  23.5 
 
 		 341 aa  47.8  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000105216  hitchhiker  0.0000498769 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  26.74 
 
 		 362 aa  47.8  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1431  phage integrase  24.1 
 
 		 309 aa  47  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.145363  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  26.57 
 
 		 309 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  25.29 
 
 		 400 aa  46.6  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2860  tyrosine recombinase XerC subunit  25.75 
 
 		 300 aa  46.6  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15290  tyrosine recombinase XerD subunit  27.81 
 
 		 332 aa  46.6  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.203953  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  24.58 
 
 		 296 aa  46.2  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  26.57 
 
 		 309 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  26.57 
 
 		 309 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3139  phage integrase family protein  25.93 
 
 		 344 aa  45.8  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.424721  normal  0.214127 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  25.14 
 
 		 324 aa  45.4  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  22.17 
 
 		 295 aa  45.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  22.17 
 
 		 295 aa  45.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 296 aa  45.8  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  22.37 
 
 		 296 aa  45.1  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  28.79 
 
 		 306 aa  44.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  26.16 
 
 		 317 aa  45.1  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  23.29 
 
 		 296 aa  44.7  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4062  tyrosine recombinase XerD  26.74 
 
 		 353 aa  44.3  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.159612  normal  0.47475 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  21.8 
 
 		 295 aa  44.3  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  23.89 
 
 		 320 aa  44.3  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  23.6 
 
 		 319 aa  44.3  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2834  integrase family protein  27.75 
 
 		 314 aa  44.3  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.061361  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  26.52 
 
 		 305 aa  43.9  0.007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  28.06 
 
 		 301 aa  43.9  0.007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  27.97 
 
 		 300 aa  43.9  0.007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  28.68 
 
 		 310 aa  43.9  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  29 
 
 		 304 aa  43.5  0.008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2124  phage integrase family protein  27.84 
 
 		 301 aa  43.5  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.308322  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  27.48 
 
 		 295 aa  43.5  0.008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  25.17 
 
 		 300 aa  43.5  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  28.78 
 
 		 303 aa  43.5  0.009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  25.84 
 
 		 315 aa  43.5  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  24.02 
 
 		 331 aa  43.5  0.01  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4624  integrase family protein  25.44 
 
 		 353 aa  43.1  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0157087  hitchhiker  0.00236939 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  24.43 
 
 		 305 aa  43.5  0.01  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>