More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4974 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5023  sodium/hydrogen exchanger  98.3 
 
 		 411 aa  796    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4974  sodium/hydrogen exchanger  100 
 
 		 411 aa  803    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24958  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0366  Na+/H+ antiporter NhaP  81.27 
 
 		 419 aa  670    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4810  Sodium/hydrogen exchanger  81.51 
 
 		 419 aa  652    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5277  Sodium/hydrogen exchanger  83.58 
 
 		 421 aa  637    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4847  sodium/hydrogen exchanger  99.27 
 
 		 411 aa  800    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0299578  normal  0.108736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0491  sodium/hydrogen exchanger  97.08 
 
 		 411 aa  750    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1220  Na+/H+ antiporter NhaP  72.6 
 
 		 424 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181275  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13620  Na+/H+ antiporter NhaP  72.6 
 
 		 424 aa  567  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.474103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31800  Na+/H+ antiporter NhaP protein  65.61 
 
 		 423 aa  500  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0546  CPA1 family Na(+)/H(+) antiporter  50.61 
 
 		 424 aa  396  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0534  sodium/hydrogen exchanger  50.12 
 
 		 424 aa  394  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0303628 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0629  sodium/hydrogen exchanger  49.26 
 
 		 427 aa  383  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844683 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4495  sodium/hydrogen exchanger  51.34 
 
 		 413 aa  377  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.434433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0433  sodium/hydrogen exchanger  45.39 
 
 		 420 aa  357  1.9999999999999998e-97  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1993  sodium/hydrogen exchanger  47.02 
 
 		 424 aa  342  7e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5097  sodium/hydrogen exchanger  47.09 
 
 		 418 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161414  normal  0.674736 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5804  sodium/hydrogen exchanger  46.7 
 
 		 418 aa  335  1e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0577051  normal  0.596223 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0323  sodium/hydrogen exchanger  45.3 
 
 		 434 aa  328  9e-89  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5869  sodium/hydrogen exchanger  45.28 
 
 		 418 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360041  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5941  sodium/hydrogen exchanger  45.52 
 
 		 418 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0159  Sodium/hydrogen exchanger  47.07 
 
 		 422 aa  314  1.9999999999999998e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1941  sodium/hydrogen exchanger  44.01 
 
 		 422 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0253  sodium/hydrogen exchanger  43.93 
 
 		 416 aa  310  4e-83  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1351  CPA1 family Na(+)/H(+) antiporter  42.62 
 
 		 435 aa  301  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3528  sodium/hydrogen exchanger  39.95 
 
 		 410 aa  295  8e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.339739  normal  0.944351 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1902  Na+/H+ antiporter NhaP  43.23 
 
 		 427 aa  291  2e-77  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0607816  normal  0.757338 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3351  sodium/hydrogen exchanger  43.1 
 
 		 420 aa  290  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3823  sodium/hydrogen exchanger  42.3 
 
 		 417 aa  289  8e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0398  Na+/H+ antiporter  40.36 
 
 		 417 aa  282  8.000000000000001e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0744665  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6040  sodium/hydrogen exchanger  42.09 
 
 		 417 aa  281  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.208832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1777  Na(+)/H(+) antiporter NhaP  39.85 
 
 		 417 aa  279  5e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.105994  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1377  sodium/hydrogen exchanger  40.44 
 
 		 427 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0441  sodium/proton antiporter  38.27 
 
 		 425 aa  275  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2807  putative Na+/H+ antiporter  37.75 
 
 		 444 aa  273  5.000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.70387  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1783  Na+/H+ antiporter  38.59 
 
 		 415 aa  271  1e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.146431  normal  0.0568049 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002354  hypothetical protein  40 
 
 		 417 aa  270  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2140  hypothetical protein  42.89 
 
 		 437 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.387464 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03713  hypothetical protein  37.35 
 
 		 427 aa  269  7e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2741  sodium/hydrogen exchanger  38.24 
 
 		 426 aa  266  5e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2928  sodium/hydrogen exchanger  37.16 
 
 		 428 aa  263  6e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.942918  normal  0.659233 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0652  Na+/H+ antiporter  39.69 
 
 		 436 aa  262  8.999999999999999e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1296  sodium/hydrogen exchanger  40.11 
 
 		 434 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1219  sodium/hydrogen exchanger  40.06 
 
 		 434 aa  217  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3094  sodium/hydrogen exchanger  40.33 
 
 		 434 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0166581 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1263  sodium/hydrogen exchanger  40.06 
 
 		 434 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1366  sodium/hydrogen exchanger family protein  39.23 
 
 		 434 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2829  sodium/hydrogen exchanger  39.56 
 
