53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0088 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0088  Phage integrase  100 
 
 		 427 aa  885    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2175  phage integrase family protein  34.64 
 
 		 440 aa  242  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4011  phage integrase family protein  30.83 
 
 		 433 aa  172  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.189192 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0515  integrase family protein  27.11 
 
 		 428 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0328  Phage integrase  28.18 
 
 		 394 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.915662  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02971  integrase  43.42 
 
 		 186 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1697  integrase family protein  27.86 
 
 		 401 aa  116  8.999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02977  integrase  48.21 
 
 		 147 aa  113  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1126  phage integrase family protein  33.17 
 
 		 396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0317  phage integrase  24.68 
 
 		 398 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.749428 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2951  integrase family protein  24.67 
 
 		 407 aa  103  6e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.165288  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2289  integrase family protein  32.04 
 
 		 412 aa  101  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4063  integrase family protein  28.4 
 
 		 441 aa  100  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2902  phage integrase family protein  29.87 
 
 		 400 aa  95.5  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1598  integrase family protein  31.19 
 
 		 396 aa  94.4  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527181  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4603  site-specific recombinase, phage integrase family  24.69 
 
 		 421 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.218061  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0557  phage integrase family protein  34.71 
 
 		 440 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.584699  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0582  integrase family protein  34.71 
 
 		 440 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.790715  normal  0.0110983 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0588  integrase family protein  34.71 
 
 		 440 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0311  integrase family protein  27.94 
 
 		 408 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0067  integrase family protein  32.53 
 
 		 385 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.952097  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3234  integrase family protein  23.37 
 
 		 399 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1369  phage integrase  26.43 
 
 		 462 aa  63.2  0.000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2310  phage integrase family protein  29.52 
 
 		 428 aa  60.8  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4150  integrase family protein  28.15 
 
 		 373 aa  53.5  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.333103 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4748  site-specific recombinase, phage integrase family  27.49 
 
 		 474 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.830448  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0986  Tn554-related, transposase A  26.76 
 
 		 384 aa  50.1  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.061254  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0189  phage integrase family protein  22.78 
 
 		 372 aa  49.7  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0242  Tn554-related, transposase A  25.33 
 
 		 519 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3147  Tn554-related, transposase A  25.33 
 
 		 372 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.85236  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4538  tyrosine recombinase  29.63 
 
 		 200 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000945122  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4838  tyrosine recombinase  30.67 
 
 		 200 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5818  tyrosine recombinase  29.63 
 
 		 200 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.855252 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  25.11 
 
 		 307 aa  47.4  0.0005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1466  Tn554-related, transposase A  23.97 
 
 		 370 aa  47  0.0006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000354684  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4540  transposase A  27.61 
 
 		 361 aa  46.6  0.0008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3686  integrase family protein  29.01 
 
 		 200 aa  45.8  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.73173  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  26.28 
 
 		 300 aa  46.2  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  27.92 
 
 		 299 aa  45.8  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1224  Tn554, transposase A  25.79 
 
 		 361 aa  45.4  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0995985  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1751  phage integrase family protein  25.79 
 
 		 361 aa  45.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.252007  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0043  phage integrase family protein  25.79 
 
 		 361 aa  45.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1717  phage integrase family protein  25.79 
 
 		 361 aa  45.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0043  phage integrase family protein  25.79 
 
 		 361 aa  45.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2506  transposase A  25.79 
 
 		 361 aa  45.4  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1347  Tn554, transposase A  25.79 
 
 		 361 aa  45.4  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  26.54 
 
 		 432 aa  44.3  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0431  phage integrase  24.62 
 
 		 291 aa  43.9  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.173073 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1994  integrase family protein  24.74 
 
 		 315 aa  43.9  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000947418  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23910  site-specific recombinase XerD  28.03 
 
 		 402 aa  43.5  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.075478  normal  0.15395 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.95 
 
 		 299 aa  43.5  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  23.62 
 
 		 303 aa  43.1  0.009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  25 
 
 		 284 aa  43.1  0.009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>