More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0702 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  635    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 342 aa  311  9e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 310 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 308 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 308 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 307 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0881  LysR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 308 aa  300  3e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 326 aa  296  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 331 aa  228  7e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0583  putative transcriptional regulator  40.98 
 
 		 321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06240  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.144211  normal  0.0778984 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 345 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  31.89 
 
 		 321 aa  166  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 307 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  32.54 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 315 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.08 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.87 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 301 aa  160  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  33.88 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  33.44 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 317 aa  159  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  33.55 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.18 
 
 		 310 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  30.95 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 318 aa  152  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 432 aa  149  8e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 307 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  31.74 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 311 aa  146  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 342 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  30.38 
 
 		 301 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 299 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 322 aa  142  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 319 aa  143  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 333 aa  142  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 332 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 315 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  29.29 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.64 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 314 aa  139  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  31.83 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  28.04 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 310 aa  138  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  29.11 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>