 		 434 aa  210  4e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2911  sodium/hydrogen exchanger  39.56 
 
 		 434 aa  209  7e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1058  sodium/hydrogen exchanger  39.12 
 
 		 428 aa  203  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.484917  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3008  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.98 
 
 		 389 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2078  Na+/H+ antiporter  36.89 
 
 		 533 aa  155  8e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.886185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2454  Na+/H+ antiporter  36.89 
 
 		 533 aa  155  8e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3633  sodium/hydrogen exchanger  37.79 
 
 		 531 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.544202  normal  0.880072 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4011  Na+/H+ antiporter  34.73 
 
 		 521 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.276255 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2245  Na+/H+ antiporter, putative  35.43 
 
 		 397 aa  143  4e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.207208  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1895  sodium/hydrogen exchanger  35.43 
 
 		 397 aa  143  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.554149 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3408  Na+/H+ antiporter NhaP  32.86 
 
 		 399 aa  142  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.435217  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2041  Sodium/hydrogen exchanger  34.38 
 
 		 520 aa  132  7.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.27132 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6819  Na+/H+ antiporter  30.64 
 
 		 524 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.388749 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1264  Na+/H+ antiporter  33.91 
 
 		 547 aa  125  1e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.380967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0811  Na+/H+ antiporter  32.27 
 
 		 527 aa  124  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1143  Na+/H+ antiporter  31.54 
 
 		 534 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0906  sodium/hydrogen exchanger  32.56 
 
 		 517 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1398  sodium/hydrogen exchanger  31.1 
 
 		 517 aa  119  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2665  sodium/hydrogen exchanger  31.48 
 
 		 538 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3451  sodium/hydrogen exchanger  31.48 
 
 		 538 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1069  Na+/H+ antiporter  31.69 
 
 		 517 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0151071 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2253  Na+/H+ antiporter  29.27 
 
 		 526 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0680  sodium/hydrogen exchanger  33.71 
 
 		 705 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3825  sodium/hydrogen exchanger  32.05 
 
 		 680 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1739  Na+/H+ antiporter  28.12 
 
 		 536 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.190097 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5646  Na+/H+ antiporter  31.92 
 
 		 531 aa  110  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3919  cyclic nucleotide-binding protein  30.75 
 
 		 682 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0582  Na+/H+ antiporter  30.23 
 
 		 538 aa  109  8.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.373273 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2566  Na+/H+ antiporter  28.67 
 
 		 526 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0636  cyclic nucleotide-binding protein  32 
 
 		 812 aa  106  7e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4979  Na+/H+ antiporter  31.88 
 
 		 553 aa  103  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0586799  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10409  predicted protein  33.22 
 
 		 368 aa  104  4e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2874  Na+/H+ antiporter  28.81 
 
 		 531 aa  103  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000139579  normal  0.0106447 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0379  Na+/H+ antiporter  31.05 
 
 		 531 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6240  Na+/H+ antiporter  29.04 
 
 		 537 aa  100  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.972993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0578  Na+/H+ antiporter  28.73 
 
 		 525 aa  100  6e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0293668  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0183  CPA1 family Na(+)/H(+) antiporter  29.63 
 
 		 528 aa  99.8  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.496587 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0325  Na+/H+ antiporter  28.46 
 
 		 537 aa  99.4  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.201623  normal  0.0465423 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0211  Na+/H+ antiporter  30.64 
 
 		 526 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.603284  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0244  Na+/H+ antiporter  30.64 
 
 		 526 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0975  Na+/H+ antiporter  30.64 
 
 		 526 aa  99  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1388  Na+/H+ antiporter  30.64 
 
 		 526 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1585  Na+/H+ antiporter  30.64 
 
 		 526 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2552  Na+/H+ antiporter  32.13 
 
 		 526 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1916  sodium/hydrogen exchanger  29.2 
 
 		 526 aa  98.2  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.549793  normal  0.601699 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6647  sodium/hydrogen exchanger  29.1 
 
 		 521 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0126992 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1343  Na+/H+ antiporter  27.61 
 
 		 532 aa  97.8  3e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000220901  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1404  Na+/H+ antiporter  27.61 
 
 		 532 aa  97.8  3e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000504974  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2310  Na+/H+ antiporter  30.3 
 
 		 527 aa  97.4  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.817415 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2698  Na+/H+ antiporter  30.08 
 
 		 526 aa  96.7  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0652  sodium/hydrogen exchanger  28.91 
 
 		 680 aa  94  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0667  sodium/hydrogen exchanger  28.91 
 
 		 680 aa  94  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0883524  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4062  Na+/H+ antiporter  28.21 
 
 		 533 aa  94  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>