231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3082 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3082  UDP-galactopyranose mutase  100 
 
 		 432 aa  830    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.319851  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  34.79 
 
 		 475 aa  173  3.9999999999999995e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  22.22 
 
 		 502 aa  134  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  22.22 
 
 		 502 aa  134  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  29.32 
 
 		 496 aa  131  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  34.64 
 
 		 505 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  28.31 
 
 		 497 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  31.58 
 
 		 495 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  24.65 
 
 		 497 aa  115  1.0000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  36.65 
 
 		 495 aa  113  5e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  28.89 
 
 		 516 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  24.65 
 
 		 492 aa  110  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  28.32 
 
 		 511 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  35.6 
 
 		 500 aa  109  7.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  27.96 
 
 		 511 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  27.29 
 
 		 509 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  23.4 
 
 		 497 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  23.4 
 
 		 497 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  26.02 
 
 		 493 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  26.94 
 
 		 512 aa  107  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  31.9 
 
 		 508 aa  107  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  26.34 
 
 		 490 aa  106  6e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  26.94 
 
 		 512 aa  106  7e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  27.47 
 
 		 524 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  25.97 
 
 		 512 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  27.4 
 
 		 537 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21220  phytoene desaturase  35.16 
 
 		 566 aa  105  2e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  21.21 
 
 		 488 aa  105  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  34.5 
 
 		 548 aa  104  3e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  20.68 
 
 		 494 aa  104  3e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  28.89 
 
 		 508 aa  104  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  33.93 
 
 		 507 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  28.42 
 
 		 519 aa  104  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  30.91 
 
 		 518 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  29.67 
 
 		 492 aa  102  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  30.71 
 
 		 495 aa  102  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  26.45 
 
 		 506 aa  101  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  25.57 
 
 		 498 aa  102  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  28.91 
 
 		 471 aa  101  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  28.1 
 
 		 492 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  31.23 
 
 		 519 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  30.19 
 
 		 508 aa  99.8  8e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  29.09 
 
 		 507 aa  99.4  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  27.24 
 
 		 511 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  29.35 
 
 		 512 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  29.06 
 
 		 499 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  28.43 
 
 		 498 aa  97.8  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  30.1 
 
 		 536 aa  95.5  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  30.98 
 
 		 552 aa  95.5  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  27.6 
 
 		 511 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  31.54 
 
 		 504 aa  95.5  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  29.12 
 
 		 495 aa  95.1  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  28.87 
 
 		 499 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  29.03 
 
 		 499 aa  94  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  24.95 
 
 		 491 aa  93.6  5e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  20.2 
 
 		 511 aa  94  5e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  31.52 
 
 		 518 aa  93.2  8e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  31.52 
 
 		 518 aa  93.2  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  26.41 
 
 		 516 aa  92.8  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  24.8 
 
 		 475 aa  93.2  9e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  27.8 
 
 		 490 aa  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  24.12 
 
 		 519 aa  92  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  27.34 
 
 		 502 aa  92.4  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  30.51 
 
 		 491 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  29.59 
 
 		 509 aa  90.1  7e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  29.85 
 
 		 508 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  29.14 
 
 		 452 aa  89.4  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  27.94 
 
 		 509 aa  89.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  29.48 
 
 		 508 aa  89  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  24.79 
 
 		 518 aa  87.8  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  26.58 
 
 		 492 aa  88.2  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  24.1 
 
 		 501 aa  87.8  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  19.93 
 
 		 488 aa  87.8  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  29.79 
 
 		 519 aa  87  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  26.26 
 
 		 504 aa  87  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  28.67 
 
 		 495 aa  86.7  8e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  28.34 
 
 		 494 aa  86.7  8e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  29.09 
 
 		 524 aa  86.3  9e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  29.3 
 
 		 503 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  29.88 
 
 		 504 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  26.83 
 
 		 492 aa  85.5  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  29.24 
 
 		 525 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0470  phytoene desaturase  28.2 
 
 		 496 aa  85.1  0.000000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  25.32 
 
 		 509 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  30.5 
 
 		 523 aa  84.7  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  21.65 
 
 		 493 aa  84  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2891  phytoene desaturase  31.43 
 
 		 550 aa  83.6  0.000000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.101189 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  22.73 
 
 		 553 aa  83.2  0.000000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  30 
 
 		 512 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12770  phytoene desaturase  28.3 
 
 		 532 aa  81.6  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.500323 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  29.75 
 
 		 512 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  29.75 
 
 		 512 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  28.63 
 
 		 520 aa  81.6  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  27.64 
 
 		 489 aa  81.3  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2040  phytoene dehydrogenase-related protein  32.34 
 
 		 495 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.492251 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  22.5 
 
 		 499 aa  80.1  0.00000000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  27.8 
 
 		 511 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  19.2 
 
 		 499 aa  79  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05320  Phytoene dehydrogenase N terminal region  22.5 
 
 		 270 aa  79  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.314131  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  25.92 
 
 		 531 aa  78.6  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>