88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4633 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007961  Nham_4633  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 485 aa  975    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.706868  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4384  outer membrane efflux protein  92.58 
 
 		 485 aa  902    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4267  copper tolerance protein  77.63 
 
 		 488 aa  716    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0118  putative copper resistance protein  72.97 
 
 		 543 aa  667    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1090  outer membrane efflux protein  71.65 
 
 		 483 aa  676    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6518  putative Outer membrane efflux protein  68.06 
 
 		 475 aa  615  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.753245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4601  outer membrane efflux protein  52.76 
 
 		 475 aa  422  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.332073  normal  0.615443 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4826  outer membrane efflux protein  52.76 
 
 		 475 aa  423  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.836634  normal  0.338795 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4904  outer membrane efflux protein  49.55 
 
 		 488 aa  416  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.878997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7875  outer membrane efflux protein  46.43 
 
 		 483 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.639992  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2578  outer membrane efflux protein  45.45 
 
 		 535 aa  363  3e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0560227  normal  0.684538 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0314  outer membrane efflux protein  45.99 
 
 		 486 aa  361  1e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.116177  normal  0.192391 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1030  outer membrane efflux protein  44.82 
 
 		 535 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6071  outer membrane efflux protein  41.15 
 
 		 486 aa  347  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.362565  normal  0.0749065 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5861  conserved hypothetical conserved membrane protein  44.42 
 
 		 488 aa  340  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2295  putative outer membrane efflux protein involved in copper resistance  40.28 
 
 		 476 aa  332  6e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.332291  normal  0.176348 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4025  outer membrane efflux protein  42.89 
 
 		 470 aa  332  1e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000146806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3911  outer membrane efflux protein  42.89 
 
 		 470 aa  332  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0120008  normal  0.391344 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0496  putative copper resistance-related lipoprotein  41.53 
 
 		 477 aa  327  3e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.620872 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6292  outer membrane efflux protein  39.82 
 
 		 498 aa  325  9e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260908 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2041  outer membrane efflux protein  39.46 
 
 		 501 aa  323  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0713  outer membrane efflux protein  41.88 
 
 		 554 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9851  copper tolerance protein  42.49 
 
 		 486 aa  321  1.9999999999999998e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2008  copper tolerance protein  41.88 
 
 		 554 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1633  putative copper resistance-related lipoprotein  41.96 
 
 		 479 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.158935 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0621  outer membrane efflux protein  41.65 
 
 		 554 aa  320  5e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3413  outer membrane efflux protein  40.23 
 
 		 500 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2765  outer membrane efflux protein  38.62 
 
 		 498 aa  317  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4754  outer membrane efflux protein  40.23 
 
 		 500 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.203593  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1960  copper tolerance protein  41.88 
 
 		 536 aa  316  5e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4103  outer membrane efflux protein  39.42 
 
 		 500 aa  316  7e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733493  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5028  hypothetical protein  42.57 
 
 		 487 aa  306  6e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.924524 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3352  outer membrane efflux protein  40 
 
 		 512 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5189  outer membrane efflux protein  39.87 
 
 		 523 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2657  outer membrane efflux protein  38.84 
 
 		 466 aa  298  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0763881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1265  outer membrane efflux protein  39 
 
 		 481 aa  295  2e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000567174 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1079  outer membrane efflux protein  37.67 
 
 		 465 aa  259  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0935  outer membrane efflux protein  37.67 
 
 		 465 aa  259  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.365344  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2911  copper tolerance protein  37.61 
 
 		 482 aa  243  5e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123072 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2199  putative copper resistance-related lipoprotein  34.17 
 
 		 476 aa  237  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2723  putative copper resistance-related lipoprotein  34.45 
 
 		 476 aa  224  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3982  putative metal ion efflux outer membrane protein  34.17 
 
 		 470 aa  222  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3484  putative copper resistance-related lipoprotein  33.19 
 
 		 472 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2670  putative copper resistance-related lipoprotein  33.12 
 
 		 476 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0933723  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4553  putative copper resistance-related lipoprotein  32.96 
 
 		 472 aa  216  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.910933 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5687  putative copper resistance-related lipoprotein  34.13 
 
 		 475 aa  204  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1209  copper tolerance protein  32.75 
 
 		 477 aa  195  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0296816  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2599  copper tolerance protein  31.97 
 
 		 477 aa  192  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0277245  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0736  putative copper resistance-related lipoprotein  32.24 
 
 		 475 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1262  putative outer membrane efflux protein involved in copper resistance  31.65 
 
 		 399 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2225  outer membrane efflux protein  26.36 
 
 		 547 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.17933 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0495  outer membrane efflux protein  26.37 
 
 		 493 aa  97.4  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2283  outer membrane efflux protein  26.54 
 
 		 453 aa  95.5  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1205  Outer membrane protein-like protein  28.44 
 
 		 438 aa  75.9  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1939  outer membrane efflux protein  24.86 
 
 		 432 aa  65.5  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  23.82 
 
 		 472 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.8 
 
 		 482 aa  54.7  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  23.89 
 
 		 415 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2276  outer membrane efflux protein  23.92 
 
 		 432 aa  53.5  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0693511 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0420  outer membrane efflux protein  28.78 
 
 		 552 aa  51.2  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  21.87 
 
 		 423 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  21.87 
 
 		 423 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  21.87 
 
 		 423 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  21.87 
 
 		 394 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  25.2 
 
 		 498 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.13 
 
 		 476 aa  49.3  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  25.2 
 
 		 499 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0538  outer membrane efflux protein  23.7 
 
 		 432 aa  47.8  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.355565  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.56 
 
 		 533 aa  47.8  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1582  outer membrane efflux protein  21.29 
 
 		 523 aa  47.4  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1217  outer membrane efflux protein  24.8 
 
 		 438 aa  47  0.0008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.87899  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  25.69 
 
 		 522 aa  46.6  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.8 
 
 		 488 aa  46.2  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1541  Outer membrane efflux protein  22.18 
 
 		 486 aa  46.6  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.2 
 
 		 537 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  25.81 
 
 		 428 aa  46.6  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2110  outer membrane efflux protein  20.05 
 
 		 437 aa  45.8  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.313002  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3362  outer membrane efflux protein  22.57 
 
 		 431 aa  45.8  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.65 
 
 		 478 aa  45.8  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.69 
 
 		 512 aa  45.1  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.77 
 
 		 494 aa  45.1  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  24.35 
 
 		 428 aa  43.9  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2026  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  29.38 
 
 		 519 aa  43.9  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192262 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1124  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.57 
 
 		 509 aa  43.5  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.405736 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  21.31 
 
 		 435 aa  43.5  0.008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  23.64 
 
 		 451 aa  43.5  0.008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2353  chemiosmotic efflux system C protein C  22.26 
 
 		 437 aa  43.5  0.008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.21 
 
 		 477 aa  43.5  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>