More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_1558 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_1558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
185 aa  355  1.9999999999999998e-97  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.779421 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1785  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.11 
 
 
202 aa  126  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2826  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  37.63 
 
 
208 aa  113  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.83 
 
 
198 aa  104  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.43 
 
 
205 aa  101  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.83 
 
 
197 aa  100  1e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.91 
 
 
206 aa  97.4  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3887  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.52 
 
 
187 aa  97.8  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.526394  normal  0.0354938 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  35 
 
 
199 aa  97.1  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.43 
 
 
193 aa  97.1  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.33 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.59 
 
 
208 aa  95.9  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.89 
 
 
199 aa  95.1  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.44 
 
 
193 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  32.8 
 
 
193 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.8 
 
 
193 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4403  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.67 
 
 
192 aa  94.7  7e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0790596  normal  0.211953 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.15 
 
 
191 aa  94.4  9e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.89 
 
 
191 aa  94.4  9e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.8 
 
 
193 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
192 aa  94  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.8 
 
 
193 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.8 
 
 
193 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.39 
 
 
200 aa  93.6  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.16 
 
 
224 aa  94  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.89 
 
 
199 aa  94  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.8 
 
 
193 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
190 aa  93.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  93.2  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.28 
 
 
216 aa  92.4  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  92.8  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
192 aa  92.4  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
192 aa  92.8  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  92.8  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  32 
 
 
211 aa  92.4  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  33.52 
 
 
190 aa  92  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.69 
 
 
193 aa  92  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5267  RNA polymerase sigma factor RpoE  35 
 
 
223 aa  92  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
199 aa  91.7  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
199 aa  91.7  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
199 aa  91.7  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
199 aa  91.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
199 aa  91.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
199 aa  91.7  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
199 aa  91.3  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
199 aa  91.3  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.96 
 
 
215 aa  91.3  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
199 aa  91.3  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  34.07 
 
 
208 aa  91.3  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.07 
 
 
208 aa  91.3  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.11 
 
 
205 aa  90.9  9e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.11 
 
 
205 aa  90.9  9e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.14 
 
 
211 aa  90.9  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
392 aa  90.9  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.68 
 
 
206 aa  90.9  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.78 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.78 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.28 
 
 
193 aa  90.1  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1629  sigma-24 (FecI)  37.29 
 
 
186 aa  90.1  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322844  normal  0.140868 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
209 aa  90.1  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
192 aa  89.4  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.56 
 
 
206 aa  89  4e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.56 
 
 
206 aa  89  4e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
198 aa  88.6  5e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4090  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.62 
 
 
204 aa  88.6  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.210089  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.57 
 
 
191 aa  88.2  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.94 
 
 
192 aa  88.2  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.94 
 
 
192 aa  88.2  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.94 
 
 
192 aa  88.2  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.94 
 
 
192 aa  88.2  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.28 
 
 
192 aa  87.8  7e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5021  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.42 
 
 
186 aa  87.8  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434276  normal  0.047742 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.59 
 
 
199 aa  87  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.28 
 
 
192 aa  87.4  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.6 
 
 
185 aa  87  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.17061 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.84 
 
 
192 aa  87  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  32 
 
 
191 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  32 
 
 
191 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  35.93 
 
 
200 aa  86.3  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  32 
 
 
191 aa  86.3  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.05 
 
 
215 aa  86.3  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  32 
 
 
191 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.61 
 
 
192 aa  86.7  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.28 
 
 
192 aa  86.3  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.28 
 
 
192 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.81 
 
 
202 aa  86.7  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.28 
 
 
192 aa  86.3  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  32 
 
 
191 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.36 
 
 
194 aa  86.7  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  32 
 
 
191 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.28 
 
 
192 aa  86.3  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.2 
 
 
191 aa  85.9  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>