More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_1785 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_1785  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
202 aa  416  9.999999999999999e-116  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4403  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.57 
 
 
192 aa  112  4.0000000000000004e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0790596  normal  0.211953 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.9 
 
 
198 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.21 
 
 
200 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.06 
 
 
208 aa  105  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.51 
 
 
206 aa  105  6e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.53 
 
 
195 aa  104  8e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.63 
 
 
190 aa  103  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.11 
 
 
185 aa  102  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.779421 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.95 
 
 
193 aa  102  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.8 
 
 
192 aa  101  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
192 aa  101  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.95 
 
 
192 aa  101  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  29.69 
 
 
193 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  34.32 
 
 
200 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
192 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.03 
 
 
192 aa  99.8  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.55 
 
 
192 aa  99.4  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.73 
 
 
193 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.73 
 
 
193 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
191 aa  99  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.42 
 
 
192 aa  99  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.35 
 
 
193 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.73 
 
 
193 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1640  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.86 
 
 
221 aa  98.6  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.651448  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.1 
 
 
215 aa  98.2  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.35 
 
 
193 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.35 
 
 
193 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.35 
 
 
193 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.35 
 
 
193 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.27 
 
 
193 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  30.6 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.6 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.65 
 
 
192 aa  97.1  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  30.6 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
192 aa  96.3  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.09 
 
 
220 aa  96.3  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.02 
 
 
192 aa  96.3  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.67 
 
 
193 aa  95.9  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  96.3  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  34.39 
 
 
205 aa  96.3  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.26 
 
 
223 aa  95.9  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.86 
 
 
205 aa  96.3  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  95.5  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.72 
 
 
192 aa  95.5  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.96 
 
 
199 aa  95.5  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.96 
 
 
199 aa  95.5  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
193 aa  95.9  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
200 aa  95.5  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.05 
 
 
194 aa  95.1  6e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.84 
 
 
192 aa  95.1  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
192 aa  95.1  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
192 aa  94.7  8e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
192 aa  94.7  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.96 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.96 
 
 
192 aa  94.4  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.28 
 
 
198 aa  94.4  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2826  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.2 
 
 
208 aa  94  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.88 
 
 
208 aa  94  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  28.88 
 
 
208 aa  94  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.51 
 
 
199 aa  93.2  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.41 
 
 
202 aa  93.2  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  26.52 
 
 
201 aa  92.8  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.44 
 
 
200 aa  92.4  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.88 
 
 
192 aa  92.4  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0642  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.12 
 
 
206 aa  92  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  0.189477 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.86 
 
 
209 aa  91.7  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.65 
 
 
206 aa  91.7  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.96 
 
 
199 aa  91.7  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.41 
 
 
185 aa  91.7  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.67 
 
 
197 aa  91.3  9e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.21 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.67 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.89 
 
 
191 aa  90.9  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0803  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.98 
 
 
184 aa  91.3  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.75 
 
 
199 aa  90.1  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
191 aa  89.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
191 aa  89.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  33.92 
 
 
216 aa  90.1  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
191 aa  90.5  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
191 aa  89.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.15 
 
 
199 aa  89.4  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.15 
 
 
199 aa  89.4  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.96 
 
 
191 aa  89.4  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.96 
 
 
191 aa  89.4  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.15 
 
 
199 aa  89.4  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>